[日本語] English
万見
- PDB-9fzs: Wild-type EGFR in complex with non-covalent poziotinib analogue -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fzs
タイトルWild-type EGFR in complex with non-covalent poziotinib analogue
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / EGFR / covalent / poziotinib
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / positive regulation of prolactin secretion / Shc-EGFR complex / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma ...positive regulation of protein kinase C activity / multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / response to hydroxyisoflavone / diterpenoid metabolic process / positive regulation of prolactin secretion / Shc-EGFR complex / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / ovulation cycle / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / tongue development / response to UV-A / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / hydrogen peroxide metabolic process / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / digestive tract morphogenesis / Signaling by EGFR / response to cobalamin / intracellular vesicle / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / hepatocyte growth factor receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / placental growth factor receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / boss receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / protein tyrosine kinase activator activity / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / positive regulation of bone resorption / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / stem cell factor receptor activity / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / negative regulation of mitotic cell cycle / insulin-like growth factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / GPI-linked ephrin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / embryonic placenta development / fibroblast growth factor receptor activity / insulin receptor activity / salivary gland morphogenesis / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / positive regulation of glial cell proliferation / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SHC1 events in EGFR signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / EGFR Transactivation by Gastrin / cellular response to dexamethasone stimulus / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / SHC1 events in ERBB2 signaling / ossification / basal plasma membrane / positive regulation of DNA repair / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of DNA replication / epithelial cell proliferation / neuron projection morphogenesis / Signal transduction by L1 / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / liver regeneration / astrocyte activation / cellular response to amino acid stimulus / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to estradiol stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lung development / EGFR downregulation / synaptic membrane / peptidyl-tyrosine phosphorylation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.121 Å
データ登録者Anthony, N. / Pintar, S. / Martin, M.P. / Noble, M.E.N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKC2115/A21421 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/R51309X/1 英国
Cancer Research UKDRCDDRPGMApr2020100002 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insights into structure-reactivity-activity relationships for covalent inhibitors from profiling the EGFR activity of poziotinib analogues
著者: Waring, M.
履歴
登録2024年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9012
ポリマ－37,4581
非ポリマー4431
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area16160 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)145.097, 145.097, 145.097
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number197
Space group name H-MI23

-
要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37458.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1IHD / 1-[(3~{R})-3-[4-[(3-chloranyl-4-fluoranyl-phenyl)amino]-7-methoxy-quinazolin-6-yl]oxypyrrolidin-1-yl]prop-2-en-1-one


分子量: 442.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20ClFN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25mM TRIS-HCL pH8.0, 150mM NaCl, 5% Glycerol, 1mM TCEP, 100mM HEPES pH 7.4, 40% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.898417 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.898417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→59.24 Å / Num. obs: 1173688 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.12→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 4.96 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 99494 / CC1/2: 0.437

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.82)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.121→59.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.865 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 1422 4.918 %
Rwork0.1937 27492 -
all0.196 --
obs-28914 99.99 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 75.818 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.121→59.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2593 0 31 161 2785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.8343649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5521.7685983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1985325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg14.9396.36422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.947101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73810487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.44410116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02577
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1950.22452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21309
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.21385
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1880.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2710.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.8637.4311300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.8597.4311300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.3613.3231625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.35913.331626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.2937.8331392
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.297.8341393
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.09414.1242024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.09114.1242025
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it15.07772.2843056
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other15.07572.2753057
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.121-2.1760.3351220.3352007X-RAY DIFFRACTION100
2.176-2.2350.3181180.3291926X-RAY DIFFRACTION100
2.235-2.30.281840.2861937X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.370.3441000.2821850X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.4480.3960.2531785X-RAY DIFFRACTION100
2.448-2.5340.324920.2371756X-RAY DIFFRACTION100
2.534-2.6290.279950.2131669X-RAY DIFFRACTION100
2.629-2.7360.302780.2181627X-RAY DIFFRACTION100
2.736-2.8580.2941100.1931529X-RAY DIFFRACTION100
2.858-2.9970.207650.171491X-RAY DIFFRACTION100
2.997-3.1590.217620.1831430X-RAY DIFFRACTION100
3.159-3.350.263540.2031350X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.580.21490.1941287X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.8660.22530.1991196X-RAY DIFFRACTION100
3.866-4.2330.22430.1841091X-RAY DIFFRACTION100
4.233-4.730.201530.16997X-RAY DIFFRACTION100
4.73-5.4550.213500.152880X-RAY DIFFRACTION100
5.455-6.6670.228370.187751X-RAY DIFFRACTION100
6.667-9.370.174390.157582X-RAY DIFFRACTION100
9.37-59.240.295220.226351X-RAY DIFFRACTION99.7326

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る