PDB-9fyw: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of RNase A wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fyw

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of RNase A with [Ru2Cl(D-p-CNPhF)(O2CCH3)3]

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Diruthenium / Protein interaction / Metallodrug

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Teran, A. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem Front / 年: 2024
タイトル: Exchange of equatorial ligands in protein-bound paddlewheel Ru25+ complexes: new insights from X-ray crystallography and quantum chemistry
著者: Teran, A. / Fasulo, F. / Ferraro, G. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Herrero, S. / Pavone, M. / Munoz-Garcia, A.B. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年7月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fyw.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fyw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fyw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fyw_validation.pdf.gz	766.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fyw_full_validation.pdf.gz	769.8 KB	表示
XML形式データ	9fyw_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	9fyw_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/9fyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/9fyw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

33.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.620, 32.740, 72.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.290, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-322- HOH
2	1	B-313- HOH
3	1	B-435- HOH
4	1	B-461- HOH
5	1	B-466- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic 分子量: 16480.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-A1IHW / 4-[11-(4-cyanophenyl)-1,5-bis($l^{1}-oxidanyl)-3,7-dimethyl-2,4,6,8-tetraoxa-9,11-diaza-1$l^{5},5$l^{5}-diruthenatricyclo[3.3.3.0^{1,5}]undecan-9-yl]benzenecarbonitrile 分子量: 602.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀N₄O₆Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: Free-interface diffusion of a 10 uL of 30 mg/ml protein solution, 20 mM sodium citrate at pH 5.3 agaist 10 ul isopropanol 99.9% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→72.25 Å / Num. obs: 36934 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.4→1.53 Å / R_merge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 960 / CC_1/2: 0.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→72.249 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 1.344 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2143	1758	4.76 %
R_work	0.1745	35176	-
all	0.176	-	-
obs	-	36934	78.803 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.483 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→72.249 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1894	0	36	308	2238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.756	1.829	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.607	1.774	4123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.041	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.073	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.478	10	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.178	10	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.159	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.539	2.082	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.539	2.082	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.041	3.737	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.039	3.737	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.792	2.266	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.802	2.248	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.393	4.07	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.445	4.005	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.439	25.773	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.383	21.68	2315

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.303	16	0.316	376	0.315	3444	0.958	0.93	11.3821	0.306
1.436-1.476	0.29	49	0.281	917	0.281	3345	0.961	0.945	28.8789	0.267
1.476-1.519	0.312	77	0.269	1388	0.271	3258	0.939	0.952	44.9662	0.252
1.519-1.565	0.275	82	0.241	1753	0.243	3163	0.95	0.96	58.0145	0.214
1.565-1.617	0.223	101	0.21	2043	0.211	3036	0.967	0.971	70.6192	0.181
1.617-1.673	0.234	120	0.196	2423	0.198	2977	0.967	0.975	85.4216	0.168
1.673-1.736	0.206	146	0.176	2741	0.178	2891	0.974	0.98	99.8616	0.152
1.736-1.807	0.23	100	0.157	2673	0.16	2773	0.97	0.985	100	0.135
1.807-1.888	0.185	144	0.175	2496	0.176	2641	0.977	0.981	99.9621	0.156
1.888-1.98	0.214	132	0.176	2386	0.178	2528	0.97	0.981	99.6044	0.161
1.98-2.087	0.236	122	0.177	2306	0.18	2428	0.966	0.981	100	0.167
2.087-2.213	0.206	93	0.173	2199	0.174	2292	0.972	0.982	100	0.166
2.213-2.366	0.243	86	0.17	2066	0.172	2157	0.965	0.982	99.7682	0.167
2.366-2.555	0.205	104	0.161	1918	0.163	2028	0.975	0.983	99.7041	0.165
2.555-2.799	0.217	95	0.161	1764	0.164	1861	0.97	0.983	99.8925	0.17
2.799-3.128	0.219	83	0.159	1592	0.162	1675	0.967	0.984	100	0.173
3.128-3.611	0.19	65	0.162	1436	0.164	1507	0.975	0.984	99.6019	0.184
3.611-4.42	0.213	69	0.151	1201	0.154	1274	0.975	0.986	99.686	0.181
4.42-6.239	0.187	57	0.177	935	0.177	997	0.98	0.985	99.4985	0.224
6.239-72.249	0.233	17	0.244	564	0.244	591	0.968	0.956	98.308	0.295

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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