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- PDB-9g0l: Crystal structure of the RING-ZnF1 fragment of SIAH1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g0l
タイトルCrystal structure of the RING-ZnF1 fragment of SIAH1
要素E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
キーワードTRANSFERASE / E3 ubiquitin-protein ligase / Apoptosis / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Netrin-1 signaling / beta-catenin destruction complex / ubiquitin conjugating enzyme binding / anatomical structure morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / axon guidance / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...Netrin-1 signaling / beta-catenin destruction complex / ubiquitin conjugating enzyme binding / anatomical structure morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / axon guidance / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / spermatogenesis / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / apoptotic process / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, animal / Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain / : / Sina, TRAF-like domain / Sina, zinc finger / E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. / TRAF-like / Zinc finger RING-type profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, animal / Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain / : / Sina, TRAF-like domain / Sina, zinc finger / E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. / TRAF-like / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Coste, F. / Suskiewicz, M.J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: RING dimerisation drives higher-order organisation of SINA/SIAH E3 ubiquitin ligases.
著者: Coste, F. / Mishra, A. / Chapuis, C. / Mance, L. / Pukalo, Z. / Bigot, N. / Goffinont, S. / Gaudon, V. / Garnier, N. / Talhaoui, I. / Castaing, B. / Huet, S. / Suskiewicz, M.J.
履歴
登録2024年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1454
ポリマ－11,9491
非ポリマー1963
水1,29772
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2908
ポリマ－23,8982
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11040 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.850, 69.850, 62.713
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1 / RING-type E3 ubiquitin transferase SIAH1 / Seven in absentia homolog 1 / Siah-1 / Siah-1a


分子量: 11948.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIAH1, HUMSIAH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IUQ4, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES-imidazole buffer, PEG550MME-20K, 1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.66 Å / Num. obs: 12780 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.1 % / Biso Wilson estimate: 46.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 27.3 % / Rmerge(I) obs: 2.909 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 804 / CC1/2: 0.669 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
autoPROCdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→46.66 Å / SU ML: 0.3412 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.5876
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 627 4.93 %
Rwork0.2022 12101 -
obs0.2038 12728 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数732 0 3 72 807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04131020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0602116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2263103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.090.37221670.38252936X-RAY DIFFRACTION99.77
2.09-2.390.27371320.24222995X-RAY DIFFRACTION99.97
2.39-3.020.27711770.23452989X-RAY DIFFRACTION100
3.02-46.660.20151510.17373181X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.41909794887-0.716201204909-6.56873261994.4288828356-0.7404352020289.81844959960.00665127065920.876040687638-0.9637463239980.03510310795510.1835437487761.023481032440.33974898019-1.48227726328-0.1088417407090.4460595276170.00639026827938-0.05421584436330.487974395251-0.001721494890320.6545960530686.4919675977910.3571437011-6.04143026628
24.122259913152.77979548541-0.7812088874567.313157148423.427769614986.09702503561-0.3110399866630.915150643756-0.0665933181869-1.60971400190.3479327487650.805547601332-0.3576854338540.0651446457462-0.0004336524459250.783697403146-0.024106635085-0.08384915518660.5433134219210.03500160301710.48384454402614.535669817515.2680356536-14.8781889863
34.158652076330.3330978543171.232918869477.19514690334-0.5397937184673.7555865181-0.1784744974420.434670065812-0.257311065322-0.5561838656750.02049173932290.00554069431097-0.0871025077362-0.00868189718350.1552641116820.4759206696240.01064887853870.05321267046380.40421534731-0.01335558676220.42685924317520.591138973520.0707348707-6.66778737992
47.130954492382.964168922691.484514294893.020896489863.39195520298.29807051492-0.531792364891.462819466880.18001131333-1.092699895110.433846796131-0.60253582289-0.1354991864040.9001219390870.02216234667450.614263861632-0.05480021086360.1053767786640.5884147361840.03394161543360.36885093357722.461766990324.6634967355-14.3774703278
55.990944521781.570723099631.603660665846.00489136857-0.7991612392244.419699051690.289461605307-0.0847843980388-0.541624098425-0.451615611612-0.17131038026-0.3559072903330.2155193910770.0841821569987-0.09900345371130.4043515607690.06222221871460.01551921866370.39372543052-0.03394919387120.3680916125620.679803295213.4912917484-2.1474567993
63.4354295399-0.0361863370497-0.1170207905384.807722877521.551834774225.91312574317-0.1608473077410.3103186164780.320800486887-0.595892726273-0.0523031440099-0.336459632486-0.4478052766580.1338618263590.220461600240.481208454804-0.0164377789567-0.05944296584060.3218279387530.01893743208190.50813916501314.08977200972.06743585686-16.4302809867
75.91661523844-1.838139296384.087011318029.365689392692.133347700828.77631500196-0.01461993009151.109868043430.150331056135-1.524943650170.303077573548-0.330198565602-0.813495729919-0.268210632462-0.36467559140.908336879473-0.0113965807949-0.002465483071160.5202444077920.04162381882460.57055896796613.5189347774-0.359179767176-26.6710112124
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 29 through 39 )29 - 391 - 11
22chain 'A' and (resid 40 through 49 )40 - 4912 - 21
33chain 'A' and (resid 50 through 62 )50 - 6222 - 34
44chain 'A' and (resid 63 through 78 )63 - 7835 - 50
55chain 'A' and (resid 79 through 93 )79 - 9351 - 65
66chain 'A' and (resid 94 through 120 )94 - 12066 - 92
77chain 'A' and (resid 121 through 125 )121 - 12593 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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