PDB-9g47: The structure of Candida albicans phosphoglucose isomerase in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g47

タイトル

The structure of Candida albicans phosphoglucose isomerase in complex with a fragment binder

要素

Glucose-6-phosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / PGI / Candida / fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

fungal biofilm matrix / glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Yan, K.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Exploration of starting points for the chemical validation of UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase in Aspergillus fumigatus
著者: Yan, K. / Stanley, M. / Raimi, O. / Kowalski, B. / Gurvic, D. / Grillenberger, S. / Chen, X. / Ferenbach, A.T. / Dorfmueller, H. / van Aalten, D.M.F.

履歴

登録	2024年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g47.cif.gz	252.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g47.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g47_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g47_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9g47_validation.xml.gz	57 KB	表示
CIF形式データ	9g47_validation.cif.gz	81.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/9g47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/9g47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g45C 9g46C 9g4hC 9g4kC 9g4oC 9g53C 9g5aC 9g5fC 9g5oC 9g5yC 9g63C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glucose-6-phosphate isomerase

B: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.777, 101.212, 135.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glucose-6-phosphate isomerase / GPI / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI 分子量: 61670.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: PGI1, CAALFM_CR06340CA, CaO19.11369, CaO19.3888 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P83780, glucose-6-phosphate isomerase
#2: 糖	ChemComp-PA5 / 5-PHOSPHOARABINONIC ACID / D-アラビノン酸5-りん酸タイプ: saccharide / 分子量: 246.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁O₉P
#3: 化合物	ChemComp-A1IIC / quinoxalin-5-ol 分子量: 146.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1085 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Hepes-NaOH pH 7.0, 21 % PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.506→81.05 Å / Num. obs: 154412 / % possible obs: 84.2 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 1.506→1.569 Å / Num. unique obs: 7721 / CC_1/2: 0.983

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→81.05 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	7724	5.01 %
R_work	0.2114	-	-
obs	0.2122	154083	81.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→81.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8607	0	52	1085	9744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8991
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.787	12231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.684	3205
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1572

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.52	0.3432	106	0.3116	1796	X-RAY DIFFRACTION	31
1.52-1.54	0.3265	104	0.3008	2071	X-RAY DIFFRACTION	35
1.54-1.56	0.3107	100	0.2806	2348	X-RAY DIFFRACTION	39
1.56-1.58	0.2705	137	0.2707	2568	X-RAY DIFFRACTION	43
1.58-1.6	0.2885	163	0.2585	2805	X-RAY DIFFRACTION	48
1.6-1.62	0.2584	181	0.2482	3105	X-RAY DIFFRACTION	53
1.62-1.65	0.2555	184	0.2359	3364	X-RAY DIFFRACTION	57
1.65-1.67	0.2226	178	0.2315	3695	X-RAY DIFFRACTION	62
1.67-1.7	0.2698	200	0.2176	3967	X-RAY DIFFRACTION	67
1.7-1.72	0.2578	237	0.2186	4243	X-RAY DIFFRACTION	72
1.72-1.75	0.255	285	0.2146	4577	X-RAY DIFFRACTION	78
1.75-1.79	0.2113	279	0.2118	4924	X-RAY DIFFRACTION	84
1.79-1.82	0.2042	270	0.2077	5368	X-RAY DIFFRACTION	90
1.82-1.86	0.2319	281	0.2035	5841	X-RAY DIFFRACTION	98
1.86-1.9	0.2198	299	0.2026	5915	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.94	0.1974	327	0.1895	5884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.99	0.2073	356	0.1786	5904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.04	0.2126	301	0.176	5893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.1	0.1949	316	0.1745	5922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.17	0.1863	338	0.1768	5931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.25	0.2083	308	0.1802	5955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.34	0.2062	318	0.1862	5955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.45	0.2112	307	0.1898	5954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.58	0.227	293	0.2069	5979	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.74	0.2211	300	0.2191	6018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.95	0.2575	275	0.2312	5995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.24	0.2449	301	0.2218	6051	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.71	0.216	318	0.2134	6047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.68	0.2083	329	0.2052	6064	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-81.05	0.2679	333	0.2633	6220	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)