PDB-9g2a: Staphylococcus aureus MazF in complex with nanobody 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g2a

タイトル

Staphylococcus aureus MazF in complex with nanobody 4

要素

Endoribonuclease MazF
Nanobody 4

キーワード

TOXIN / Toxin-antotoxin system / Ribonuclease / nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04659385326 Å

データ登録者

Prolic-Kalinsek, M. / Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Loris, R.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Staphylococcus aureus MazF in complex with nanobody 4.
著者: Prolic-Kalinsek, M. / Zorzini, V. / Haesaerts, S. / De Bruyn, P. / Loris, R.

履歴

登録	2024年7月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g2a.cif.gz	234.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g2a.ent.gz	155 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9g2a_validation.pdf.gz	478.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g2a_full_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示
XML形式データ	9g2a_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	9g2a_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/9g2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/9g2a	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoribonuclease MazF

B: Endoribonuclease MazF

C: Nanobody 4

D: Nanobody 4

ヘテロ分子

59.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.970, 51.650, 70.340
Angle α, β, γ (deg.)	81.260, 81.610, 71.650
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain 'C' and (resid 5 through 54 or resid 59 through 68 or resid 70 through 128))	C	C	5 - 53	4 - 52
1	2	1	SER	SER	LYS	LYS	(chain 'C' and (resid 5 through 54 or resid 59 through 68 or resid 70 through 128))	C	C	59 - 67	58 - 66
1	3	1	PHE	PHE	VAL	VAL	(chain 'C' and (resid 5 through 54 or resid 59 through 68 or resid 70 through 128))	C	C	70 - 127	69 - 126
2	1	1	GLN	GLN	ILE	ILE	(chain 'D' and (resid 5 through 54 or resid 59...	D	D	5 - 53	4 - 52
2	2	1	SER	SER	LYS	LYS	(chain 'D' and (resid 5 through 54 or resid 59...	D	D	59 - 67	58 - 66
2	3	1	PHE	PHE	VAL	VAL	(chain 'D' and (resid 5 through 54 or resid 59...	D	D	70 - 127	69 - 126
1	4	2	PRO	PRO	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	1 - 9	14 - 22
1	5	2	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	12 - 59	25 - 72
1	6	2	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	61	74
1	7	2	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	63 - 64	76 - 77
1	8	2	TYR	TYR	MET	MET	(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	66 - 99	79 - 112
1	9	2	VAL	VAL	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	102 - 103	115 - 116
1	10	2	ALA	ALA	ASN	ASN	(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...	A	A	105 - 113	118 - 126
2	4	2	PRO	PRO	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	1 - 9	14 - 22
2	5	2	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	12 - 59	25 - 72
2	6	2	ILE	ILE	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	61	74
2	11	2	LYS	LYS	MET	MET	(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	64 - 99	77 - 112
2	12	2	VAL	VAL	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	102 - 103	115 - 116
2	13	2	ALA	ALA	ASN	ASN	(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...	B	B	105 - 113	118 - 126

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Endoribonuclease MazF / SaMazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF 分子量: 14952.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 抗体	Nanobody 4 分子量: 14542.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% w/v PEG20000, 20% w/v PEG-MME 550, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04659385326→37.8590716537 Å / Num. obs: 29592 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 1.96 % / B_iso Wilson estimate: 22.6890905514 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.75
反射シェル	解像度: 2.04659385326→2.17 Å / Num. unique obs: 4611 / CC_1/2: 0.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.04659385326→37.8590716537 Å / SU ML: 0.375124675065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97682144033 / 位相誤差: 36.4972878768
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306648133329	1366	4.99963399458 %
R_work	0.239536835888	25956	-
obs	0.242874958843	27322	86.8357487923 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.145290239 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04659385326→37.8590716537 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3403	0	56	145	3604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00840941089117	3556
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09797705389	4840
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0644529991148	561
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00679461437991	610
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4367312431	2145

