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万見
- PDB-9g13: VHH H3-2 in complex with Tau C-terminal peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g13
タイトルVHH H3-2 in complex with Tau C-terminal peptide
要素
  • Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
  • VHH H3-2
キーワードIMMUNE SYSTEM / VHH / Nanobody / Tau
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / axonal transport / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / axonal transport / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex / phosphatidylinositol bisphosphate binding / main axon / regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / rRNA metabolic process / internal protein amino acid acetylation / regulation of chromosome organization / regulation of mitochondrial fission / axonal transport of mitochondrion / axon development / intracellular distribution of mitochondria / central nervous system neuron development / regulation of microtubule polymerization / microtubule polymerization / lipoprotein particle binding / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / dynactin binding / glial cell projection / negative regulation of mitochondrial membrane potential / apolipoprotein binding / protein polymerization / axolemma / negative regulation of mitochondrial fission / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / positive regulation of axon extension / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of protein localization / regulation of cellular response to heat / cytoplasmic microtubule organization / stress granule assembly / supramolecular fiber organization / regulation of calcium-mediated signaling / axon cytoplasm / somatodendritic compartment / positive regulation of microtubule polymerization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / synapse assembly / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of superoxide anion generation / protein phosphatase 2A binding / regulation of autophagy / astrocyte activation / response to lead ion / microglial cell activation / synapse organization / Hsp90 protein binding / protein homooligomerization / PKR-mediated signaling / regulation of synaptic plasticity / memory / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / microtubule cytoskeleton organization / SH3 domain binding / cellular response to reactive oxygen species / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / cell-cell signaling / protein-folding chaperone binding / protein-macromolecule adaptor activity / single-stranded DNA binding / actin binding / cellular response to heat / cell body / growth cone / microtubule binding / double-stranded DNA binding / microtubule / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / dendritic spine / learning or memory / nuclear speck / neuron projection / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Microtubule-associated protein Tau / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dupre, E. / Landrieu, I. / Danis, C. / Hanoulle, X. / Mortelecque, J.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE44-0016 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-LABX-01 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: VHH H3-2 in complex with Tau C-terminal peptide
著者: Dupre, E. / Landrieu, I. / Danis, C. / Hanoulle, X. / Mortelecque, J.
履歴
登録2024年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VHH H3-2
B: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
E: VHH H3-2
F: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
C: VHH H3-2
D: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
G: VHH H3-2
H: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6788
ポリマ－63,6788
非ポリマー00
水8,467470
1
A: VHH H3-2
B: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
C: VHH H3-2
D: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 31.8 kDa, 4 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8394
ポリマ－31,8394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14020 Å2
手法PISA
2
E: VHH H3-2
F: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau
G: VHH H3-2
H: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 31.8 kDa, 4 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8394
ポリマ－31,8394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8390 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.394, 76.346, 95.565
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体
VHH H3-2


分子量: 14270.698 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド
Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 1648.923 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.09 % / 解説: Hexagonal pillars
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 23% PEG-MME 2000, 0.1 M potassium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978564977646 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978564977646 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.549 Å / Num. obs: 48459 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9-45.519.30.0374520.9920.0170.041
1.8-1.8410.72.58628130.7211.1782.846

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→45.549 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.04 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 2348 4.851 %
Rwork0.1717 46050 -
all0.174 --
obs-48398 99.944 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.115 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.396 Å20 Å2-0 Å2
2---0.395 Å2-0 Å2
3----0.001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4232 0 0 470 4702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0124341
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3761.8035873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8241.7488974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.55547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.826529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.82810686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg1410190
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.025272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2674
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2180.23473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.22009
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0980.22403
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.240.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1920.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2360.236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2570.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.9323.742200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.913.7412200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.5676.6652737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.5666.6672738
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.5944.0442141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.5874.0432140
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.3437.183134
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.3417.1813135
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.28349.5024831
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other12.30547.3954720
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.8-1.8470.3261760.25633410.25935220.9420.96899.8580.242
1.847-1.8970.3031640.24232600.24534240.9490.9691000.223
1.897-1.9520.2591670.20732000.2133720.9580.97599.85170.186
1.952-2.0120.281880.18730540.19232430.9520.97799.96920.169
2.012-2.0780.2531620.18230230.18531860.960.97899.96860.167
2.078-2.1510.2441470.18128670.18430140.9620.9791000.168
2.151-2.2320.2481380.17428180.17729560.960.9811000.162
2.232-2.3230.2711480.18127060.18628550.9540.97999.9650.169
2.323-2.4260.211190.16526240.16727430.9720.9831000.157
2.426-2.5440.2521160.17725200.1826360.960.981000.169
2.544-2.6810.261100.17523620.17924720.9560.981000.17
2.681-2.8430.2211330.17122360.17323690.9690.9811000.17
2.843-3.0380.1861050.15321350.15522420.9780.98699.91080.155
3.038-3.280.255790.18320100.18620890.960.9811000.192
3.28-3.5920.207820.16818370.1719190.9730.9861000.181
3.592-4.0120.206750.15916930.16117680.9710.9851000.179
4.012-4.6270.181750.12514750.12715500.9820.991000.147
4.627-5.6530.197730.14412790.14613520.9820.991000.175
5.653-7.9330.249650.2129980.21410630.9690.9791000.243
7.933-45.5490.308260.2096120.2136460.9080.96998.76160.263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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