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- PDB-9fy8: L2A5 Fab in complex with STn-Thr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fy8
タイトルL2A5 Fab in complex with STn-Thr
要素
  • Human anti kappa variable heavy chain
  • L2A5 Fab Heavy chain
  • L2A5 Fab Light Chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Antibody / Fab / Immune system
機能・相同性: / THREONINE
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Laugieri, M.E. / Ereno Orbea, J. / Jimenez Barbero, J. / Oyenarte, I.
資金援助 スペイン, European Union, 2件
組織認可番号国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI) スペイン
European Commission101079417European Union
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2025
タイトル: Decoding the Molecular Basis of the Specificity of an Anti-sTn Antibody.
著者: Soares, C.O. / Laugieri, M.E. / Grosso, A.S. / Natale, M. / Coelho, H. / Behren, S. / Yu, J. / Cai, H. / Franconetti, A. / Oyenarte, I. / Magnasco, M. / Gimeno, A. / Ramos, N. / Chai, W. / ...著者: Soares, C.O. / Laugieri, M.E. / Grosso, A.S. / Natale, M. / Coelho, H. / Behren, S. / Yu, J. / Cai, H. / Franconetti, A. / Oyenarte, I. / Magnasco, M. / Gimeno, A. / Ramos, N. / Chai, W. / Corzana, F. / Westerlind, U. / Jimenez-Barbero, J. / Palma, A.S. / Videira, P.A. / Ereno-Orbea, J. / Marcelo, F.
履歴
登録2024年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: L2A5 Fab Heavy chain
C: L2A5 Fab Light Chain
D: Human anti kappa variable heavy chain
I: L2A5 Fab Heavy chain
L: L2A5 Fab Light Chain
V: Human anti kappa variable heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,49510
ポリマ－117,2326
非ポリマー1,2634
水2,504139
1
B: L2A5 Fab Heavy chain
C: L2A5 Fab Light Chain
D: Human anti kappa variable heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2475
ポリマ－58,6163
非ポリマー6322
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: L2A5 Fab Heavy chain
L: L2A5 Fab Light Chain
V: Human anti kappa variable heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2475
ポリマ－58,6163
非ポリマー6322
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.331, 128.144, 98.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 BICL

#1: 抗体 L2A5 Fab Heavy chain


分子量: 23231.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 L2A5 Fab Light Chain


分子量: 23313.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 DV

#3: タンパク質 Human anti kappa variable heavy chain


分子量: 12070.028 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 512.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sialyl-Tn (sTn) antigen is a truncated O-glycan containing a sialic acid alpha-2,6 linked to N-acetylgalactosamine (GalNAc) alpha-O-threonine or to N-acetylgalactosamine (GalNAc) alpha-O-serine.
参照: BIRD: PRD_002574
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpNAca1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 141分子

#5: 化合物 ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン


タイプ: L-peptide linking, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
詳細: Sialyl-Tn (sTn) antigen is a truncated O-glycan containing a sialic acid alpha-2,6 linked to N-acetylgalactosamine (GalNAc) alpha-O-threonine or to N-acetylgalactosamine (GalNAc) alpha-O-serine.
参照: BIRD: PRD_002574
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細Activation of an aberrant glycosylation pathway in cancer cells can lead to expression of the onco- ...Activation of an aberrant glycosylation pathway in cancer cells can lead to expression of the onco-foetal sialyl-Tn (sTn) antigen.
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M BisTris:Hcl, pH6.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→97.892 Å / Num. obs: 34129 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.13 % / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rrim(I) all: 0.302 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.67-3.0841360.850.461
3.08-3.7792550.940.3011
3.77-5.3272040.9860.1271

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_5109: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.62→53.61 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3063 1696 4.98 %
Rwork0.2477 --
obs0.2505 34080 97.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→53.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7839 0 84 139 8062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.712734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.70.3691410.30532724X-RAY DIFFRACTION99
2.7-2.790.3711250.27982797X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.890.32221550.26792710X-RAY DIFFRACTION100
2.89-30.33081490.26032755X-RAY DIFFRACTION100
3-3.140.35151640.25632767X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.30.32671360.26382751X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.510.31211510.25432471X-RAY DIFFRACTION90
3.51-3.780.30911320.24622575X-RAY DIFFRACTION93
3.78-4.160.29561120.23242439X-RAY DIFFRACTION87
4.16-4.760.26811420.2132801X-RAY DIFFRACTION100
4.76-60.28861410.23662783X-RAY DIFFRACTION100
6-53.610.27171480.25012811X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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