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- PDB-9g2a: Staphylococcus aureus MazF in complex with nanobody 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g2a
タイトルStaphylococcus aureus MazF in complex with nanobody 4
要素
  • Endoribonuclease MazF
  • Nanobody 4
キーワードTOXIN / Toxin-antotoxin system / Ribonuclease / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease MazF
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04659385326 Å
データ登録者Prolic-Kalinsek, M. / Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Loris, R.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Vrije Universiteit BrusselSRP13 ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Staphylococcus aureus MazF in complex with nanobody 4.
著者: Prolic-Kalinsek, M. / Zorzini, V. / Haesaerts, S. / De Bruyn, P. / Loris, R.
履歴
登録2024年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF
B: Endoribonuclease MazF
C: Nanobody 4
D: Nanobody 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8858
ポリマ－58,9904
非ポリマー8954
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.970, 51.650, 70.340
Angle α, β, γ (deg.)81.260, 81.610, 71.650
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNILEILE(chain 'C' and (resid 5 through 54 or resid 59 through 68 or resid 70 through 128))CC5 - 534 - 52
121SERSERLYSLYS(chain 'C' and (resid 5 through 54 or resid 59 through 68 or resid 70 through 128))CC59 - 6758 - 66
131PHEPHEVALVAL(chain 'C' and (resid 5 through 54 or resid 59 through 68 or resid 70 through 128))CC70 - 12769 - 126
211GLNGLNILEILE(chain 'D' and (resid 5 through 54 or resid 59...DD5 - 534 - 52
221SERSERLYSLYS(chain 'D' and (resid 5 through 54 or resid 59...DD59 - 6758 - 66
231PHEPHEVALVAL(chain 'D' and (resid 5 through 54 or resid 59...DD70 - 12769 - 126
142PROPROLEULEU(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...AA1 - 914 - 22
152LEULEUVALVAL(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...AA12 - 5925 - 72
162ILEILEILEILE(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...AA6174
172LYSLYSLYSLYS(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...AA63 - 6476 - 77
182TYRTYRMETMET(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...AA66 - 9979 - 112
192VALVALASPASP(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...AA102 - 103115 - 116
1102ALAALAASNASN(chain 'A' and (resid 1 through 10 or resid 12...AA105 - 113118 - 126
242PROPROLEULEU(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...BB1 - 914 - 22
252LEULEUVALVAL(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...BB12 - 5925 - 72
262ILEILEILEILE(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...BB6174
2112LYSLYSMETMET(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...BB64 - 9977 - 112
2122VALVALASPASP(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...BB102 - 103115 - 116
2132ALAALAASNASN(chain 'B' and (resid 1 through 10 or resid 12...BB105 - 113118 - 126

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease MazF / SaMazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF


