PDB-9fym: Lacto-N-biosidase from Treponema denticola ATCC 35405

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fym

タイトル

Lacto-N-biosidase from Treponema denticola ATCC 35405

要素

Glycoside hydrolase family 20 catalytic domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / lacto-N-biosidase / GH20

機能・相同性

Hexosaminidase D-like / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / beta-N-acetylhexosaminidase activity / : / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / IMIDAZOLE / Glycoside hydrolase family 20 catalytic domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Treponema denticola ATCC 35405 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Vuillemin, M. / Siebenhaar, S. / Zeuner, B. / Morth, J.P.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Discovery of Lacto-N-biosidases and a Novel N-Acetyllactosaminidase Activity in the CAZy Family GH20: Functional Diversity and Structural Insights.
著者: Vuillemin, M. / Muschiol, J. / Zhang, Y. / Holck, J. / Barrett, K. / Morth, J.P. / Meyer, A.S. / Zeuner, B.

履歴

登録	2024年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fym.cif.gz	180.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fym.ent.gz	116.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fym.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fym_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fym_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	9fym_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	9fym_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/9fym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/9fym	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fylC 9fynC 9fyoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 20 catalytic domain-containing protein

ヘテロ分子

38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Run as monomeric unit on gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.954, 50.701, 153.656
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glycoside hydrolase family 20 catalytic domain-containing protein 分子量: 37816.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Signal peptide has been removed, additional GS (from Thrombin cleavage). 由来: (組換発現) Treponema denticola ATCC 35405 (バクテリア) 遺伝子: TDE_1723 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q73LY9
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.76 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% w/v PEG 8000, 9% ethylene glycol, 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→48.15 Å / Num. obs: 77556 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.71 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.08324 / R_pim(I) all: 0.03112 / R_rim(I) all: 0.08909 / Net I/σ(I): 11.31
反射シェル	解像度: 1.34→1.39 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 7469 / CC_1/2: 0.464 / R_pim(I) all: 1 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 97.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.34→48.15 Å / SU ML: 0.175 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.4484
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1967	7353	4.99 %
R_work	0.1688	140024	-
obs	0.1702	73688	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→48.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2597	0	9	352	2958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0142	2778
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2703	3772
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0905	403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0127	488
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.0312	380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.34-1.36	0.3929	270	0.3741	4426	X-RAY DIFFRACTION	96.45
1.36-1.37	0.38	266	0.3567	4712	X-RAY DIFFRACTION	98.3
1.37-1.39	0.3186	225	0.3362	4544	X-RAY DIFFRACTION	98.86
1.39-1.41	0.3515	244	0.3321	4672	X-RAY DIFFRACTION	99.09
1.41-1.43	0.3113	221	0.317	4715	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.43-1.45	0.3261	265	0.3008	4609	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.45-1.47	0.2775	223	0.2885	4716	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.47-1.49	0.2693	223	0.2711	4703	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.49-1.51	0.2625	212	0.2551	4724	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.51-1.54	0.2567	273	0.2425	4627	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.54-1.56	0.2329	273	0.2307	4650	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.56-1.59	0.2404	312	0.2228	4603	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.59-1.62	0.2348	241	0.2103	4658	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.62-1.66	0.2285	253	0.2056	4665	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.66-1.69	0.2381	209	0.2056	4779	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.69-1.73	0.2427	250	0.1923	4606	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.73-1.77	0.2347	237	0.1926	4685	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.77-1.82	0.2068	237	0.1797	4728	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.82-1.88	0.2112	249	0.1734	4653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.94	0.2157	247	0.1658	4709	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.94-2.01	0.1994	246	0.158	4692	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.01-2.09	0.171	213	0.1515	4723	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.09-2.18	0.1681	218	0.1499	4690	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.18-2.3	0.1694	267	0.1426	4674	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.3-2.44	0.1657	240	0.1454	4668	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.44-2.63	0.152	238	0.1446	4702	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.63-2.89	0.1833	270	0.1531	4650	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.89-3.31	0.1785	243	0.1469	4678	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.31-4.17	0.164	242	0.1339	4703	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.17-48.15	0.1959	246	0.1542	4660	X-RAY DIFFRACTION	99.45

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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