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万見
- PDB-9fyc: The barley MLA13-AVRA13 heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fyc
タイトルThe barley MLA13-AVRA13 heterodimer
要素
  • CC-NBS-LRR resistance protein MLA13
  • CSEP0372 putative effector protein
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / Complex / Apoptosis / Immune receptor / Mildew
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding
類似検索 - 分子機能
Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region ...Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CSEP0372 putative effector protein / CC-NBS-LRR resistance protein MLA13
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
Blumeria graminis (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Behrmann, E. / Schulze-Lefert, P. / Flores-Ibarra, A. / Lawson, A.W.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)INST 216/949-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 216/512/1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: The barley MLA13-AVR heterodimer reveals principles for immunoreceptor recognition of RNase-like powdery mildew effectors.
著者: Aaron W Lawson / Andrea Flores-Ibarra / Yu Cao / Chunpeng An / Ulla Neumann / Monika Gunkel / Isabel M L Saur / Jijie Chai / Elmar Behrmann / Paul Schulze-Lefert /
要旨: Co-evolution between cereals and pathogenic grass powdery mildew fungi is exemplified by sequence diversification of an allelic series of barley resistance genes encoding Mildew Locus A (MLA) ...Co-evolution between cereals and pathogenic grass powdery mildew fungi is exemplified by sequence diversification of an allelic series of barley resistance genes encoding Mildew Locus A (MLA) nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) immunoreceptors with an N-terminal coiled-coil domain (CNLs). Each immunoreceptor recognises a matching, strain-specific powdery mildew effector encoded by an avirulence gene (AVR). We present here the cryo-EM structure of barley MLA13 in complex with its cognate effector AVR-1. The effector adopts an RNase-like fold when bound to MLA13 in planta, similar to crystal structures of other RNase-like AVR effectors unbound to receptors. AVR-1 interacts via its basal loops with MLA13 C-terminal leucine-rich repeats (LRRs) and the central winged helix domain (WHD). Co-expression of structure-guided MLA13 and AVR-1 substitution variants show that the receptor-effector interface plays an essential role in mediating immunity-associated plant cell death. Furthermore, by combining structural information from the MLA13-AVR-1 heterocomplex with sequence alignments of other MLA receptors, we engineered a single amino acid substitution in MLA7 that enables expanded effector detection of AVR-1 and the virulent variant AVR-V2. In contrast to the pentameric conformation of previously reported effector-activated CNL resistosomes, MLA13 was purified and resolved as a stable heterodimer from an in planta expression system. Our study suggests a common structural principle for RNase-like effector binding to MLAs and highlights the utility of structure-guided engineering of plant immune receptors for broadening their pathogen effector recognition capabilities.
履歴
登録2024年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-NBS-LRR resistance protein MLA13
B: CSEP0372 putative effector protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,8272
ポリマ－121,8272
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 CC-NBS-LRR resistance protein MLA13


分子量: 108095.391 Da / 分子数: 1 / 変異: K98E, K100E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: Q8GSK4
#2: タンパク質 CSEP0372 putative effector protein


分子量: 13731.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Blumeria graminis (菌類) / 遺伝子: BGHDH14_bghG002861000001001 / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: N1JFM8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MLA13-AVRA13 heterodimer complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2, #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.109 MDaYES
210.02 MDaYES
由来(天然)生物種: Hordeum vulgare (オオムギ)
由来(組換発現)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMreduced glutathioneC10H17N3O6S1
250 mMTris-HClNH2C(CH2OH)3HCl1
3150 mMsodium chlorideNaCl1
42 mMDTTC4H10O2S21
50.1 %polysorbate 20C58H114O261
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: GRAPHENE OXIDE / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/4
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48191 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 106.24 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0028270
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.488911169
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04211262
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00341443
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.51461118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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