分子量: 14952.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 抗体 Nanobody 4


分子量: 14542.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID


分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% w/v PEG20000, 20% w/v PEG-MME 550, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04659385326→37.8590716537 Å / Num. obs: 29592 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 1.96 % / Biso Wilson estimate: 22.6890905514 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.75
反射 シェル解像度: 2.04659385326→2.17 Å / Num. unique obs: 4611 / CC1/2: 0.86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04659385326→37.8590716537 Å / SU ML: 0.375124675065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97682144033 / 位相誤差: 36.4972878768
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306648133329 1366 4.99963399458 %
Rwork0.239536835888 25956 -
obs0.242874958843 27322 86.8357487923 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.145290239 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04659385326→37.8590716537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3403 0 56 145 3604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008409410891173556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.097977053894840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0644529991148561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00679461437991610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.43673124312145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0466-2.11970.342256970032940.3466577246371809X-RAY DIFFRACTION59.9558916194
2.1197-2.20460.4399674763811060.3189079130262087X-RAY DIFFRACTION70.3561116458
2.2046-2.30490.3845540288051310.3153392873722361X-RAY DIFFRACTION79.8206278027
2.3049-2.42640.3360244388881440.2835383989612772X-RAY DIFFRACTION91.4967053655
2.4264-2.57840.3608682450351510.272604517082867X-RAY DIFFRACTION95.90085796
2.5784-2.77740.3083294709211480.2709909181252814X-RAY DIFFRACTION95.0272698107
2.7774-3.05680.3362316736851510.2621584098992858X-RAY DIFFRACTION95.3724247227
3.0568-3.49890.3010619545921470.2368391877992798X-RAY DIFFRACTION93.3143219265
3.4989-4.40720.2484385043971460.1787371383312774X-RAY DIFFRACTION92.9640241961
4.4072-37.85907165370.2658121016451480.1945134011382816X-RAY DIFFRACTION94.2748091603
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.50848243635-1.694859642752.542121468221.63393463567-1.716062265274.255546511380.2202052569360.462505768317-0.076868458432-0.227594569753-0.1565457205490.08662834959130.2485160653440.187690989435-0.03044945227110.0615737601150.0767403506750.03933966765710.156786970293-0.03221149352510.141780887895-29.0487868065-1.36206336796-30.7705232006
20.4726686050780.0203098523733-0.554015314509-0.00120463791297-0.006208253443171.07032921768-0.0510207910161-0.0286159722270.06029113411360.1392763357750.05962071292410.243420660459-0.0744362342968-0.194847878446-0.07415246151110.09353819445230.1446932342670.08817183228430.36783398399-0.09256650222940.374254819504-38.00957329756.24378216387-16.6517938572
31.133572590660.07543030411660.2590617217310.4069570691750.1616044303950.4054720680570.02312919359880.008597040031120.0251050349626-0.01858992652150.0199509533383-0.0104289829591-0.0113254755088-0.08619762189750.0828275705067-0.1214667616390.1359994058290.06175119782970.01154592245420.001122019312470.14845233834-33.0723763151-1.37379467995-24.0092840783
40.213883776867-0.325836230937-0.1737113257250.7582856354370.4198353616770.371489272235-0.05315597152980.1032332425460.226396945010.0666801526073-0.00788759317978-0.0864636755178-0.3017042563840.1781665368270.009999753210910.160549775909-0.0640154246998-0.01981928759710.170250784595-0.008317880367020.23699098992-22.53557287310.3417792253-14.8180511218
50.285279920731-0.04394355997420.213176969180.226594570644-0.01444304117520.1635362530640.0005831281984340.07443634016790.0812039283430.04229467281830.06319935163940.0123139614483-0.0449303738578-0.0869731303514-0.0323704976285-0.06751146258170.1336072955560.008550328341820.242467817184-0.03950095696540.287195819497-34.61153525581.86074209113-17.973549038
62.360570111240.6883321360870.441646484620.442630923992-0.09334936181950.8534921501290.01580062531570.1994468065280.174104280738-0.04870546364420.0194926859038-0.0355315757708-0.05610905542380.0498697572760.0193135146490.02526044080530.0242501325491-0.0050137744390.3485932525560.1222380133710.379550626844-28.78205866737.36696723214-28.0408807667
70.026864990294-0.08866107229610.05383311408870.398605176201-0.07605791328910.238807444470.01677591555230.1267601885760.08527074053780.03183101264140.0242172111647-0.1140356320370.01831977881340.09945239181780.05844494632140.04290488070850.107780158204-0.07655327741950.277385263371-0.02641581693870.304480203468-21.4230603389-4.68984835105-15.9814182948
82.57539664755-0.868527236229-1.731117612450.9837190566250.6801699760711.17649935501-0.00552610597451-0.282043188956-0.007967485299250.3669168620810.04088249038560.001421108623320.02246770161450.122226533125-0.0009996697846020.463224616595-0.04522491370320.02436307029130.2002931625380.0990445196810.16138288133-33.6388331764-12.1639675516-0.853144855362
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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