[日本語] English
万見
- PDB-9g7j: Crystal structure of the tungsten-dependent aldehyde:ferredoxin o... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g7j
タイトルCrystal structure of the tungsten-dependent aldehyde:ferredoxin oxidoreductase from Clostridium autoethanogenum.
要素Aldehyde ferredoxin oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Anaerobic metabolism / Metalloenzyme / Tungstopterin / Ethanol production / acetogenic bacteria / iron-sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase-like, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain superfamily / : / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domains 2 & 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IRON/SULFUR CLUSTER / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Lemaire, O.N. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG-SPP 1927 WA 4053/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Carbon monoxide-driven bioethanol production operates via a tungsten-dependent catalyst
著者: Lemaire, O.N. / Belhamri, M. / Shevchenko, A. / Wagner, T.
履歴
登録2024年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aldehyde ferredoxin oxidoreductase
B: Aldehyde ferredoxin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,76712
ポリマ－132,8232
非ポリマー2,94410
水27,0951504
1
A: Aldehyde ferredoxin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8165
ポリマ－66,4121
非ポリマー1,4044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aldehyde ferredoxin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9517
ポリマ－66,4121
非ポリマー1,5396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.595, 100.436, 176.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1378-

HOH

21A-1399-

HOH

31A-1444-

HOH

41A-1581-

HOH

51B-1470-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aldehyde ferredoxin oxidoreductase / Oxidoreductase YdhV


分子量: 66411.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Monomeric metalloenzyme containing an [4Fe-4S] cluster, a tungsten-dependent bis-pyranopterin cofacor and a Mg ion.
由来: (天然) Clostridium autoethanogenum DSM 10061 (バクテリア)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: wild type / 株: DSM 10061 / 組織: / / 参照: UniProt: A0A3M0S906, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 6種, 1514分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1IJH / Tungstopterin cofactor


分子量: 992.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22MgN10O12P2S4W / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 % / 解説: Irregular polygonal brown crystal.
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals were obtained by initial screening at 20 degrees Celsius using the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization ...詳細: Crystals were obtained by initial screening at 20 degrees Celsius using the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization reservoir contained 90 ul of mother liquor, the crystallization drop contained a mixture of 0.55 ul protein at 8.6 mg.ml-1 and 0.55 ul precipitant. The protein was in 25 mM Tris/HCl buffer pH 7.6, 10 % (v/v) glycerol, and 2 mM dithiothreitol. The crystal was obtained in a Coy tent under an N2/H2 atmosphere (96:4 %). The crystallization reservoir contained 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM BIS-Tris pH 6.5, 200 mM Magnesium chloride hexahydrate. The crystal was soaked in the crystallization solution supplemented with 25 % (v/v) glycerol before freezing in liquid nitrogen.
PH範囲: / / Temp details: /

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.21434 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.21434 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→100.44 Å / Num. obs: 116033 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.595→1.736 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 1.725 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5802 / CC1/2: 0.641 / Rpim(I) all: 0.746 / Rrim(I) all: 1.882 / % possible all: 63.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.59→50.79 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The last refinement steps were performed by refining with a translation libration screw (TLS) with hydrogens modelled in the riding position. Hydrogens were omitted in the final deposited model.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1779 5813 5.01 %
Rwork0.1616 --
obs0.1624 115999 75.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→50.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9306 0 128 1504 10938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4133649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0961455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0191683
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.610.483210.229524X-RAY DIFFRACTION0
1.61-1.630.363840.2774158X-RAY DIFFRACTION3
1.63-1.650.3366270.3033393X-RAY DIFFRACTION8
1.65-1.670.3224410.2912689X-RAY DIFFRACTION15
1.67-1.690.3571660.29781121X-RAY DIFFRACTION23
1.69-1.720.2773980.28251550X-RAY DIFFRACTION33
1.72-1.740.27181200.27492284X-RAY DIFFRACTION47
1.74-1.770.26971610.24732999X-RAY DIFFRACTION63
1.77-1.80.27261750.23643321X-RAY DIFFRACTION68
1.8-1.830.23131840.22223524X-RAY DIFFRACTION73
1.83-1.860.24761840.21363703X-RAY DIFFRACTION77
1.86-1.890.21132140.21363844X-RAY DIFFRACTION80
1.89-1.930.21872220.20374085X-RAY DIFFRACTION84
1.93-1.970.20192300.17774325X-RAY DIFFRACTION90
1.97-2.010.21092230.174702X-RAY DIFFRACTION97
2.01-2.060.20012620.17194813X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.110.18522640.16924792X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.160.15812610.15614859X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.230.15482540.15314849X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.30.15892400.14054873X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.380.17162550.14324838X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.480.15552700.15094862X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.590.16292380.15344869X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.730.17092600.15624873X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.90.172500.15354882X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.120.16852730.1544878X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.440.16072410.14994943X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.930.15192600.13284934X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.950.14622590.13025028X-RAY DIFFRACTION100
4.95-50.790.19452760.18095171X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る