PDB-9g18: Structure of PslG with an iminosugar inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g18

タイトル

Structure of PslG with an iminosugar inhibitor

要素

PslG

キーワード

HYDROLASE / endo-beta-glucanase / iminosugar / complex

機能・相同性

: / polysaccharide biosynthetic process / single-species biofilm formation / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / PslG

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Offen, W.A. / Davies, G.J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Bespoke Activity-Based Probes Reveal that the Pseudomonas aeruginosa Endoglycosidase, PslG, Is an Endo-beta-glucanase.
著者: Ruijgrok, G. / Offen, W.A. / Pickles, I.B. / Raju, D. / Patsos, T. / de Boer, C. / Ofman, T. / Rompa, J. / van Oord, D. / Dodson, E.J. / Beekers, A. / Voskuilen, T. / Ferrari, M. / Wu, L. / ...

履歴

登録	2024年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g18.cif.gz	263.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g18.ent.gz	170.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g18_validation.pdf.gz	798.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g18_full_validation.pdf.gz	800.5 KB	表示
XML形式データ	9g18_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	9g18_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/9g18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/9g18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g17C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PslG

ヘテロ分子

48.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.604, 97.604, 119.852
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質

PslG

分子量: 47380.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This sequence includes a thrombin-cleavable N-terminal hexahistidine tag, which is removed prior to crystallization
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pslG, PA2237 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I1N2

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-L- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 795.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/4,5,4/[h2122h_1-5N][a2211m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-3-3-4/a3-b1_b3-c1_c3-d1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][<C6N1O3>]{[(1+1)][a-L-Rhap]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6 / 詳細: 20 mM MES pH 6.0, 50 mM sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.90137 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.90137 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→84.53 Å / Num. obs: 103277 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 14.1

反射シェル

% possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
8.22-84.53	20.3	0.028	61.1	666	1	0.009	0.029	0.4
1.5-1.53	20.7	2.584	1.3	5108	0.669	0.843	2.718	0.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→69.172 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 2.357 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.05
詳細: Hydrogens have not been used. There is a region of unmodelled density between the side chains of Phe219, Val227 and Glu228. There is also unmodelled density between the side chains of Phe208, Tyr239 and Leu288.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1596	5069	4.914 %
R_work	0.1306	98087	-
all	0.132	-	-
obs	-	103156	99.947 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.048 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.418 Å²	0.209 Å²	0 Å²
2-	-	0.418 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.356 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→69.172 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3293	0	87	626	4006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	3602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.827	1.809	4925
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.276	5	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.233	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.952	10	561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.768	10	163
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	2407
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	555
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.01	1.961	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.757	3.535	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.745	2.208	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.324	3.959	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.188	25.304	5985
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.53	3	3602

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.255	383	0.243	7200	0.243	7596	0.948	0.956	99.8289	0.233
1.539-1.581	0.239	350	0.215	7091	0.216	7447	0.961	0.968	99.9194	0.201
1.581-1.627	0.222	326	0.195	6899	0.196	7233	0.969	0.975	99.8894	0.176
1.627-1.677	0.195	388	0.173	6579	0.174	6973	0.976	0.981	99.914	0.153
1.677-1.732	0.216	308	0.158	6464	0.16	6777	0.974	0.985	99.9262	0.137
1.732-1.793	0.199	315	0.141	6260	0.144	6578	0.977	0.988	99.9544	0.12
1.793-1.86	0.167	312	0.119	6064	0.121	6377	0.984	0.991	99.9843	0.1
1.86-1.936	0.147	305	0.103	5796	0.105	6108	0.988	0.993	99.8854	0.088
1.936-2.022	0.14	280	0.101	5569	0.103	5851	0.989	0.994	99.9658	0.09
2.022-2.121	0.147	282	0.107	5340	0.109	5624	0.987	0.994	99.9644	0.097
2.121-2.235	0.146	261	0.107	5034	0.109	5296	0.988	0.994	99.9811	0.099
2.235-2.371	0.155	241	0.107	4819	0.109	5060	0.986	0.993	100	0.097
2.371-2.534	0.156	208	0.11	4541	0.112	4749	0.986	0.993	100	0.101
2.534-2.737	0.163	206	0.119	4203	0.121	4409	0.984	0.991	100	0.111
2.737-2.998	0.151	195	0.12	3876	0.121	4071	0.986	0.991	100	0.113
2.998-3.351	0.141	211	0.131	3504	0.132	3715	0.988	0.99	100	0.125
3.351-3.868	0.138	163	0.125	3076	0.126	3239	0.989	0.992	100	0.122
3.868-4.733	0.125	146	0.107	2607	0.108	2753	0.992	0.993	100	0.105
4.733-6.678	0.159	131	0.156	2018	0.156	2149	0.988	0.99	100	0.153
6.678-69.172	0.217	58	0.215	1147	0.215	1205	0.983	0.975	100	0.209

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