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万見
- PDB-9g0v: Human LTC4 synthase in complex with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g0v
タイトルHuman LTC4 synthase in complex with compound 1
要素Leukotriene C4 synthase
キーワードLYASE / LTC4S / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / glutathione peroxidase activity ...Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / glutathione peroxidase activity / leukotriene biosynthetic process / nuclear outer membrane / long-chain fatty acid biosynthetic process / glutathione transferase activity / enzyme activator activity / nuclear envelope / nuclear membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
5-lipoxygenase-activating protein / FLAP/GST2/LTC4S, conserved site / FLAP/GST2/LTC4S family signature. / : / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PALMITIC ACID / Chem-VDW / Leukotriene C4 synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.784 Å
データ登録者Srinivas, H.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Not funded スイス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Discovery of GJG057, a Potent and Highly Selective Inhibitor of Leukotriene C4 Synthase.
著者: Thoma, G. / Miltz, W. / Waelchli, R. / Orain, D. / Spanka, C. / Decoret, O. / Wolf, R.M. / Hurley, B. / Cheung, A.K. / Sandham, D.A. / Honda, A. / Tichkule, R. / Chen, X. / Patel, T. / Labbe- ...著者: Thoma, G. / Miltz, W. / Waelchli, R. / Orain, D. / Spanka, C. / Decoret, O. / Wolf, R.M. / Hurley, B. / Cheung, A.K. / Sandham, D.A. / Honda, A. / Tichkule, R. / Chen, X. / Patel, T. / Labbe-Giguere, N. / Tan, K.L. / Springer, C. / Manchester, J. / Culshaw, A.J. / Hunt, P. / Srinivas, H. / Penno, C.A. / Ferrand, S. / Numao, S. / Schopfer, U. / Jager, P. / Wack, N. / Hasler, F. / Urban, B. / Sindelar, M. / Loetscher, P. / Kiffe, M. / Ren, X. / Nicklin, P. / White, K. / Subramanian, K. / Liu, H. / Growcott, E.J. / Rohn, T.A.
履歴
登録2024年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2576
ポリマ－17,4691
非ポリマー1,7885
水00
1
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,77018
ポリマ－52,4063
非ポリマー5,36515
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area10540 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area19560 Å2
2
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,08272
ポリマ－209,62312
非ポリマー21,45860
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation16_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation18_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation23_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation27_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation32_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation34_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation38_555-x+1/2,-y+1/2,z1
crystal symmetry operation43_555-z+1/2,-x+1/2,y1
crystal symmetry operation48_555-y+1/2,-z+1/2,x1
Buried area48300 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area72080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.641, 170.641, 170.641
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number196
Space group name H-MF23

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要素

#1: タンパク質 Leukotriene C4 synthase / LTC4 synthase / Glutathione S-transferase LTC4 / Leukotriene-C(4) synthase / Leukotriene-C4 synthase


分子量: 17468.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTC4S / 発現宿主: Pichia (菌類)
参照: UniProt: Q16873, leukotriene-C4 synthase, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-VDW / [(2~{S})-5-[[(2~{R})-1-(2-hydroxy-2-oxoethylamino)-1-oxidanylidene-3-sulfanyl-propan-2-yl]amino]-1-oxidanyl-1,5-bis(oxidanylidene)pentan-2-yl]azanium


分子量: 308.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N3O6S
#5: 化合物 ChemComp-A1IHO / 1-[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]-9-[6-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethoxy]pyrimidin-4-yl]-1,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one


分子量: 456.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21F5N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 78.88 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10 % PEG8000, LITHIUM SULPHATE 0.5M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→20 Å / Num. obs: 9867 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.78→2.85 Å / Num. unique obs: 139 / CC1/2: 0.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.784→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.332 / SU Rfree Blow DPI: 0.248 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.259
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2561 457 -RANDOM
Rwork0.2493 ---
obs0.2496 9478 91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 140.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.784→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1072 0 106 0 1178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0071208HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.841642HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d393SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes191HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1208HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion150SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1011SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.05
LS精密化 シェル解像度: 2.784→2.88 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 17 -
Rwork0.3003 --
obs--41.15 %
精密化 TLSOrigin x: 14.7324 Å / Origin y: 16.8934 Å / Origin z: 29.3063 Å
111213212223313233
T0.1273 Å2-0.4322 Å2-0.0495 Å2-0.0935 Å2-0.2013 Å2--0.1045 Å2
L3.3635 °21.5037 °21.965 °2-7.0927 °23.1113 °2--6.275 °2
S0.5701 Å °1.2133 Å °1.4776 Å °1.2133 Å °-0.7208 Å °-1.2263 Å °1.4776 Å °-1.2263 Å °0.1506 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 140
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A909 - 1301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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