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- PDB-9fyb: Structural Insights into the NMN Complex of Nicotinate Nucleotide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fyb
タイトルStructural Insights into the NMN Complex of Nicotinate Nucleotide Adenylyltransferase from Enterococcus faecium via Co-Crystallization Studies
要素Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Enterococcus faecium / Nicotinate / nucleotide / adenylyltransferase / NMN / EfNaMNAT / EfNNAT
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nicotinate/nicotinamide nucleotide adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Pandian, R. / Jeje, O.A. / Sayed, Y. / Achilonu, I.A.
資金援助 英国, 南アフリカ, 2件
組織認可番号国
Science and Technology Funding CouncilST/R002754/1 英国
South African Medical Research Council self-initiated research grant (SAMRC SIR Grant)ACHL019 南アフリカ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural Insights into the NMN Complex of Nicotinate Nucleotide Adenylyltransferase from Enterococcus faecium via Co-Crystallization Studies
著者: Jeje, O.A. / Pandian, R. / Sayed, Y. / Achilonu, I.A.
履歴
登録2024年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,74813
ポリマ－49,4562
非ポリマー1,29211
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.449, 107.344, 62.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

PEG

21A-310-

MG

31B-417-

HOH

41B-493-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Nicotinate mononucleotide ...Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Nicotinate mononucleotide adenylyltransferase / NaMN adenylyltransferase


分子量: 24728.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: nadD, nadD_1, B1P95_04405, BU194_05695, DTPHA_1401727, HMPREF3199_01612
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A133MWI0, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 230分子

#2: 化合物 ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE / β-NMN


分子量: 335.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 % / 解説: Needle/block
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 15 mg/mL EfNNAT in 50 mM HEPES (pH 7.2), 150 mM NaCl, 0.02 % (w/v) NaN3 and 1 mM DTT, 2 mM NMN and 5mM MgCl2 with the crystallization condition consisting of 1.26 M sodium phosphate monobasic ...詳細: 15 mg/mL EfNNAT in 50 mM HEPES (pH 7.2), 150 mM NaCl, 0.02 % (w/v) NaN3 and 1 mM DTT, 2 mM NMN and 5mM MgCl2 with the crystallization condition consisting of 1.26 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.14M potassium phosphate dibasic (pH 5.6) and 20% 3350 polyethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→48.45 Å / Num. obs: 41063 / % possible obs: 98.28 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 43.47 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 2032 / CC1/2: 0.226 / % possible all: 97.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→46.59 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 2005 4.95 %
Rwork0.209 --
obs0.212 40488 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→46.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2982 0 71 219 3272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0664229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.303422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.890.5191170.46122344X-RAY DIFFRACTION82
1.89-1.940.47961380.42982666X-RAY DIFFRACTION95
1.94-1.990.38721470.37662713X-RAY DIFFRACTION97
1.99-2.060.35731440.32912754X-RAY DIFFRACTION97
2.06-2.130.32851310.28472781X-RAY DIFFRACTION97
2.13-2.220.30661490.25282765X-RAY DIFFRACTION98
2.22-2.320.28061270.2342768X-RAY DIFFRACTION98
2.32-2.440.28521460.2182784X-RAY DIFFRACTION98
2.44-2.590.26091350.21192808X-RAY DIFFRACTION99
2.59-2.790.29011670.2032788X-RAY DIFFRACTION99
2.79-3.080.2781250.20492813X-RAY DIFFRACTION99
3.08-3.520.22561490.18982822X-RAY DIFFRACTION99
3.52-4.430.23391570.16422838X-RAY DIFFRACTION99
4.44-46.590.26491730.20452839X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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