PDB-9g5z: Nanobody-mediated activation and inhibition of Staphylococcus aur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g5z

タイトル

Nanobody-mediated activation and inhibition of Staphylococcus aureus MazF

要素

Endoribonuclease MazF
Nanobody 11

キーワード

TOXIN / Toxin-antitoxin system / Ribonuclease / Nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4290937208 Å

データ登録者

Prolic-Kalinsek, M. / Haesaerts, S. / Loris, R.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Staphylococcus aureus MazF in complex with Nanobody 11
著者: Prolic-Kalinsek, M. / Zorzini, V. / Haesaerts, S. / De Bruyn, P. / Loris, R.

履歴

登録	2024年7月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g5z.cif.gz	225.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g5z.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g5z_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g5z_full_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示
XML形式データ	9g5z_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	9g5z_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/9g5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/9g5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoribonuclease MazF

B: Endoribonuclease MazF

C: Nanobody 11

D: Nanobody 11

ヘテロ分子

57.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.100, 102.100, 101.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	PRO	PRO	(chain 'C' and (resid 5 through 12 or (resid 13...	C	C	5 - 43	4 - 42
1	2	1	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'C' and (resid 5 through 12 or (resid 13...	C	C	46 - 118	45 - 117
2	1	1	GLN	GLN	PRO	PRO	(chain 'D' and (resid 5 through 20 or (resid 21...	D	D	5 - 43	4 - 42
2	2	1	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'D' and (resid 5 through 20 or (resid 21...	D	D	46 - 118	45 - 117
1	3	2	PRO	PRO	ASP	ASP	(chain 'A' and ((resid 0 and (name CA or name...	A	A	1 - 103	14 - 116
1	4	2	ALA	ALA	ASN	ASN	(chain 'A' and ((resid 0 and (name CA or name...	A	A	105 - 113	118 - 126
2	3	2	PRO	PRO	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 0 through 66 or (resid 67...	B	B	1 - 103	14 - 116
2	4	2	ALA	ALA	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 0 through 66 or (resid 67...	B	B	105 - 113	118 - 126

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Endoribonuclease MazF / SaMazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF 分子量: 14952.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 抗体	Nanobody 11 分子量: 13710.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.01 M Cobalt(II) chloride hexahydrate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 1.8 M Ammonium sulfate, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4290937208→45.574579877 Å / Num. obs: 8391 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 107.190656778 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.14
反射シェル	解像度: 3.4290937208→3.64 Å / Num. unique obs: 1237 / CC_1/2: 0.372

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.4290937208→45.574579877 Å / SU ML: 0.542376142696 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35108234315 / 位相誤差: 33.2416431123
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283114662681	420	5.0107372942 %
R_work	0.244334367676	7962	-
obs	0.24628427461	8382	98.4958871915 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 109.132728044 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4290937208→45.574579877 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3415	0	13	12	3440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00281292481509	3503
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.830195278492	4775
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052814820104	546
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00449526773557	612
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9134854857	2064

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4291-3.9251	0.352244658033	134	0.278383083544	2540	X-RAY DIFFRACTION	95.6708407871
3.9251-4.9442	0.256485788779	140	0.225878194754	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.9285969297
4.9442-45.574579877	0.279838508923	146	0.244565715986	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.8284145504

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.48950591245	0.872683519281	0.0128294300859	8.22361252439	1.55515037278	6.9718296855	0.0997299356223	-0.019069430888	0.0711046007701	0.675557874038	-0.0931922445227	0.0285622316976	0.377562422092	-0.185435442091	-0.0778280191294	0.559155632539	0.00583674191154	0.0462760104925	0.697648317751	-0.0136897608601	0.608363631756	21.1835274308	3.12003721851	0.990832229007
2	4.37092175635	0.900764777649	-0.171545487767	6.54658080721	-0.0833081153385	7.73346662447	0.406592307398	0.498169964952	0.351895217508	0.394088760117	-0.020682674451	-0.384008313415	-0.78699930036	0.334388708586	-0.455271717824	0.842714205905	-0.0948966277991	-0.00842724065959	0.91185691159	-0.0647229738667	0.750849488634	32.9599219299	18.4967982878	-5.23823719673
3	4.45213083392	-1.51588274273	-2.76696796315	7.39341494348	-1.97356323694	7.13553683916	0.180144291922	-0.246848999828	-0.398237599348	0.268721252309	-0.234798712359	-0.0715886454736	0.321642085537	0.534074990224	-0.0132690462899	0.984364737351	-0.0488497255356	0.00150988830585	0.703458780663	-0.0619561257836	0.622065630503	31.0715278482	-10.2039568859	28.1826698389
4	8.03146390091	-0.440862910464	-4.77773031359	2.15643055326	-1.81715931001	6.89347158595	0.0213221079979	0.26762836353	-0.145290140488	-0.0814301915814	0.00238107813375	0.357940633046	0.0535288445115	-0.0187783361505	-0.0790004012683	0.940877786439	-0.345126709548	-0.0174279662105	1.4081620964	0.0109834176929	0.977804519939	52.028044861	11.1368328419	-28.7101198147

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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