PDB-9g86: Structure of Response regulator PleD in complex with c-diGMP and ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g86

タイトル

Structure of Response regulator PleD in complex with c-diGMP and pppGpp

要素

Response regulator PleD

キーワード

SIGNALING PROTEIN / inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / phosphorelay signal transduction system / cell differentiation / GTP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Caulobacter vibrioides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Dugelay, C. / Jaboulay, C. / Guzzo, M. / Terradot, L.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Response regulator PleD in complex with c-diGMP and pppGpp
著者: Dugelay, C. / Jaboulay, C. / Guzzo, M. / Terradot, L.

履歴

登録	2024年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g86.cif.gz	831.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g86.ent.gz	584.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g86_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g86_full_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示
XML形式データ	9g86_validation.xml.gz	76.6 KB	表示
CIF形式データ	9g86_validation.cif.gz	94 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/9g86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/9g86	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (5)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator PleD

B: Response regulator PleD

C: Response regulator PleD

D: Response regulator PleD

ヘテロ分子

207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Response regulator PleD

B: Response regulator PleD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Response regulator PleD

D: Response regulator PleD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.571, 132.571, 508.411
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 11 or (resid 12...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 11 or (resid 12...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 66 or (resid 67...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 11 or (resid 12...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	SER	SER	GLY	GLY	A	A	2 - 87	1 - 86
d_1	2	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	89 - 146	88 - 145
d_1	3	ARG	ARG	VAL	VAL	A	A	148 - 311	147 - 310
d_1	4	ARG	ARG	LYS	LYS	A	A	313 - 452	312 - 451
d_1	5	C2E	C2E	C2E	C2E	A	E	501
d_2	1	SER	SER	GLY	GLY	B	B	2 - 87	1 - 86
d_2	2	GLY	GLY	VAL	VAL	B	B	89 - 311	88 - 310
d_2	3	ARG	ARG	LYS	LYS	B	B	313 - 452	312 - 451
d_2	4	C2E	C2E	C2E	C2E	B	J	503
d_3	1	SER	SER	GLY	GLY	C	C	2 - 87	1 - 86
d_3	2	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	89 - 146	88 - 145
d_3	3	ARG	ARG	VAL	VAL	C	C	148 - 311	147 - 310
d_3	4	ARG	ARG	LYS	LYS	C	C	313 - 452	312 - 451
d_3	5	C2E	C2E	C2E	C2E	C	M	501
d_4	1	SER	SER	GLY	GLY	D	D	2 - 87	1 - 86
d_4	2	GLY	GLY	ALA	ALA	D	D	89 - 146	88 - 145
d_4	3	ARG	ARG	VAL	VAL	D	D	148 - 311	147 - 310
d_4	4	ARG	ARG	LYS	LYS	D	D	313 - 452	312 - 451
d_4	5	C2E	C2E	C2E	C2E	D	R	503

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.996218399245, -0.0297699160631, 0.0816250764423), (-0.026095691326, -0.793569452907, -0.607919845298), (0.0828728900234, -0.607750997952, 0.789791623524)	71.9262064939, 3.6790953663, -2.10165612002
2	given	(-0.917216563242, 0.378455786003, 0.124438716465), (0.374667503867, 0.713268624551, 0.59234460475), (0.135418010841, 0.589931425907, -0.796016881145)	73.6158277549, -53.6668526348, 107.795173614
3	given	(0.91220184769, -0.354581982588, -0.205327559512), (-0.346979949864, -0.9350140974, 0.0731679715195), (-0.217928207132, 0.00450058749347, -0.975954425805)	9.36243366127, -25.2586625739, 121.444842995

#1: タンパク質	Response regulator PleD / Stalked cell differentiation-controlling protein 分子量: 49559.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア) 遺伝子: pleD, CC_2462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A5I5, diguanylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate 分子量: 690.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-0O2 / guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate) 分子量: 683.140 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₈N₅O₂₀P₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M NaCl (Salt) 0.05 M Na Cacod 6.5 pH (Buffer) 10 %w/v PEG 4K (Precipitant) 0.5 mM Spermine (Additive)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980114 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.980114 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→48.96 Å / Num. obs: 54311 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 33.6 % / B_iso Wilson estimate: 71.66 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.361 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.366 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 1825849
反射シェル	解像度: 3→3.09 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.4 % / R_merge(I) obs: 3.305 / Num. measured all: 141102 / Num. unique obs: 4359 / CC_1/2: 0.47 / R_pim(I) all: 0.58 / R_rim(I) all: 3.356 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→47.53 Å / SU ML: 0.3671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5768
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2288	2789	5.15 %	Random selection
R_work	0.1897	51373	-	-
obs	0.1917	54162	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→47.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13572	0	532	22	14126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0043	14324
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8687	19529
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0492	2280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0196	2485
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5208	5341

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.868111777533
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.19776848682
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.26381153844

