PDB-9g48: Staphylococcus aureus MazF in complex with Nanobody 6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g48

タイトル

Staphylococcus aureus MazF in complex with Nanobody 6

要素

Endoribonuclease MazF
Nanobody 6

キーワード

TOXIN / Toxin-antitoxin system / Ribonuclease / Nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14353600683 Å

データ登録者

Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Loris, R.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nanobody-mediated activation and inhibition of Staphylococcus aureus MazF
著者: Prolic-Kalinsek, M. / Zorzini, V. / Haesaerts, S. / De Bruyn, P. / Loris, R.

履歴

登録	2024年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g48.cif.gz	248.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g48.ent.gz	165.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9g48_validation.pdf.gz	479.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g48_full_validation.pdf.gz	484.1 KB	表示
XML形式データ	9g48_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	9g48_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/9g48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/9g48	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9g1yC 9g2gC 9g4gC 9g5lC 9g7kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoribonuclease MazF

B: Endoribonuclease MazF

C: Nanobody 6

D: Nanobody 6

ヘテロ分子

61.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.140, 60.140, 246.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-322- HOH
2	1	D-338- HOH

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Endoribonuclease MazF / SaMazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF 分子量: 14952.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 抗体	Nanobody 6 分子量: 15232.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 188分子

#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M CdCl2, 0.1 M Na-acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG-400 PH範囲: 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14353→39.7614 Å / Num. obs: 28443 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.845 % / B_iso Wilson estimate: 48.2159587816 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.14353→2.28 Å / Num. unique obs: 4525 / CC_1/2: 0.463 / % possible all: 82.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.14353600683→39.7613289734 Å / SU ML: 0.333261603839 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33786595283 / 位相誤差: 25.8905696562
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245384553422	1424	5.00650423654 %
R_work	0.216028462864	27019	-
obs	0.217533490853	28443	96.4398331808 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.5208165254 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14353600683→39.7613289734 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3625	0	22	181	3828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00334216402996	3756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.539864812529	5089
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0447988882359	580
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00442105461867	656
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.3334829017	2242

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14354-2.2201	0.383973749353	140	0.336494865482	2646	X-RAY DIFFRACTION	96.035849707
2.2201-2.309	0.331768622531	143	0.304264546519	2704	X-RAY DIFFRACTION	98.2401656315
2.309-2.4141	0.31071585634	141	0.280493431779	2683	X-RAY DIFFRACTION	97.8516978517
2.4141-2.5414	0.279335299561	142	0.263843913788	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.058905542
2.5414-2.7005	0.315846033609	145	0.239869010279	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.3162393162
2.7005-2.909	0.254734817998	144	0.227452804977	2729	X-RAY DIFFRACTION	98.6607142857
2.909-3.2016	0.229580979734	143	0.207960026273	2716	X-RAY DIFFRACTION	97.3773841962
3.2016-3.6646	0.250397549125	140	0.191607245644	2666	X-RAY DIFFRACTION	94.861392833
3.6646-4.6159	0.194625603102	143	0.169829234642	2720	X-RAY DIFFRACTION	94.6759259259
4.6159-39.7613	0.242394896065	143	0.229246102077	2695	X-RAY DIFFRACTION	89.2452830189

