PDB-9g8u: Structure of the LipA:LipB complex from Acinetobacter baumannii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g8u

タイトル

Structure of the LipA:LipB complex from Acinetobacter baumannii

要素

Lactonizing lipase
Lipase chaperone

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / lipase / secretion system / bacterial infection / chaperone complex / protein-protein interaction / lipid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / unfolded protein binding / protein folding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.174 Å

データ登録者

de Oliveira Silva, Y.R. / Contreras-Martel, C. / Rodrigues de Melo, R. / Zanphorlin, L. / Trindade, D.M. / Dessen, A.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Architecture of an embracing lipase-foldase complex of the type II secretion system of Acinetobacter baumannii.
著者: de Oliveira Silva, Y.R. / Contreras-Martel, C. / Rodrigues de Melo, R. / Zanphorlin, L.M. / Trindade, D.M. / Dessen, A.

履歴

登録	2024年7月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g8u.cif.gz	134.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g8u.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g8u_validation.pdf.gz	888 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g8u_full_validation.pdf.gz	898.5 KB	表示
XML形式データ	9g8u_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	9g8u_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/9g8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/9g8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (2)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lactonizing lipase

B: Lipase chaperone

ヘテロ分子

68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.686, 133.686, 139.715
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Lactonizing lipase 分子量: 32468.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: DSM 30011 / 遺伝子: lip, HMPREF0010_02549 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: D0CCR9, triacylglycerol lipase
#2: タンパク質	Lipase chaperone / Lipase activator protein / Lipase foldase / Lipase helper protein / Lipase modulator 分子量: 35840.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: DSM 30011 / 遺伝子: lifO, EA706_01485, EA722_01050, P9867_05230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A0J8V187
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.62 % / 解説: polyhedral
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 5% polyethylene glycol (PEG) 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 0.97718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.174→48.296 Å / Num. obs: 23444 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 19 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.57
反射シェル	解像度: 3.174→3.37 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique obs: 3992 / CC_1/2: 0.214 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS	20210323	データ削減
XSCALE	20210323	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.174→48.296 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 48.817 / SU ML: 0.659 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.147 / ESU R Free: 0.456 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	1966	8.386 %
R_work	0.2771	21478	-
all	0.279	-	-
obs	-	23444	94.365 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 151.148 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.254 Å²	1.627 Å²	0 Å²
2-	-	3.254 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-10.556 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.174→48.296 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4605	0	2	14	4621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	4702
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.001	0.01	266
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.265	1.818	6368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.121	5	575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	1.222	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	6.592	10	811
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	5.361	10	244
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.198	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	13.825	14.813	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	21.611	26.639	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	15.922	15.25	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	24.384	27.883	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	30.002	146.286	7463

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.174-3.256	0.511	110	0.519	1578	0.518	1784	0.778	0.763	94.6188	0.525
3.256-3.345	0.47	164	0.462	1595	0.463	1765	0.736	0.736	99.6601	0.462
3.345-3.441	0.424	127	0.437	1567	0.436	1705	0.835	0.843	99.3548	0.435
3.441-3.547	0.404	146	0.43	1514	0.427	1662	0.833	0.81	99.8797	0.425
3.547-3.662	0.404	91	0.439	1041	0.436	1616	0.726	0.698	70.0495	0.439
3.662-3.79	0.61	90	0.604	914	0.605	1565	0.522	0.776	64.1534	0.625
3.79-3.932	0.501	121	0.494	1320	0.495	1520	0.805	0.816	94.8026	0.509
3.932-4.092	0.338	103	0.378	1210	0.375	1456	0.908	0.891	90.1786	0.368
4.092-4.272	0.33	112	0.281	1281	0.285	1396	0.921	0.939	99.7851	0.256
4.272-4.479	0.285	112	0.249	1240	0.252	1353	0.926	0.953	99.9261	0.214
4.479-4.719	0.276	104	0.219	1169	0.223	1274	0.941	0.968	99.9215	0.181
4.719-5.002	0.299	94	0.203	1118	0.21	1213	0.944	0.973	99.9176	0.161
5.002-5.344	0.244	117	0.197	1040	0.202	1158	0.969	0.974	99.9136	0.159
5.344-5.766	0.273	118	0.198	946	0.207	1065	0.951	0.974	99.9061	0.158
5.766-6.307	0.276	84	0.228	904	0.233	988	0.952	0.969	100	0.188
6.307-7.037	0.269	82	0.201	829	0.207	911	0.953	0.975	100	0.165
7.037-8.097	0.236	65	0.179	729	0.184	794	0.96	0.979	100	0.154
8.097-9.848	0.155	53	0.159	641	0.158	694	0.985	0.985	100	0.152
9.848-13.646	0.215	46	0.188	517	0.19	563	0.974	0.981	100	0.194
13.646-48.296	0.177	27	0.281	325	0.272	352	0.979	0.955	100	0.303

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関連情報:EMDBヘッダ

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