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- PDB-9g17: Structure of PslG with a covalently- bound pentasaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g17
タイトルStructure of PslG with a covalently- bound pentasaccharide
要素PslG
キーワードHYDROLASE / endo-glucanase / activity-based probe / epoxide
機能・相同性: / single-species biofilm formation / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / Chem-YLL / PslG
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Offen, W.A. / Davies, G.J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)951231European Union
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Bespoke Activity-Based Probes Reveal that the Pseudomonas aeruginosa Endoglycosidase, PslG, Is an Endo-beta-glucanase.
著者: Ruijgrok, G. / Offen, W.A. / Pickles, I.B. / Raju, D. / Patsos, T. / de Boer, C. / Ofman, T. / Rompa, J. / van Oord, D. / Dodson, E.J. / Beekers, A. / Voskuilen, T. / Ferrari, M. / Wu, L. / ...著者: Ruijgrok, G. / Offen, W.A. / Pickles, I.B. / Raju, D. / Patsos, T. / de Boer, C. / Ofman, T. / Rompa, J. / van Oord, D. / Dodson, E.J. / Beekers, A. / Voskuilen, T. / Ferrari, M. / Wu, L. / Janssen, A.P.A. / Codee, J.D.C. / Howell, P.L. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S.
履歴
登録2024年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02026年4月8日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_modification_feature.auth_asym_id / _pdbx_modification_feature.auth_comp_id / _pdbx_modification_feature.auth_seq_id / _pdbx_modification_feature.category / _pdbx_modification_feature.label_asym_id / _pdbx_modification_feature.label_comp_id / _pdbx_modification_feature.ref_comp_id / _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PslG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,90713
ポリマ－47,3811
非ポリマー1,52712
水11,385632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.692, 97.692, 119.775
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 PslG


分子量: 47380.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This sequence includes a thrombin-cleavable N-terminal hexahistidine tag, which is removed prior to crystallization
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pslG, PA2237 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I1N2
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-L-rhamnopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 650.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpb1-3DManpb1-3LRhapa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2211m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-2-3/a3-b1_b3-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Rhap]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 643分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-YLL / (1R,2S,3S,4S,5R,6R)-6-(HYDROXYMETHYL)CYCLOHEXANE-1,2,3,4,5-PENTOL


分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6 / 詳細: 20 mM MES pH 6.0, 50 mM sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.95392 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95392 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→84.604 Å / Num. obs: 93736 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 16.2 % / Num. unique obs: 4675 / CC1/2: 0.663 / Rpim(I) all: 0.926 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.82)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→84.604 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.937 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.06
詳細: The YLL moiety of the ligand has 2 conformations which are covalently bound to 2 distinct conformations of the Glu276 side chain. The side chain of Tyr239 is modelled with 3 partially ...詳細: The YLL moiety of the ligand has 2 conformations which are covalently bound to 2 distinct conformations of the Glu276 side chain. The side chain of Tyr239 is modelled with 3 partially occupied conformations. There are regions of unmodelled electron density between the side chains of Phe219, Glu228 and Leu264, and also between the side chains of Leu54 and Arg84, and at the N-terminus of the protein.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1739 4697 5.014 %RANDOM
Rwork0.1419 88986 --
all0.143 ---
obs-93683 99.947 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.361 Å20.181 Å20 Å2
2--0.361 Å2-0 Å2
3----1.171 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→84.604 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3309 0 95 632 4036
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0123765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7381.8165165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3325460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.766531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.11910587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.04110176
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022991
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21893
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.22464
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.190.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1520.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4521.8921771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0773.4042254
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.0842.1251994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.5173.7912911
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it15.42923.8216275
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.22533765
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.55-1.590.2823620.26365380.26469160.940.9599.76870.265
1.59-1.6340.2783040.24464300.24667340.9520.9591000.244
1.634-1.6810.2543520.21862110.2265630.9560.9691000.216
1.681-1.7330.233260.19760080.19963340.9690.9771000.192
1.733-1.790.1963160.17758890.17862050.9770.9811000.168
1.79-1.8520.2023150.1556390.15359540.9750.9861000.138
1.852-1.9220.1782540.12855140.1357680.9810.9891000.115
1.922-2.0010.1562560.11352940.11555500.9840.9931000.102
2.001-2.090.1582880.11550290.11753180.9850.99399.98120.106
2.09-2.1920.1442750.11448070.11650820.9870.9941000.107
2.192-2.310.1732430.11545840.11848270.9840.9931000.107
2.31-2.450.1422350.11243680.11446040.9890.99399.97830.103
2.45-2.6190.1632500.11940570.12143070.9830.9921000.109
2.619-2.8290.1631980.12337900.12639880.9850.9911000.115
2.829-3.0980.161760.12635280.12737040.9840.9911000.117
3.098-3.4640.1461590.1331940.13133530.990.9911000.124
3.464-3.9980.1421400.12128180.12229580.9890.9921000.117
3.998-4.8940.1441140.1223950.12125090.990.9931000.116
4.894-6.910.228970.19518410.19719390.9860.98999.94840.191
6.91-84.6040.284370.2610520.26110920.9840.9799.72530.257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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