PDB-9g2d: Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g2d

タイトル

Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in the long-lived resting state (C5) sprayed with PBS

要素

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / GABA / neurotransmission / gating cycle / time-resolved cryo-EM

機能・相同性

機能・相同性情報

circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Mihaylov, D.B. / Malinauskas, T. / Aricescu, A.R.

資金援助

英国,

米国, 6件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_UP_1201/15	英国
Cancer Research UK	DRCRPG-May23/100002	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MR/L009609/1	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_EX_MR/T046279/1	英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R01-GM135550	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	NeuroNex 2014862	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in the long-lived resting state (C5) sprayed with PBS
著者: Mihaylov, D.B. / Malinauskas, T. / Aricescu, A.R.

履歴

登録	2024年7月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g2d.cif.gz	450.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g2d.ent.gz	296.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g2d_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g2d_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9g2d_validation.xml.gz	61 KB	表示
CIF形式データ	9g2d_validation.cif.gz	89.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/9g2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/9g2d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	50973MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (10) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

B: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

C: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

D: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

E: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

ヘテロ分子

236 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "C"
d_2	ens_1	chain "B"
d_3	ens_1	chain "E"
d_4	ens_1	chain "D"
d_5	ens_1	chain "A"
d_1	ens_2	chain "e"
d_2	ens_2	chain "b"
d_3	ens_2	chain "c"
d_4	ens_2	chain "d"
d_5	ens_2	chain "a"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASN	ASN	VAL	VAL	C	C	4 - 447	58 - 394
d_2	1	ens_1	ASN	ASN	VAL	VAL	B	B	4 - 447	58 - 394
d_3	1	ens_1	ASN	ASN	VAL	VAL	E	E	4 - 447	58 - 394
d_4	1	ens_1	ASN	ASN	VAL	VAL	D	D	4 - 447	58 - 394
d_5	1	ens_1	ASN	ASN	VAL	VAL	A	A	4 - 447	58 - 394
d_1	1	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	e	N	1
d_1	2	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	e	N	2
d_1	3	ens_2	BMA	BMA	BMA	BMA	e	N	3
d_1	4	ens_2	MAN	MAN	MAN	MAN	e	N	4
d_1	5	ens_2	MAN	MAN	MAN	MAN	e	N	5
d_1	6	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	J	O	1
d_1	7	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	J	O	2
d_1	8	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	E	Y	502
d_2	1	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	b	H	1
d_2	2	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	b	H	2
d_2	3	ens_2	BMA	BMA	BMA	BMA	b	H	3
d_2	4	ens_2	MAN	MAN	MAN	MAN	b	H	4
d_2	5	ens_2	MAN	MAN	MAN	MAN	b	H	5
d_2	6	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	G	I	1
d_2	7	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	G	I	2
d_2	8	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	B	R	501
d_3	1	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	c	J	1
d_3	2	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	c	J	2
d_3	3	ens_2	BMA	BMA	BMA	BMA	c	J	3
d_3	4	ens_2	MAN	MAN	MAN	MAN	c	J	4
d_3	5	ens_2	MAN	MAN	MAN	MAN	c	J	5
d_3	6	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	H	K	1
d_3	7	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	H	K	2
d_3	8	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	C	T	501
d_4	1	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	d	L	1
d_4	2	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	d	L	2
d_4	3	ens_2	BMA	BMA	BMA	BMA	d	L	3
d_4	4	ens_2	MAN	MAN	MAN	MAN	d	L	4
d_4	5	ens_2	MAN	MAN	MAN	MAN	d	L	5
d_4	6	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	I	M	1
d_4	7	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	I	M	2
d_4	8	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	D	W	502
d_5	1	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	a	F	1
d_5	2	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	a	F	2
d_5	3	ens_2	BMA	BMA	BMA	BMA	a	F	3
d_5	4	ens_2	MAN	MAN	MAN	MAN	a	F	4
d_5	5	ens_2	MAN	MAN	MAN	MAN	a	F	5
d_5	6	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	F	G	1
d_5	7	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	F	G	2
d_5	8	ens_2	NAG	NAG	NAG	NAG	A	P	501