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.10567718148	1.37915369311	3.91566280693	0.629707658939	1.52098943823	4.93934211266	-0.359179334137	-0.285509127352	-0.207240989068	0.507322985119	-0.257688069126	1.52319232565	0.902934913624	-1.20565853119	0.0570686880869	0.530761919776	-0.224414676105	0.177978271872	0.643989501622	-0.0751827841412	0.791001230353	7.52296352109	0.462686277161	20.5281605417
2	6.39280281083	-0.20792594236	-0.410394709034	6.15412155234	-0.950197777491	8.45460500245	0.090213836478	0.0980515985089	-0.371644459145	1.15361452537	-0.436508531116	0.568218395457	-0.655236083272	-0.463990184417	0.278193658402	0.58152971936	-0.051502936104	0.138744561291	0.443709894071	-0.121042058303	0.545096525577	10.876145183	3.57717987428	11.9091535239
3	3.53746323747	0.683491200841	2.93866629427	3.68522378687	2.27570857618	3.09882822722	-0.773749854487	0.455099889172	-0.886625367229	1.44557657365	-0.080892203723	0.750669707463	0.0929903869608	0.954976883138	0.517689165709	1.09174784567	-0.171536854646	0.197673927634	0.875166841026	0.0540086366014	0.914604693942	13.8905844419	17.6823397631	7.01974947702
4	2.83056945344	-1.96465551226	0.973678803202	2.03568119256	0.693501317247	2.34331789411	0.120688246745	0.0750889597804	-0.663965683484	-0.471058844414	-0.38504210169	-0.120357403138	-0.714124120835	0.489398638743	0.206189113978	0.513274035109	-0.0721305447994	0.086156098377	0.424821319809	-0.0209431423972	0.401754692054	12.7720170459	7.36860808694	16.1226651491
5	1.70671256504	-0.789083147079	-0.637875498192	2.77271981594	1.24958909904	2.9444907575	0.0481661595989	0.126676002185	-0.159862241792	-0.206536209096	0.0501790244075	-0.0564497406036	-0.0951726820851	0.00576585103071	0.00953745647325	0.441418857886	-0.0985892581558	0.00196652752277	0.327595892684	-0.00815461734996	0.286831416523	15.7397976441	8.98769380574	17.8293689904
6	0.320952990365	-0.204893545647	0.615483338127	0.347158682348	-0.327947649701	1.47291120306	0.102851848259	-0.202165680664	-0.125438443877	-0.90135100177	0.264188806571	1.04014148439	0.324892062314	0.271068750279	-0.149552498773	0.646278287032	-0.116764167721	-0.0781105023444	0.448410349831	0.0746252512587	0.636851647614	26.0499379864	1.10786301864	14.2232123384
7	1.50031294556	-0.268761195376	-1.86611399752	0.942484311624	1.98860880928	1.41846587236	-0.272735972847	0.627740665129	0.381927835323	-0.299543235471	0.388257352672	-0.266626845056	0.101512327352	-0.136986369451	-0.0994566104716	0.473943652623	-0.126039659745	0.0693420141298	0.460703256379	0.0125471694749	0.348891408333	15.9098063318	8.79521740267	12.9404193251
8	3.22389600524	-1.59948101529	-0.288127955763	4.66630888311	-0.310335126414	3.08284447153	-0.0700220547145	0.0601126396048	0.0867220838545	-0.524227511987	-0.422139713033	-0.192361474327	0.952715557379	-0.701218033309	0.533811370108	0.617826285975	-0.210319669626	0.0520956990793	0.446313663457	-0.0315809342266	0.576926296695	13.4227554421	-1.38211108507	14.5017998359
9	3.19921533294	-0.479188920197	1.17337041432	2.60279870541	2.00147715698	2.11643987117	0.194151182717	-0.608515494346	0.0409506131505	0.586035574369	-0.20890002193	-1.47287817181	0.251588536412	0.2457861996	-0.0563909201633	0.455273584653	-0.126489411539	0.0125522814058	0.500331878436	0.0518145329866	0.422257700725	22.5895850865	6.98146931732	25.5505696079
10	9.74824552621	-2.24251741201	-3.48219917936	2.8663815089	2.43871428705	2.35482496256	-0.544048090591	-1.34417470327	0.619625548543	1.39975285289	-0.760067496393	-0.968635794095	-0.267026862184	0.984014840793	-0.0746016271167	0.855613989508	-0.17909234632	-0.0181469580811	0.711187087952	0.0161843675073	0.564672468725	20.7939244766	18.3734997747	30.4675534175
11	5.76084466436	-1.75337189001	2.46462156466	2.5560889777	-0.0754688054128	6.18626196222	-0.314424617166	-0.010559729384	0.529938374049	0.221142660212	0.0995598830831	0.129437069496	-1.37159615405	0.514917849097	0.134866962042	0.650424260461	-0.069959156887	0.0358068302667	0.464538056067	0.029755742151	0.47451146795	15.3585502708	31.2730907495	22.6257933827
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精密化 TLSグループ

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26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 52 through 60 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 61 through 83 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 84 through 124 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 125 through 133 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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