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- PDB-9g6z: C. elegans TOFU-6 eTUDOR TOFU-1 peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g6z
タイトルC. elegans TOFU-6 eTUDOR TOFU-1 peptide complex
要素
  • Embryonic developmental protein tofu-6
  • Protein tofu-1
キーワードPROTEIN BINDING / piRNA biogenesis / TUDOR domain / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


21U-RNA metabolic process / primary piRNA processing / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / endoribonuclease complex / piRNA processing / mitotic sister chromatid separation / embryonic cleavage / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division ...21U-RNA metabolic process / primary piRNA processing / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / endoribonuclease complex / piRNA processing / mitotic sister chromatid separation / embryonic cleavage / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / DNA replication / cell division / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Schlafen-like protein 1 / Embryonic developmental protein tofu-6
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Ketting, R. / Falk, S.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science Fund10.55776 / I6110 オーストリア
Austrian Science Fund10.55776 / DOC177 オーストリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: piRNA processing by a trimeric Schlafen-domain nuclease.
著者: Podvalnaya, N. / Bronkhorst, A.W. / Lichtenberger, R. / Hellmann, S. / Nischwitz, E. / Falk, T. / Karaulanov, E. / Butter, F. / Falk, S. / Ketting, R.F.
履歴
登録2024年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2024年12月4日ID: 8BY5
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Embryonic developmental protein tofu-6
B: Protein tofu-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8764
ポリマ－26,6922
非ポリマー1842
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.150, 69.202, 60.946
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.473, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Embryonic developmental protein tofu-6 / 21U-RNA biogenesis fouled up protein 6 / Maternal effect lethal protein 47


分子量: 22710.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: tofu-6, mel-47, EEED8.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09293
#2: タンパク質・ペプチド Protein tofu-1 / 21U-RNA biogenesis fouled up protein 1


分子量: 3981.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: tofu-1, C27H6.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O17608
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.34 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Na bromide, 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→60.93 Å / Num. obs: 12063 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 35.81 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.22→2.26 Å / Num. unique obs: 626 / CC1/2: 0.777

