PDB-9g4q: Crystal structure of the salivarius-1 RNA motif

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g4q

タイトル

Crystal structure of the salivarius-1 RNA motif

要素

RNA (52-MER)

キーワード

RNA / RNA structure / tRNA-mimicking / X-ray crystallography

機能・相同性

: / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Ligilactobacillus salivarius UCC118 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

資金援助

英国,

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for tRNA-mimicking by salivarius-1 RNA motif
著者: Huang, L. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2024年7月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9g4q.ent.gz	98.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9g4q_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g4q_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	9g4q_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	9g4q_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/9g4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/9g4q	HTTPS FTP

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類似性 (1)
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類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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リシン (Ricin)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (52-MER)

B: RNA (52-MER)

ヘテロ分子

33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.409, 68.094, 99.339
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: RNA鎖	RNA (52-MER) 分子量: 16822.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Ligilactobacillus salivarius UCC118 (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.04 M Magnesium Acetate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 30% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9198 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→56.17 Å / Num. obs: 44110 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 25.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.99→2.02 Å / 冗長度: 25.8 % / R_merge(I) obs: 3.504 / Num. unique obs: 1125 / CC_1/2: 0.68 / R_pim(I) all: 0.697 / % possible all: 98.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.99→44.24 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	2245	5.09 %
R_work	0.225	-	-
obs	0.226	44110	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→44.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2207	6	44	2257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2465
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.02	3841
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.753	1239
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.127	516
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	103

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.033	0.4118	120	0.4148	2596	X-RAY DIFFRACTION	98
2.033-2.0802	0.379	156	0.3955	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0802-2.1323	0.4406	140	0.3599	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1323-2.1899	0.3402	117	0.337	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1899-2.2544	0.3608	144	0.3322	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2544-2.3271	0.4144	121	0.3337	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3271-2.4103	0.4275	159	0.319	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4103-2.5068	0.3603	128	0.3444	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5068-2.6208	0.2942	133	0.3041	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6208-2.759	0.3802	127	0.3123	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.759-2.9318	0.3097	134	0.2965	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9318-3.1581	0.2892	126	0.2426	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1581-3.4758	0.2535	179	0.201	2566	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4758-3.9785	0.2123	152	0.1755	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9785-5.0114	0.1801	170	0.1503	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0114-44.24	0.1979	139	0.1631	2485	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4215	-0.4841	-0.4312	0.7923	1.6257	3.5756	-0.2517	0.0409	-0.4154	0.2263	-0.2206	-0.0317	1.5245	-0.2903	0.4485	0.639	-0.0281	0.0522	0.4534	-0.0531	0.4785	19.1963	21.959	46.028
2	2.347	0.8547	-1.9127	1.4051	-0.0471	2.981	-0.0177	-0.2833	0.0264	-0.1165	-0.0042	0.1205	0.6386	0.0607	0.0937	0.4988	-0.0959	0.0062	0.4521	-0.0189	0.3723	17.4873	29.0272	57.8132
3	2.7646	0.3669	0.7166	3.0328	0.7271	5.2893	0.0415	-0.1691	0.1052	-0.2281	-1.5775	-1.9983	1.3296	1.578	1.5208	1.3632	0.4406	0.1675	1.2618	0.3222	1.0039	28.4296	14.8488	57.6949
4	1.8433	0.4242	-1.3687	0.2178	0.0102	2.6552	0.0081	-0.072	-0.1683	0.0653	0.1262	-0.1561	0.418	0.6255	-0.0399	0.4234	0.0384	-0.0204	0.4639	-0.0138	0.3811	25.2716	31.0498	39.8728
5	3.0032	-0.4764	-0.1687	1.0181	0.8407	1.3157	0.7434	-0.6081	0.0729	0.1462	-0.452	-0.0426	-0.1754	-0.248	0.181	0.4505	-0.0449	-0.0172	0.6764	-0.0145	0.5178	19.1734	30.132	6.7926
6	1.269	0.1653	-0.4581	0.1239	-0.4488	1.2385	-0.1647	-0.3042	0.3358	0.1457	0.0335	0.1412	-0.5909	0.1689	0.1651	0.4659	0.0001	-0.0664	0.6198	0.0797	0.5082	29.7965	31.462	-13.0058
7	1.8905	-0.4728	1.0154	0.0898	-0.2502	0.5301	-0.1873	1.0765	-0.1551	-0.107	-0.096	-0.3596	0.1383	0.4458	0.3066	0.4954	-0.0037	0.0026	0.8833	0.0386	0.4764	28.3225	35.0623	-28.6142
8	2.2434	0.3179	1.3083	2.9276	-2.4139	4.3372	0.0293	0.7204	-0.1742	-0.401	-0.2229	-0.179	0.114	0.7046	0.0837	0.362	-0.01	0.0005	0.5081	-0.0498	0.3747	18.0014	30.9355	-22.5232
9	2.4145	-1.1313	-1.5311	2.4662	-0.1188	1.3269	-0.1548	0.917	-1.2745	-0.404	-0.486	0.6384	0.6973	-0.372	0.6492	0.6155	0.1905	0.0218	0.9423	0.0298	0.8098	35.1772	25.2094	-22.3813
10	2.3799	0.7178	-1.9578	1.0409	-1.2066	1.9954	-0.4025	-0.4377	-0.5097	0.2849	0.0325	-0.314	0.3102	0.5086	0.2654	0.5243	0.035	-0.0376	0.5552	0.1045	0.5815	28.7095	21.3976	-5.1398
11	2.426	-0.4872	-1.1094	0.763	-0.7389	1.7663	-0.0799	-0.0318	-0.5331	-0.049	-0.0039	0.099	0.4072	-0.2859	-0.0072	0.4334	-0.0332	-0.003	0.4728	-0.0492	0.4856	13.7829	21.6123	-14.1885
12	2.8967	-0.3477	-1.1887	0.7083	-0.547	2.0313	0.2163	-0.972	-0.2386	0.1952	0.0911	-0.3107	0.1806	0.2444	-0.0759	0.4042	0.0263	-0.0431	0.5925	0.0464	0.4485	18.5904	25.899	4.727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'B' AND (RESID 17 THROUGH 21 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'B' AND (RESID 22 THROUGH 26 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 27 THROUGH 52 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 6 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 7 THROUGH 11 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 12 THROUGH 16 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 17 THROUGH 21 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 22 THROUGH 26 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'A' AND (RESID 27 THROUGH 31 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'A' AND (RESID 32 THROUGH 41 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'A' AND (RESID 42 THROUGH 52 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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