[日本語] English
万見
- PDB-9fzd: Structure of OmpA-long in complex with nanobody Nb39 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fzd
タイトルStructure of OmpA-long in complex with nanobody Nb39
要素
  • Nanobody 39
  • Outer membrane protein A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Porin / Nanobody / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein OmpA-like, transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA / OmpA-like transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ackle, F. / Sorgenfrei, M. / Seeger, M.A.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation407240_177368 スイス
Swiss National Science FoundationPP00P3_170625 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rapid detection and capture of clinical Escherichia coli strains mediated by OmpA-targeting nanobodies
著者: Sorgenfrei, M. / Hurlimann, L.M. / Printz, A. / Wegner, F. / Morger, D. / Ackle, F. / Remy, M.M. / Montowski, G. / Keserue, H. / Cuenod, A. / Imkamp, F. / Egli, A. / Keller, P.M. / Seeger, M.A.
履歴
登録2024年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein A
B: Nanobody 39


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4742
ポリマ－32,4742
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Pull-down
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13960 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.398, 52.572, 256.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein A / Outer membrane porin A


分子量: 19284.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Clinical isolate / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ompA, c1093 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: A0A0H2V5V4
#2: 抗体 Nanobody 39 / Nb39


分子量: 13189.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium citrate, 12 % PEG 4K, 0.1 M LiSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.8 Å / Num. obs: 16264 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 56.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07108 / Rpim(I) all: 0.02042 / Rrim(I) all: 0.07406 / Net I/σ(I): 22.03
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.898 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Num. unique obs: 1601 / CC1/2: 0.879 / Rpim(I) all: 0.2518 / Rrim(I) all: 0.9333 / % possible all: 99.94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→44.8 Å / SU ML: 0.3213 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2579
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2829 814 5.01 %
Rwork0.2556 15437 -
obs0.2569 16251 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2255 0 0 16 2271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01292314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.79743147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1002328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0129415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1193819
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.440.41381310.38092490X-RAY DIFFRACTION99.77
2.44-2.630.32461350.32452548X-RAY DIFFRACTION99.19
2.63-2.90.35361330.32522538X-RAY DIFFRACTION99.89
2.9-3.320.33991360.29242573X-RAY DIFFRACTION99.96
3.32-4.180.28381350.23722573X-RAY DIFFRACTION99.49
4.18-44.80.22961440.21912715X-RAY DIFFRACTION99.27
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4936757092-0.11053341939-0.1321093856090.71899188874-1.198097857815.732695633380.025478075298-0.224023429403-0.191121432573-0.0944448025513-0.2186398466660.2097371979910.0881000643735-0.5237415239660.221838785740.409120546502-0.00105550128639-0.02150383106870.1958135568010.02929423056070.73092275377710.12892985778.3605090165565.8780995855
23.94342820548-0.768520524551-0.7643248606915.426679673554.425864200933.90793438425-0.03048687937530.299950748974-1.072627499510.287337349982-0.5323140753190.9198067220630.615731942764-1.143988908590.4516675017830.683342606538-0.149931829696-0.09950249635790.819658331521-0.1156068639750.8130815897525.644056208993.394787376236.8158739104