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→36.52 Å / SU ML: 0.3171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.0501
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 1212 10.06 %
Rwork0.1756 10841 -
obs0.181 12053 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→36.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1673 0 12 77 1762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00521722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6712323
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8706653
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.310.31851330.25651205X-RAY DIFFRACTION98.82
2.31-2.420.27861290.22041204X-RAY DIFFRACTION99.55
2.42-2.550.2971450.20051201X-RAY DIFFRACTION99.19
2.55-2.710.28661330.20831208X-RAY DIFFRACTION99.55
2.71-2.910.29421310.22481195X-RAY DIFFRACTION99.77
2.91-3.210.25261380.18891207X-RAY DIFFRACTION99.48
3.21-3.670.21371290.16861193X-RAY DIFFRACTION98.22
3.67-4.620.17511350.13681186X-RAY DIFFRACTION96.63
4.62-36.520.20461390.15421242X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.68400813655-0.715539311710.5237261474856.84469832918-4.5721238925.67695260872-0.0962347587506-0.1088490701680.372308030923-1.009919932630.2837613274930.4719171930380.402687678243-0.317289937318-0.2190827628410.437187798936-0.0725362671311-0.1389648846730.340163105393-0.07200852580930.4316847094157.89040869673.4920361876311.3643522514
22.258648094120.1358867778010.9517693922361.83224727590.3366824967182.52296616852-0.0715641176635-0.097218393401-0.09172580553050.05538841264420.134049149763-0.09533953319660.1722495985850.0466786613008-0.01040992891380.261975170058-0.0146970953929-0.02345676901570.287320752413-0.04020999793740.3547132541615.9665685733-12.032770401528.0619001279
31.83143884204-0.3903892254120.2974985365120.857060693209-0.3860484929922.23452496207-0.06377156329420.222657019169-0.253437751346-0.0577208004948-0.02120521096670.04395308932570.0290063291862-0.2554150739930.1188295457810.246838006947-0.0263743600742-0.02490682466990.294484106687-0.002532580719480.37911255371412.2376712122-1.1379346786728.5891219249
43.68038182925-0.276925166691-0.1797911353842.3009517107-0.5276646094213.657118177980.2551789133450.78220239535-0.65824576426-0.200453487930.02538164916180.01707661557580.182183411069-0.153514029309-0.1074134154710.480839931087-0.003916818541890.1166566830910.470811706242-0.1657407888840.52949466969724.007462069-6.1164988884311.0833712943
51.75174736257-0.501703844401-0.9041897155261.925749970310.09718725095832.254773093750.03743503949240.600833596092-0.24889412334-0.927357634236-0.2280159489050.140126647739-0.252067079427-0.1654809020240.1732019458160.6034732310120.03296907390120.02457476673780.4727991014060.01913939301590.3720111964812.679705185411.02278139277.14407221449
63.161364520790.1038503064060.0463284637081.96915207347-0.04630239535112.07120702652-0.1637393067510.4956126610170.302807100598-0.5439959190540.229138280203-0.50949064379-0.1979098703730.254419995477-0.09159845350740.399329933714-0.05381928164540.06810134562630.3972703277950.01159408039930.41729471686420.08372343828.0123770938812.6869321862
71.70634543903-1.47305632255-1.102353495495.936664808880.6539071896851.632194312210.1308429144340.1831476077880.320846242636-0.174096425177-0.175798320873-0.828448277323-0.1113039472860.331524306280.03548684060860.302313509205-0.05385085535580.03519969507150.2969864441-0.01855607973110.45723428716118.73700124818.0707213593420.8955711225
80.7460613663260.1841370242290.2356522268582.528148679430.1232062149111.68426942564-0.03672801808910.323068467498-0.00357460469567-0.4829345569980.160457914357-0.08288645749220.139920401584-0.258974950227-0.08783303032050.2771715414160.012047458383-0.008204390937030.326719606191-0.02156683092410.26005303515113.22982535562.0768346745119.0259326467
91.75017956709-0.28850313227-0.07187513193991.79908787647-0.1013141930672.20870994173-0.0904861653412-0.2006201668470.2262678937530.2066217855340.08199078332590.0743754671343-0.138413474151-0.07497405014670.009587743114620.2681300250610.00375791603235-0.007685083888960.274471809445-0.04662416169230.36646321054314.7384344292-3.0439367294535.9778579856
104.29548894901-1.47103147856-0.2531415990473.46777427329-0.01593608148062.11525086421-0.40926103833-0.598883053023-0.3766687669810.721683702720.28035201279-0.0310252687853-0.175474152577-0.03187145085070.09899996650230.4414167516090.0580908579996-0.04004278328330.404764374056-0.0495364649390.35682803870611.4223190161-6.8893996217945.9117954998
115.58539512991-0.8620218650061.261503747384.32314008606-1.453694720266.017100068370.208946027031-0.07570488627460.5064344231110.712353146469-0.152563011235-0.199185801867-1.439098320591.640500417250.1848943979440.6455350545590.00829950872074-0.03085955644160.928658203253-0.232292555150.53529984558319.04620200280.78990641321847.636891428
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 115 through 124 )AA115 - 1241 - 10
22chain 'A' and (resid 125 through 136 )AA125 - 13611 - 22
33chain 'A' and (resid 137 through 159 )AA137 - 15923 - 45
44chain 'A' and (resid 160 through 175 )AA160 - 17546 - 61
55chain 'A' and (resid 176 through 190 )AA176 - 19062 - 76
66chain 'A' and (resid 191 through 208 )AA191 - 20877 - 94
77chain 'A' and (resid 209 through 222 )AA209 - 22295 - 108
88chain 'A' and (resid 223 through 253 )AA223 - 253109 - 139
99chain 'A' and (resid 254 through 295 )AA254 - 295140 - 181
1010chain 'A' and (resid 296 through 314 )AA296 - 314182 - 200
1111chain 'B' and (resid 85 through 96 )BB85 - 961 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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