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.05	0.3544	140	0.3312	2488	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.05-3.11	0.3879	137	0.3206	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.17	0.3542	148	0.2939	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.23	0.2537	129	0.2728	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.3	0.2905	147	0.2588	2503	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.38	0.3243	141	0.2437	2493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.46	0.244	133	0.2239	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.56	0.2593	138	0.214	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.66	0.2656	141	0.2112	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-3.78	0.2396	145	0.2007	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-3.91	0.2213	115	0.1844	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.07	0.2548	141	0.1812	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.26	0.1939	128	0.1774	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.48	0.2065	147	0.1612	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
4.48-4.76	0.1951	145	0.147	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
4.76-5.13	0.2148	154	0.1491	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.13-5.64	0.1837	134	0.1624	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
5.64-6.46	0.2273	142	0.1876	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
6.46-8.13	0.1828	143	0.169	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
8.13-47.53	0.1843	141	0.1632	2898	X-RAY DIFFRACTION	99.61

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.95511398678	-0.537489642333	-0.162124482425	1.34550993947	0.455429713762	2.02092538135	0.0703014450028	0.0686740814618	0.0340020162238	-0.0282891635811	-0.0118139013447	-0.0908411682068	-0.213987408522	0.0569516636505	0.020503270289	0.531779940848	-0.00954081589421	-0.0504619566375	0.331900843025	-0.00247894214437	0.411119127545	27.9992107937	-18.0286596619	14.7663757877
2	1.33906159034	0.307235682619	-0.260822403776	1.18000035438	-0.573328767679	2.46560514906	-0.0123802132786	-0.150681975227	0.0481498430269	-0.285423736898	-0.243573479384	0.149725784123	-0.0791017100085	0.375849122045	0.0417545919339	0.626494572973	0.00576453951845	-0.0723634927582	0.542671416157	0.0103536089153	0.620769677468	60.4829403045	-11.2755372998	47.0042701636
3	2.7568623721	-0.371044413569	0.412319675183	1.12108058503	-0.069193118171	1.6311479778	-0.0821310047676	-0.0570330633701	0.543693251826	-0.00336704447022	0.00711258802131	0.0712290747643	-0.154255543583	0.152681486573	0.14403145593	0.835630550713	-0.125439067086	-0.0323848606882	0.493618480956	0.0190303244064	0.69760041233	45.7822362365	8.30826367019	22.4928932957
4	1.44727915164	0.0604262276462	0.582737946356	1.12042053571	-0.129377650535	3.26635050971	0.0249130498245	-0.234632210222	0.0432660065323	0.0837114011534	-0.0868424927918	-0.159845151121	-0.350167353187	-0.548304887065	0.0279942293935	0.644749873942	0.0450873064864	-0.0124870059473	0.571328231676	-0.127804705027	0.476086070329	15.9519853453	-17.6572387571	47.1021110929
5	2.50545874902	0.32510790523	-0.333127979205	2.60434985918	-0.0331341262418	1.10739686354	-0.00513317702902	-0.0477889056471	-0.211460525683	0.00354248733058	0.0160820754896	0.191382727411	0.00960882779101	0.0655107688955	0.0584429787652	0.521236011916	0.137512936561	0.0155321163979	0.476137721161	0.020695111707	0.460477159818	42.9717590365	-47.0333993386	89.1479748614
6	1.63548464052	-0.786006808913	0.285169391634	1.86422156003	-0.263734432698	2.54563850669	-0.113803811716	0.0860958889889	-0.0412466635295	-0.0677138013547	0.0550442467111	0.042674851363	-0.287764580432	-0.241346885139	0.0130221553347	0.600825243433	0.0121026508642	-0.0924259196719	0.571270124342	-0.113981899682	0.52396535534	19.6087115112	-11.6316238191	71.9385729763
7	1.95429156907	0.262197837825	0.209354358656	2.40030286426	0.240556596615	1.45497433547	-0.128504841722	-0.232750600172	-0.0469826674079	0.28210692779	0.168980262729	-0.147039841431	0.0276783140104	0.0318801606696	0.038179883132	0.553257151838	0.124928493784	0.00595532822767	0.520460880415	-0.0785036399717	0.398949812737	38.4604063422	-17.1865676089	100.875823021
8	1.45769577969	-0.417579917978	-0.141695284481	2.44341326363	-1.05349437906	2.8956100548	0.0443274952773	0.0268924809584	0.141403980533	-0.171780299048	-0.330272167154	-0.038836792419	0.22053094311	0.479074634693	0.066088248488	0.525980318811	0.0177067139131	0.070397524395	0.570981145004	0.0309338114159	0.671126342577	58.8302944369	-31.8944205815	62.4547371671

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 280 )	A	A	2 - 280	1 - 274
2	2	chain 'A' and (resid 281 through 454 )	A	A	281 - 454	275 - 448
3	3	chain 'B' and (resid 2 through 280 )	B	E	2 - 280	1 - 273
4	4	chain 'B' and (resid 281 through 452 )	B	E	281 - 452	274 - 445
5	5	chain 'C' and (resid 2 through 280 )	C	I	2 - 280	1 - 274
6	6	chain 'C' and (resid 281 through 454 )	C	I	281 - 454	275 - 448
7	7	chain 'D' and (resid 2 through 280 )	D	M	2 - 280	1 - 274
8	8	chain 'D' and (resid 281 through 454 )	D	M	281 - 454	275 - 448

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)