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0466-2.1197	0.342256970032	94	0.346657724637	1809	X-RAY DIFFRACTION	59.9558916194
2.1197-2.2046	0.439967476381	106	0.318907913026	2087	X-RAY DIFFRACTION	70.3561116458
2.2046-2.3049	0.384554028805	131	0.315339287372	2361	X-RAY DIFFRACTION	79.8206278027
2.3049-2.4264	0.336024438888	144	0.283538398961	2772	X-RAY DIFFRACTION	91.4967053655
2.4264-2.5784	0.360868245035	151	0.27260451708	2867	X-RAY DIFFRACTION	95.90085796
2.5784-2.7774	0.308329470921	148	0.270990918125	2814	X-RAY DIFFRACTION	95.0272698107
2.7774-3.0568	0.336231673685	151	0.262158409899	2858	X-RAY DIFFRACTION	95.3724247227
3.0568-3.4989	0.301061954592	147	0.236839187799	2798	X-RAY DIFFRACTION	93.3143219265
3.4989-4.4072	0.248438504397	146	0.178737138331	2774	X-RAY DIFFRACTION	92.9640241961
4.4072-37.8590716537	0.265812101645	148	0.194513401138	2816	X-RAY DIFFRACTION	94.2748091603

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.50848243635	-1.69485964275	2.54212146822	1.63393463567	-1.71606226527	4.25554651138	0.220205256936	0.462505768317	-0.076868458432	-0.227594569753	-0.156545720549	0.0866283495913	0.248516065344	0.187690989435	-0.0304494522711	0.061573760115	0.076740350675	0.0393396676571	0.156786970293	-0.0322114935251	0.141780887895	-29.0487868065	-1.36206336796	-30.7705232006
2	0.472668605078	0.0203098523733	-0.554015314509	-0.00120463791297	-0.00620825344317	1.07032921768	-0.0510207910161	-0.028615972227	0.0602911341136	0.139276335775	0.0596207129241	0.243420660459	-0.0744362342968	-0.194847878446	-0.0741524615111	0.0935381944523	0.144693234267	0.0881718322843	0.36783398399	-0.0925665022294	0.374254819504	-38.0095732975	6.24378216387	-16.6517938572
3	1.13357259066	0.0754303041166	0.259061721731	0.406957069175	0.161604430395	0.405472068057	0.0231291935988	0.00859704003112	0.0251050349626	-0.0185899265215	0.0199509533383	-0.0104289829591	-0.0113254755088	-0.0861976218975	0.0828275705067	-0.121466761639	0.135999405829	0.0617511978297	0.0115459224542	0.00112201931247	0.14845233834	-33.0723763151	-1.37379467995	-24.0092840783
4	0.213883776867	-0.325836230937	-0.173711325725	0.758285635437	0.419835361677	0.371489272235	-0.0531559715298	0.103233242546	0.22639694501	0.0666801526073	-0.00788759317978	-0.0864636755178	-0.301704256384	0.178166536827	0.00999975321091	0.160549775909	-0.0640154246998	-0.0198192875971	0.170250784595	-0.00831788036702	0.23699098992	-22.535572873	10.3417792253	-14.8180511218
5	0.285279920731	-0.0439435599742	0.21317696918	0.226594570644	-0.0144430411752	0.163536253064	0.000583128198434	0.0744363401679	0.081203928343	0.0422946728183	0.0631993516394	0.0123139614483	-0.0449303738578	-0.0869731303514	-0.0323704976285	-0.0675114625817	0.133607295556	0.00855032834182	0.242467817184	-0.0395009569654	0.287195819497	-34.6115352558	1.86074209113	-17.973549038
6	2.36057011124	0.688332136087	0.44164648462	0.442630923992	-0.0933493618195	0.853492150129	0.0158006253157	0.199446806528	0.174104280738	-0.0487054636442	0.0194926859038	-0.0355315757708	-0.0561090554238	0.049869757276	0.019313514649	0.0252604408053	0.0242501325491	-0.005013774439	0.348593252556	0.122238013371	0.379550626844	-28.7820586673	7.36696723214	-28.0408807667
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28	0.109258484136	0.184168366405	0.207429820266	0.298849880124	0.333265496731	0.376930143124	0.0364460313498	0.0143893132667	-0.0420157676698	-0.0674253475078	0.00136674339274	0.0641680684279	0.284279281144	-0.186524397705	-0.0315822657821	0.815366543946	-0.281659612233	-0.0760972059111	0.261918313244	0.0197121089055	0.188614433608	-43.6538119112	-24.9864302798	-38.1066422765

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 5 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 6 through 22 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 23 through 47 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 48 through 71 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 72 through 86 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 87 through 95 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 96 through 113 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 5 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 6 through 11 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 12 through 22 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 23 through 47 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 48 through 57 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 58 through 71 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 72 through 86 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 87 through 95 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 96 through 113 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 2 through 19 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 20 through 34 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 35 through 53 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 54 through 69 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 70 through 93 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 94 through 128 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 5 through 14 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 15 through 34 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 35 through 53 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 54 through 69 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 70 through 108 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 109 through 128 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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