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- PDB-9fza: TEAD1/YAP in complex with a reversible inhibitor N-[(4-phenoxyphe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fza
タイトルTEAD1/YAP in complex with a reversible inhibitor N-[(4-phenoxyphenyl)methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide
要素
  • Transcriptional coactivator YAP1
  • Transcriptional enhancer factor TEF-1
キーワードTRANSCRIPTION / IRREVERSIBLE COVALENT INHIBITOR / MESOTHELIOMA TUMOR REGRESSION / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION-PROTEIN BINDING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / glandular epithelial cell differentiation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / bud elongation involved in lung branching / polarized epithelial cell differentiation / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription ...enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / glandular epithelial cell differentiation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / bud elongation involved in lung branching / polarized epithelial cell differentiation / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / heart process / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell proliferation / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / tissue homeostasis / intestinal epithelial cell development / Formation of axial mesoderm / negative regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / female germ cell nucleus / Signaling by Hippo / proline-rich region binding / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / organ growth / negative regulation of epithelial cell differentiation / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / Zygotic genome activation (ZGA) / somatic stem cell population maintenance / regulation of neurogenesis / bicellular tight junction / canonical Wnt signaling pathway / embryonic organ development / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / Nuclear signaling by ERBB4 / keratinocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / response to progesterone / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / wound healing / cellular response to gamma radiation / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of protein localization to nucleus / cell morphogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell-cell junction / cell junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / transcription corepressor activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain ...: / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcriptional enhancer factor TEF-1 / Transcriptional coactivator YAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.214 Å
データ登録者Musil, D. / Freire, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Discovery of reversible and covalent TEAD 1 selective inhibitors MSC-1254 and MSC-5046 based on one scaffold.
著者: Carswell, E. / Heinrich, T. / Petersson, C. / Gunera, J. / Garg, S. / Schwarz, D. / Schlesiger, S. / Fischer, F. / Eichhorn, T. / Calder, M. / Smith, G. / MacDonald, E. / Wilson, H. / Hazel, ...著者: Carswell, E. / Heinrich, T. / Petersson, C. / Gunera, J. / Garg, S. / Schwarz, D. / Schlesiger, S. / Fischer, F. / Eichhorn, T. / Calder, M. / Smith, G. / MacDonald, E. / Wilson, H. / Hazel, K. / Trivier, E. / Broome, R. / Balsiger, A. / Sirohi, S. / Musil, D. / Freire, F. / Schilke, H. / Dillon, C. / Wienke, D.
履歴
登録2024年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
B: Transcriptional coactivator YAP1
C: Transcriptional enhancer factor TEF-1
D: Transcriptional coactivator YAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1218
ポリマ－64,3634
非ポリマー7584
水82946
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
B: Transcriptional coactivator YAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5604
ポリマ－32,1822
非ポリマー3792
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13310 Å2
2
C: Transcriptional enhancer factor TEF-1
D: Transcriptional coactivator YAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5604
ポリマ－32,1822
非ポリマー3792
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12970 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.992, 106.498, 166.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-1 / NTEF-1 / Protein GT-IIC / TEA domain family member 1 / TEAD-1 / Transcription factor 13 / TCF-13


分子量: 25460.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD1, TCF13, TEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28347
#2: タンパク質 Transcriptional coactivator YAP1 / Yes-associated protein 1 / Protein yorkie homolog / Yes-associated protein YAP65 homolog


分子量: 6720.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YAP1, YAP65 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46937
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-A1IHH / ~{N}-[(4-phenoxyphenyl)methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide


分子量: 343.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2M Sodium Formate, 0.1M Sodium Acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.214→50.71 Å / Num. obs: 19089 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.214→2.551 Å / Num. unique obs: 954 / CC1/2: 0.789 / Rpim(I) all: 0.338

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (23-JAN-2024)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.214→50.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU R Cruickshank DPI: 0.872 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.87 / SU Rfree Blow DPI: 0.343 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.348
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2622 947 4.96 %RANDOM
Rwork0.2217 ---
obs0.2237 19089 47.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1076 Å20 Å20 Å2
2--10.9527 Å20 Å2
3----10.8451 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.214→50.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4031 0 54 46 4131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084281HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.925770HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1498SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes772HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4281HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.77
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion531SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3063SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.214→2.42 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2876 -5.16 %
Rwork0.3065 386 -
obs--4.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9926-1.30150.74862.07431.09384.6083-0.1645-0.3475-0.06660.19160.31130.0603-0.0742-0.6786-0.1468-0.127-0.12130.03520.18640.0125-0.1418-11.2122-9.887323.3594
25.6451-1.42031.86653.64392.1586.9457-0.4517-0.82740.39470.49010.196-0.1412-1.0719-0.84220.25560.02870.24290.11730.0951-0.0487-0.3856-13.61.39432.6306
31.76750.40480.07111.06950.27273.91750.06160.05530.2685-0.1293-0.10280.09260.3286-0.28120.0412-0.03190.2863-0.10720.1389-0.1326-0.1454-8.99269.261264.5235
45.1071-1.0478-3.62144.14441.12466.794-0.03380.8535-0.4561-0.461-0.0440.38921.0225-0.67550.07770.14370.0607-0.2731-0.033-0.0892-0.3657-14.2319-1.275255.0567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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