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- PDB-9ga0: XPA crystal grown in HEK293 cell -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ga0
タイトルXPA crystal grown in HEK293 cell
要素Photoconvertible fluorescent protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN
機能・相同性Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / metal ion binding / Photoconvertible fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Dipsastraea favus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Melicher, F. / Isabet, T. / Chavas, L.M.G. / Montaville, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Not funded フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.6A in-vivo XPA crystal structure grown in HEK293 cell
著者: Melicher, F. / Isabet, T. / Montaville, P. / Chavas, L.M.G.
履歴
登録2024年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Photoconvertible fluorescent protein
H: Photoconvertible fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6783
ポリマ－51,6552
非ポリマー231
水8,557475
1
G: Photoconvertible fluorescent protein
ヘテロ分子

G: Photoconvertible fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7014
ポリマ－51,6552
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
2
H: Photoconvertible fluorescent protein

H: Photoconvertible fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6552
ポリマ－51,6552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.003, 84.322, 118.348
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-577-

HOH

21H-493-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Photoconvertible fluorescent protein


分子量: 25827.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dipsastraea favus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q53UG8
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: in cell / 詳細: over-expressed protein in cell

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→19.858 Å / Num. obs: 44967 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.261 / Net I/σ(I): 1.83
反射 シェル解像度: 1.61→1.781 Å / Rmerge(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2248 / CC1/2: 0.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.136 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.13
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2294 -RANDOM
Rwork0.1989 ---
obs0.2006 45140 66.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0176 Å20 Å20 Å2
2---0.4883 Å20 Å2
3---0.506 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3556 0 49 475 4080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013805HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.045149HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1329SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes667HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3805HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion470SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3898SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.94
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.71 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3145 52 -
Rwork0.2363 --
obs0.2403 903 6.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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