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万見
- PDB-9fz9: Glycoside Hydrolase Family 157 from Labilibaculum antarcticum, wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fz9
タイトルGlycoside Hydrolase Family 157 from Labilibaculum antarcticum, wild type SeMet derivative (LaGH157)
要素Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / GH157 / endo-1 / 3(4)-beta-glucanase / Labilibaculum antarcticum / Wild type SeMet derivative
機能・相同性Glycoside hydrolase superfamily / ACETATE ION / MALONIC ACID / Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Labilibaculum antarcticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.443 Å
データ登録者Bule, P. / Alves, V.D. / Carvalho, A.L.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDB/00276/2020, LA/P/0059/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDP/04378/2020, UIDB/04378/2020, LA/P/0140/2020 ポルトガル
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Family GH157 enzyme exhibits broad linkage tolerance and a dual endo/exo-beta-glucanase activity on beta-glucans.
著者: Caseiro, C. / McGregor, N.G.S. / Alves, V.D. / Carvalho, A.L. / Romao, M.J. / Davies, G.J. / Fontes, C.M.G.A. / Bule, P.
履歴
登録2024年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein
B: Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein
C: Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein
D: Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,86511
ポリマ－248,3074
非ポリマー5577
水6,792377
1
A: Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4506
ポリマ－62,0771
非ポリマー3735
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2613
ポリマ－62,0771
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0771
ポリマ－62,0771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0771
ポリマ－62,0771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.154, 112.582, 251.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Glycoside hydrolase family 2 catalytic domain-containing protein


分子量: 62076.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Labilibaculum antarcticum (バクテリア)
遺伝子: ALGA_4297 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y1CQ89
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4% (v/v) tacsimate pH 6.0, 12% (w/v) PolyEthylene Glycol 3,350 (PEG 3350)
PH範囲: 4.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→49.41 Å / Num. obs: 102074 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 1105365
反射 シェル解像度: 2.44→2.53 Å / % possible obs: 65.5 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.018 / Num. measured all: 35632 / Num. unique obs: 6816 / CC1/2: 0.54 / Rpim(I) all: 0.474 / Rrim(I) all: 1.13 / Χ2: 0.68 / Net I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.443→49.41 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 --
Rwork0.249 --
obs-96991 93.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.443→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16987 0 37 377 17401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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