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- PDB-9fy4: Crystal structure of Heme-Oxygenase mutant I143K from Corynebacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fy4
タイトルCrystal structure of Heme-Oxygenase mutant I143K from Corynebacterium diphtheriae complexed with Cobalt-porphyrine (HumO-Co(III))
要素heme oxygenase (biliverdin-producing)
キーワードOXIDOREDUCTASE / carbon dioxide photo-reduction artificial-enzyme cobalt-porphyrin heme-oxygenase oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Haem oxygenase-like, multi-helical
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO / heme oxygenase (biliverdin-producing)
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.839 Å
データ登録者Labidi, R.J. / Faivre, B. / Carpentier, P. / Perard, J. / Gotico, P. / Li, Y. / Atta, M. / Fontecave, M.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-17-EURE-0003 フランス
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-11-LABX-0011 フランス
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Light-Activated Artificial CO 2 -Reductase: Structure and Activity.
著者: Labidi, R.J. / Faivre, B. / Carpentier, P. / Perard, J. / Gotico, P. / Li, Y. / Atta, M. / Fontecave, M.
履歴
登録2024年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: heme oxygenase (biliverdin-producing)
H: heme oxygenase (biliverdin-producing)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7066
ポリマ－48,3722
非ポリマー1,3344
水2,252125
1
A: heme oxygenase (biliverdin-producing)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8653
ポリマ－24,1861
非ポリマー6792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: heme oxygenase (biliverdin-producing)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8413
ポリマ－24,1861
非ポリマー6552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.681, 63.525, 76.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 heme oxygenase (biliverdin-producing)


分子量: 24186.180 Da / 分子数: 2 / 変異: I143K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q54AI1, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO


分子量: 619.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32CoN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG3350, 100 mM BIS-TRIS pH 5.5, 200 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.839→48.61 Å / Num. obs: 9301 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.172 / Rrim(I) all: 0.307 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 2.839→2.99 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1291 / CC1/2: 0.673 / Rpim(I) all: 0.575 / Rrim(I) all: 1.035 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (23-JAN-2024)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.839→48.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.809 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.781 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.528
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3061 428 4.61 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.2372 9291 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--37.6125 Å20 Å210.2137 Å2
2--6.6603 Å20 Å2
3---30.9522 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.839→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3316 0 88 125 3529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0053483HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.894730HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1244SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes608HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3483HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.2
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion408SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2693SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.9 Å / Total num. of bins used: 22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3236 -4.51 %
Rwork0.3171 423 -
all0.3174 443 -
obs--84.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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