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万見
- PDB-9g8j: Structure of K+-dependent Na+-PPase from Thermotoga maritima in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g8j
タイトルStructure of K+-dependent Na+-PPase from Thermotoga maritima in complex with zoledronate
要素K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Inhibitor / complex / enzyme / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+-exporting diphosphatase / diphosphate hydrolysis-driven proton transmembrane transporter activity / sodium ion transmembrane transporter activity / inorganic diphosphate phosphatase activity / potassium ion binding / sodium ion transmembrane transport / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pyrophosphate-energised proton pump / Inorganic H+ pyrophosphatase
類似検索 - ドメイン・相同性
ZOLEDRONIC ACID / K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Vidilaseris, K. / Liu, J. / Goldman, A.
資金援助 フィンランド, 英国, 5件
組織認可番号国
Academy of Finland308105 フィンランド
Academy of Finland1355187 フィンランド
Academy of Finland1322609 フィンランド
Academy of Finland13364501 フィンランド
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T006048/1 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Conformational dynamics and asymmetry in multimodal inhibition of membrane-bound pyrophosphatases
著者: Liu, J. / Shah, A. / Ma, Y. / Hardman, K. / Johansson, N.G. / Ribeiro, O. / Brookfield, A. / Bowen, A. / Yli-Kauhaluoma, J. / Xhaard, H. / Jeuken, L.J. / Goldman, A. / Pliotas, C. / Vidilaseris, K.
履歴
登録2024年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
B: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
C: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
D: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,85625
ポリマ－312,8694
非ポリマー1,98821
水18010
1
A: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
B: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,17312
ポリマ－156,4342
非ポリマー73910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
D: K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,68413
ポリマ－156,4342
非ポリマー1,24911
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.185, 147.362, 252.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 21 or (resid 22...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 21 or (resid 22...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 2 through 21 or (resid 22...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 2 through 25 or resid 27...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11TYRTYRVALVALAA2 - 2511 - 34
d_12ARGARGGLUGLUAA27 - 3036 - 39
d_13LYSLYSALAALAAA36 - 10945 - 118
d_14THRTHRVALVALAA111 - 267120 - 276
d_15VALVALVALVALAA275 - 310284 - 319
d_16SERSERSERSERAA314323
d_17PROPROGLNGLNAA317 - 348326 - 357
d_18LEULEULEULEUAA350 - 353359 - 362
d_19PHEPHEPROPROAA355 - 478364 - 487
d_110VALVALLYSLYSAA480 - 591489 - 600
d_111TYRTYRPHEPHEAA596 - 726605 - 735
d_112ZOLZOLZOLZOLAE801
d_21TYRTYRVALVALBB2 - 2511 - 34
d_22ARGARGGLUGLUBB27 - 3036 - 39
d_23LYSLYSALAALABB36 - 10945 - 118
d_24THRTHRVALVALBB111 - 310120 - 319
d_25SERSERSERSERBB314323
d_26PROPROGLNGLNBB317 - 348326 - 357
d_27LEULEULEULEUBB350 - 353359 - 362
d_28PHEPHEPROPROBB355 - 478364 - 487
d_29VALVALLYSLYSBB480 - 591489 - 600
d_210TYRTYRPHEPHEBB596 - 726605 - 735
d_211ZOLZOLZOLZOLBJ801
d_31TYRTYRGLUGLUCC2 - 3011 - 39
d_32LYSLYSVALVALCC36 - 26745 - 276
d_33VALVALVALVALCC275 - 310284 - 319
d_34SERSERGLNGLNCC314 - 348323 - 357
d_35LEULEUPROPROCC350 - 478359 - 487
d_36VALVALLYSLYSCC480 - 591489 - 600
d_37TYRTYRPHEPHECC596 - 726605 - 735
d_38ZOLZOLZOLZOLCO801
d_41TYRTYRVALVALDD2 - 2511 - 34
d_42ARGARGGLUGLUDD27 - 3036 - 39
d_43LYSLYSALAALADD36 - 10945 - 118
d_44THRTHRVALVALDD111 - 267120 - 276
d_45VALVALSERSERDD275 - 314284 - 323
d_46PROPROLEULEUDD317 - 353326 - 362
d_47PHEPHEPHEPHEDD355 - 726364 - 735
d_48ZOLZOLZOLZOLDT801

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.765345800449, -0.434797018402, 0.474549637576), (-0.436686939908, -0.190843174606, -0.879137872703), (0.472811085158, -0.880074107956, -0.0438091572184)-81.5770662894, 3.18144153989, 43.2796044466
2given(0.999180967454, -0.0395434406696, 0.00858548640412), (0.0403740698443, 0.988439013485, -0.146144623935), (-0.00270716844582, 0.146371557759, 0.989225979399)-0.401930405573, -61.0529861496, -17.2446204427
3given(-0.745800656901, -0.430822026779, 0.508108021398), (-0.531193985218, -0.075689117247, -0.843862611803), (0.402012848346, -0.899257215024, -0.172401075961)-81.5799569376, -67.2075673053, 26.27650113

-
要素

#1: タンパク質
K(+)-stimulated pyrophosphate-energized sodium pump / Membrane-bound sodium-translocating pyrophosphatase / Pyrophosphate-energized inorganic ...Membrane-bound sodium-translocating pyrophosphatase / Pyrophosphate-energized inorganic pyrophosphatase / Na(+)-PPase / Tm-PPase


分子量: 78217.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His6-tag protein arrangement
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
遺伝子: hppA, TM_0174 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9S5X0, EC: 7.2.3.-
#2: 化合物
ChemComp-ZOL / ZOLEDRONIC ACID / (1-HYDROXY-2-IMIDAZOL-1-YLETHYLIDENE)DIPHOSPHONIC ACID


分子量: 272.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O7P2 / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M NaCl, 33 % PEG400, and 4 % ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.257→127.255 Å / Num. obs: 33220 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 118.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.26→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 1.785 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1661 / CC1/2: 0.573 / Rpim(I) all: 0.516

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.26→48.22 Å / SU ML: 0.5357 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.3861
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3062 1669 5.05 %
Rwork0.2655 31373 -
obs0.2676 33042 55.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 109.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.26→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20730 0 115 10 20855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004121264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.656629066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04933538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00353627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.89437053
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.877666538139
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.864858392171
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.929775280764
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.26-3.350.386170.3705119X-RAY DIFFRACTION2.58
3.35-3.460.4281110.356314X-RAY DIFFRACTION6.71
3.46-3.580.3962350.3456560X-RAY DIFFRACTION12.04
3.58-3.730.3623490.3446859X-RAY DIFFRACTION18.43
3.73-3.90.3325620.31171228X-RAY DIFFRACTION26.11
3.9-4.10.3079930.29071966X-RAY DIFFRACTION41.93
4.1-4.360.33671590.25643115X-RAY DIFFRACTION65.72
4.36-4.70.2951920.23744065X-RAY DIFFRACTION85.98
4.7-5.170.29982690.25554608X-RAY DIFFRACTION98.05
5.17-5.910.32472490.29064779X-RAY DIFFRACTION99.72
5.92-7.450.33632530.29264808X-RAY DIFFRACTION99.98
7.45-48.220.28632900.2524952X-RAY DIFFRACTION99.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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