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- PDB-9fzx: Rhizobium phage ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fzx
タイトルRhizobium phage ligase
要素
  • DNA
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
  • DNA ligase
キーワードLIGASE / Rhizobioum phage ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / : / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium phage 16-3 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.196 Å
データ登録者Rothweiler, U. / Williamson, A.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway ノルウェー
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of ATP-dependent DNA ligase from Rhizobium phage vB_RleM_P10VF.
著者: Rothweiler, U. / Leiros, H.K.S. / Williamson, A.
履歴
登録2024年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
C: DNA
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5216
ポリマ－60,9644
非ポリマー5562
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area23740 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)68.039, 100.392, 107.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA ligase


分子量: 48107.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium phage 16-3 (ファージ) / 遺伝子: P10VF_217 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076YM08

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DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6479.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA / 由来: (合成) Rhizobium phage 16-3 (ファージ)
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 3035.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA / 由来: (合成) Rhizobium phage 16-3 (ファージ)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3342.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA / 由来: (合成) Rhizobium phage 16-3 (ファージ)

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非ポリマー , 3種, 186分子

#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.63 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 24% PEG 4000 100 mM Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.979839 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979839 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.196→50 Å / Num. obs: 72435 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 19.56
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Num. unique obs: 11524 / CC1/2: 0.69 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.196→47.4625 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 2089 2.89 %
Rwork0.2051 --
obs0.2063 72380 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.196→47.4625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3114 857 36 184 4191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5485817
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9712315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1963-2.24740.38691340.37094496X-RAY DIFFRACTION96
2.2474-2.30360.3171390.31944693X-RAY DIFFRACTION100
2.3036-2.36580.32071340.27124663X-RAY DIFFRACTION100
2.3658-2.43540.33221410.26114740X-RAY DIFFRACTION100
2.4354-2.51410.27221370.24564707X-RAY DIFFRACTION100
2.5141-2.60390.29091400.24764689X-RAY DIFFRACTION100
2.6039-2.70810.33221460.24394755X-RAY DIFFRACTION100
2.7081-2.83140.2941400.23634689X-RAY DIFFRACTION100
2.8314-2.98060.26011420.23344661X-RAY DIFFRACTION100
2.9806-3.16730.25071460.22164724X-RAY DIFFRACTION100
3.1673-3.41180.2741400.21174644X-RAY DIFFRACTION99
3.4118-3.75510.23881410.19094724X-RAY DIFFRACTION100
3.7551-4.29810.2061400.16674686X-RAY DIFFRACTION100
4.2981-5.41390.1891360.15924721X-RAY DIFFRACTION100
5.4139-47.46250.22721330.19124699X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.1119 Å / Origin y: 40.4518 Å / Origin z: 23.2751 Å
111213212223313233
T0.2173 Å2-0.0033 Å20.0248 Å2-0.2896 Å2-0.005 Å2--0.2996 Å2
L0.3237 °20.0384 °20.03 °2-1.5803 °20.1042 °2--1.6289 °2
S0.0377 Å °-0.0318 Å °0.0288 Å °0.0804 Å °-0.0286 Å °0.0352 Å °-0.0597 Å °-0.0396 Å °-0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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