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- PDB-9g1l: Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with frag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g1l
タイトルFragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry A12
要素Fosfomycin resistance protein
キーワードTRANSFERASE / antibiotic resistance / fosfomycin / fragment screening
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3-(propan-2-yl)-1,2,4-oxadiazol-5(4H)-one / Fosfomycin resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Guenther, S. / Galchenkova, M. / Fischer, P. / Reinke, P.Y.A. / Falke, S. / Thekku Veedu, S. / Rodrigues, A.C. / Senst, J. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research16GW0277 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research13K22CHB ドイツ
Helmholtz AssociationFISCOV ドイツ
Helmholtz AssociationSFragX ドイツ
Helmholtz AssociationHIR3X ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Room temperature X-ray fragment screening with serial crystallography
著者: Guenther, S. / Meents, A.
履歴
登録2024年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fosfomycin resistance protein
B: Fosfomycin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9196
ポリマ－32,6192
非ポリマー3004
水8,269459
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.986, 89.789, 44.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Fosfomycin resistance protein


分子量: 16309.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: KPNJ1_04856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E1CQ35
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-TJ1 / 3-(propan-2-yl)-1,2,4-oxadiazol-5(4H)-one


分子量: 128.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The protein was crystallized by mixing 0.45 uL of 12 mg/mL protein solution in 10 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl, with 0.45 uL 16% (w/v) PEG3350, 0.25 M MgCl2, 0.2 M KBr, 0.1 M BisTris, pH 5.5 ...詳細: The protein was crystallized by mixing 0.45 uL of 12 mg/mL protein solution in 10 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl, with 0.45 uL 16% (w/v) PEG3350, 0.25 M MgCl2, 0.2 M KBr, 0.1 M BisTris, pH 5.5 and 0.1 uL crystal microseeds in 26% (w/v) PEG3350, 0.25 M MgCl2, 0.2 M KBr, 0.1 M BisTris, pH 5.5. After at least 4 days of crystal growth, 40 nL of 100 mM compound, solubilized in 100% DMSO, was added using an acoustic droplet dispensing system.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月7日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Si111 DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.265→54.202 Å / Num. obs: 71304 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 12.79 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.265→1.287 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 1.988 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2936 / CC star: 0.552 / Rpim(I) all: 0.641 / Rrim(I) all: 2.095 / % possible all: 80.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20-4459_9999位相決定
PHENIX1.20-4459_9999精密化
autoPROC1.0.5data processing
Coot0.9.8.92モデル構築
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.27→54.2 Å / SU ML: 0.1217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.0444
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1727 3489 4.9 %
Rwork0.1459 67781 -
obs0.1472 71270 96.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.27→54.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2144 0 15 459 2618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512439
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91523347
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0763348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5732358
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.27-1.280.30121150.27112185X-RAY DIFFRACTION77.99
1.28-1.30.29591300.242512X-RAY DIFFRACTION91.61
1.3-1.320.23981530.23082671X-RAY DIFFRACTION94.8
1.32-1.340.24461380.20732649X-RAY DIFFRACTION95.97
1.34-1.360.25461430.19272670X-RAY DIFFRACTION95.26
1.36-1.390.22571230.19952671X-RAY DIFFRACTION96.31
1.39-1.410.24781540.19082689X-RAY DIFFRACTION96.34
1.41-1.440.2381440.18132687X-RAY DIFFRACTION96.65
1.44-1.470.24221400.17712669X-RAY DIFFRACTION97.03
1.47-1.50.20021450.16852724X-RAY DIFFRACTION96.08
1.5-1.530.20361410.15172637X-RAY DIFFRACTION95.5
1.53-1.570.17871310.14232667X-RAY DIFFRACTION94.59
1.57-1.620.16161440.12742717X-RAY DIFFRACTION97.15
1.62-1.660.15431310.12732754X-RAY DIFFRACTION97.3
1.66-1.720.17081370.12682727X-RAY DIFFRACTION98.02
1.72-1.780.13411070.12382814X-RAY DIFFRACTION98.32
1.78-1.850.15111160.132790X-RAY DIFFRACTION98.11
1.85-1.930.1561560.12852745X-RAY DIFFRACTION97.97
1.93-2.040.16921500.12112770X-RAY DIFFRACTION97.89
2.04-2.160.13241460.11692665X-RAY DIFFRACTION94.36
2.16-2.330.16061350.12162832X-RAY DIFFRACTION99.4
2.33-2.560.17121440.1322834X-RAY DIFFRACTION99.33
2.56-2.940.14871620.14192839X-RAY DIFFRACTION99.57
2.94-3.70.16721590.1372888X-RAY DIFFRACTION99.19
3.7-54.20.16741450.1672975X-RAY DIFFRACTION97.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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