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.309007401933, -0.951059623008, 0.000137967219673), (0.951059583662, 0.309007429381, 0.00027733073109), (-0.000306390956449, 4.55177978104E-5, 0.999999952026)	296.295610848, -46.9823334307, 0.0573248284742
2	given	(-0.810226667398, 0.586116370736, -0.00058939988032), (-0.586116601282, -0.810226643284, 0.000340902363142), (-0.000277739030723, 0.000621665240246, 0.999999768197)	221.036415466, 432.346404566, -0.041948580519
3	given	(0.308063165235, 0.951365796062, 0.000456407916257), (-0.951365836128, 0.308063290567, -0.000234207578273), (-0.000363419603671, -0.000362060170981, 0.999999868419)	-46.8784685511, 296.607428949, 0.138199323012
4	given	(-0.808529559731, -0.588455558797, 7.97607021481E-5), (0.588455541747, -0.808529484006, 0.000385851085379), (-0.000162567336708, 0.000358907635376, 0.999999922379)	432.534766967, 220.078120707, -0.0152446614557
5	given	(-0.808130917322, 0.589002875265, 0.000182751939624), (-0.589002869409, -0.808130937234, 9.00690637846E-5), (0.000200738433792, -3.48538216903E-5, 0.999999979245)	220.012707074, 432.560723867, -0.0276476044033
6	given	(-0.809511473189, -0.587104057872, -2.47685494687E-6), (0.587104047911, -0.809511460217, 0.000180844532245), (-0.00010817960119, 0.00014494155215, 0.999999983645)	432.502764939, 220.538847318, -0.00974298030573
7	given	(0.308504937075, -0.951222510102, 0.000663381211949), (0.951222739665, 0.30850490388, -0.00015435574885), (-5.78296941583E-5, 0.000678642804458, 0.99999976805)	296.316607786, -46.8512351734, -0.110327401556
8	given	(0.309225408906, 0.950988743898, 0.000235510889194), (-0.950988772189, 0.309225409743, 3.3768940493E-5), (-4.07120689077E-5, -0.000234410425784, 0.999999971697)	-46.9967524403, 296.269279375, 0.0434138594026

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / GABA(A) receptor subunit beta-3 / GABAAR subunit beta-3 分子量: 45643.246 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRB3 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): EXPI 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28472

#1: タンパク質

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / GABA(A) receptor subunit beta-3 / GABAAR subunit beta-3

分子量: 45643.246 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRB3 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): EXPI 293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28472

-
糖 , 3種, 15分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 255分子

#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Cryo-EM structure of the beta3 homomeric GABA(A) receptor in the long-lived resting state (C5) sprayed with PBS
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.25 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: EXPI 293F / プラスミド: pHLsec

緩衝液

pH: 7.4 / 詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 4.3 mM Na2HPO

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	137 mM	sodium chloride	NaCl	1
2	2.7 mM	potassium chloride	KCl	1
3	4.3 mM	Disodium phosphate	Na₂HPO	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

詳細: current: 30mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 281 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 倍率（補正後）: 96000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 6.43 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 601
画像スキャン	横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	RELION		粒子像選択
4	CTFFIND	4.1	CTF補正
7	PHENIX		モデルフィッティング
9	PHENIX	dev_5294	モデル精密化
10	cryoSPARC		初期オイラー角割当
11	cryoSPARC		最終オイラー角割当
12	cryoSPARC		分類
13	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 301423

対称性

点対称性: C₅ (5回回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21000 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 60 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: FSC at 0.5

原子モデル構築

PDB-ID: 7A5V

7a5v

Accession code: 7A5V / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.96 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0021	14675
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.4095	19980
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0398	2360
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	2455
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	8.5252	5425

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	C	C	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	1.41840737371E-11
ens_1	d_3	C	C	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	7.65436965347E-11
ens_1	d_4	C	C	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	4.08236955928E-12
ens_1	d_5	C	C	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	1.85551722166E-11
ens_2	d_2	N	e	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	9.55039733001E-14
ens_2	d_3	N	e	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	1.06638514424E-12
ens_2	d_4	N	e	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	5.54857930813E-12
ens_2	d_5	N	e	ELECTRON MICROSCOPY	NCS constraints	1.99663422443E-10

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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