31.98038078888-0.589053122481-0.08850385249751.221891256150.2399172165594.37977289520.0610121426757-0.1451407259420.09257641408330.319274390383-0.08489100667560.4099429663440.228118846636-0.1375673350880.05874109832580.464278397958-0.09512909704670.09667076940410.1411603630210.03520450997210.77648183540310.214801422210.532899917766.5175916436
41.89560706507-0.3697583592440.001352730628431.296813908950.8432506705546.94964765707-0.1453808966310.5080618024270.003617364476760.174546741544-0.003890686242210.1842297264391.046017206760.4419024843850.2835391705960.484767107999-0.0244865813511-0.009868053139350.274600883962-0.00322629881770.58287531120112.02634058946.9027342279648.9952391701
51.891085768840.122379091793-0.9680536225191.29871792703-0.3068740383663.470259335520.04159704999320.2151281536890.02710670066080.0976673973295-0.1140287416260.209914764174-0.292978485972-0.03245945518790.1419809338530.3868267601160.008832272283-0.02486450139750.0979203572116-0.03555199785760.6688060737578.5641782700411.432885521457.9840206205
61.500581123070.213854235278-0.6194975083881.821761853310.07602556886913.939191562520.08959065200580.233558146826-0.0927878788595-0.0392837003869-0.1453270818860.0628090484037-0.5889524909740.1975234258220.02767385406140.339960056614-0.0874157340427-0.07960261515020.191681835149-0.003226874324850.70047897497711.605964346610.634834927548.625317974
71.967168032490.162122168838-0.4275943379181.98480020283-1.27892525344.972038707850.1407016491780.24233343232-0.3559524643550.1269505802330.153915060610.411643210002-0.0912837462016-0.0872542508755-0.2891422512670.419265427909-0.00150534475285-0.02991078733320.138515917656-0.03122561025940.6614288205798.668177917389.0062622575359.0323187392
80.276452935163-0.222266370121-0.3783682995971.28937793590.08523213938372.98981743189-0.3125530856270.6257701409680.0642439832373-0.121445207403-0.289224098823-0.507893443973-0.02419233624811.067311085320.4344060727130.602748684888-0.147239075704-0.0361279690681.55420104817-0.03509766761960.72714965835510.50386907673.993511678283.59327872792
90.0406018899934-0.07080330712330.3035366422290.70570837055-0.554393071512.25480330779-0.1548124303680.502924965525-0.2693074917040.097227121250.5497355568820.00991748954449-0.5967063669510.0974473589424-0.4312711610560.7207108966930.0205297521801-0.1663942981471.23317244546-0.08450500764110.7028734217575.334575804737.1950048162615.9933725315
102.2784401767-0.841045573525-0.1362344133892.6055519416-0.2357549008192.20432556867-0.3847647851840.7073365673250.525918033019-0.0179336482450.0805463735022-0.164982772543-0.5981820602590.07322711610560.4290493741450.755928447905-0.101968398619-0.1147535120911.25832854015-0.03065751788220.6441270775689.4359496433413.77250904479.39455506984
110.1502715934470.00468517268494-0.2529822420260.187028065050.221239974114.648236607760.100197848510.3550397671680.6406156742830.3741149698020.1307834126720.130983059136-0.9871606175330.4988795816950.04945251016030.7239201842-0.0947758699645-0.09968459861081.241210563650.007939184769580.64266478058713.399485226911.66269488878.93043716442
120.03625972141470.0782042857251-0.03474959591220.3401696109210.4451514251291.56283619417-0.1174145241840.5730338049890.237248471011-0.3345055351960.141478362321-0.117898193665-0.6383701352950.960631698785-0.230775345230.675686483292-0.124017279618-0.05590095754961.33073304246-0.01613110017730.68073815375215.87042106798.4543862682313.2690943281
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 21 )AA2 - 211 - 20
22chain 'A' and (resid 22 through 34 )AA22 - 3421 - 33
33chain 'A' and (resid 35 through 50 )AA35 - 5034 - 49
44chain 'A' and (resid 51 through 70 )AA51 - 7050 - 69
55chain 'A' and (resid 71 through 111 )AA71 - 11170 - 110
66chain 'A' and (resid 112 through 136 )AA112 - 136111 - 135
77chain 'A' and (resid 137 through 177 )AA137 - 177136 - 176
88chain 'B' and (resid 5 through 20 )BB5 - 201 - 16
99chain 'B' and (resid 21 through 36 )BB21 - 3617 - 32
1010chain 'B' and (resid 37 through 85 )BB37 - 8533 - 81
1111chain 'B' and (resid 86 through 104 )BB86 - 10482 - 100
1212chain 'B' and (resid 105 through 122 )BB105 - 122101 - 118

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る