PDB-9g73: Crystal structure of mouse Carboxylesterase 2e (Ces2e)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g73

タイトル

Crystal structure of mouse Carboxylesterase 2e (Ces2e)

要素

Pyrethroid hydrolase Ces2e

キーワード

HYDROLASE / carboxylesterase 2e / protein structure / lipid metabolism / X-ray crystallography / alpha/beta-hydrolase fold / biochemistry / lipid hydrolysis / non-alcoholic fatty liver disease

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrethroid hydrolase / trans-permethrin hydrolase activity / all-trans-retinyl-palmitate hydrolase, all-trans-retinol forming activity / carboxylesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Eisner, H. / Sagmeister, T. / Rammer, L. / Oberer, M.

資金援助

オーストリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse Ces2e
著者: Eisner, H. / Rammer, L. / Riegler-Berket, L. / Rodriguez Gamez, C. / Sagmeister, T. / Chalhoub, G. / Liesinger, L. / Birner-Gruenberger, R. / Pavkov-Keller, T. / Haemmerle, G. / Schoiswohl, G. / Oberer, M.

履歴

登録	2024年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g73.cif.gz	423.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g73.ent.gz	337.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g73_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g73_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9g73_validation.xml.gz	53.2 KB	表示
CIF形式データ	9g73_validation.cif.gz	73.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/9g73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/9g73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Pyrethroid hydrolase Ces2e

B: Pyrethroid hydrolase Ces2e

ヘテロ分子

131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.931, 145.243, 149.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 28 - 550 / Label seq-ID: 28 - 550

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Pyrethroid hydrolase Ces2e / Carboxylic ester hydrolase / carboxylesterase 2E 分子量: 63213.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ces2e, Ces5 / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q8BK48, pyrethroid hydrolase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Pyrethroid hydrolase Ces2e / Carboxylic ester hydrolase / carboxylesterase 2E

分子量: 63213.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ces2e, Ces5 / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8BK48, pyrethroid hydrolase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 717分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein stock solution in 20 mM Tris/HCl, pH 7.4, and 150 mM NaCl; ShotGun (SG1) Screen: E1 (2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M Bis-Tris buffer pH 5.5) with protein end concentration of 2.89 mg/ml in a 0.5 uL drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→80.646 Å / Num. obs: 54113 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.0755 / Net I/σ(I): 9.38
反射シェル	解像度: 2.4→2.486 Å / R_merge(I) obs: 0.4157 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 5365 / CC_1/2: 0.723

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→80.646 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 7.997 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.22 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2138	2718	5.023 %
R_work	0.1756	51393	-
all	0.178	-	-
obs	-	54111	99.856 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.312 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.461 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.111 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.572 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→80.646 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8154	0	249	698	9101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	8680
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	7983
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.281	0.1	36478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.543	1.665	11803
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.301	1.597	18474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.041	5	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.213	22.922	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.344	15	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.211	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	7345
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	4105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	491
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.018	3.45	4183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.007	3.449	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.875	5.159	5230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.875	5.16	5231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.134	4.176	4497
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.13	4.155	4438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.499	6.026	6570
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.504	5.991	6481
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.309	71.64	40964
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.228	71.648	40423
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.094	0.05	17193

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0936	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0936	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.28	179	0.253	3789	X-RAY DIFFRACTION	99.9748
2.462-2.53	0.278	223	0.242	3622	X-RAY DIFFRACTION	99.974
2.53-2.603	0.279	196	0.241	3591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.252	161	0.225	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.771	0.225	157	0.212	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.868	0.249	169	0.212	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-2.976	0.247	185	0.196	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.976-3.098	0.244	170	0.176	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.9688
3.098-3.235	0.213	151	0.168	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.235-3.393	0.209	137	0.158	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.9315
3.393-3.576	0.212	141	0.157	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.8933
3.576-3.793	0.185	147	0.14	2484	X-RAY DIFFRACTION	99.962
3.793-4.054	0.147	107	0.133	2402	X-RAY DIFFRACTION	100
4.054-4.379	0.19	131	0.133	2199	X-RAY DIFFRACTION	99.9571
4.379-4.795	0.161	109	0.13	2040	X-RAY DIFFRACTION	99.907
4.795-5.36	0.198	103	0.152	1852	X-RAY DIFFRACTION	99.6432
5.36-6.186	0.205	86	0.189	1632	X-RAY DIFFRACTION	99.8837
6.186-7.568	0.225	78	0.204	1411	X-RAY DIFFRACTION	99.9329
7.568-10.669	0.15	55	0.149	1116	X-RAY DIFFRACTION	99.7445

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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