PDB-9fxr: Crystal structure of trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fxr

タイトル

Crystal structure of trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase from Pseudomonas fluorescens N3 bound to pyruvate

要素

Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

キーワード

LYASE / hydratase / aldolase

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.303 Å

データ登録者

Milani, M. / Ferrara, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Structural snapshots of the aldol condensation reaction of the enzyme trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase from Pseudomonas fluorescens N3.
著者: Ferrara, S. / Braggiotti, B. / Mastrangelo, E. / Di Gennaro, P. / Bertoni, G. / Milani, M.

履歴

登録	2024年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	9fxr_validation.cif.gz	168.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/9fxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/9fxr	HTTPS FTP

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リンク

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登録構造単位

A: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

B: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

C: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

D: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

H: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

J: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

L: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

N: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

ヘテロ分子

310 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

B: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

C: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

D: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, DLS
155 kDa, 4 ポリマー
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2

H: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

J: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

L: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

N: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	200.172, 200.362, 144.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 133.815, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
2	1	1	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
3	2	2	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
4	2	2	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
5	3	3	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
6	3	3	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
7	4	4	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
8	4	4	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
9	5	5	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
10	5	5	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
11	6	6	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
12	6	6	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
13	7	7	LYS	LYS	9 - 334	21 - 346
14	7	7	LYS	LYS	9 - 334	21 - 346
15	8	8	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
16	8	8	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
17	9	9	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
18	9	9	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
19	10	10	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
20	10	10	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
21	11	11	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
22	11	11	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
23	12	12	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
24	12	12	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
25	13	13	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
26	13	13	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
27	14	14	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
28	14	14	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
29	15	15	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
30	15	15	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
31	16	16	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
32	16	16	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
33	17	17	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
34	17	17	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
35	18	18	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
36	18	18	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
37	19	19	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
38	19	19	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
39	20	20	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
40	20	20	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
41	21	21	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
42	21	21	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
43	22	22	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
44	22	22	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
45	23	23	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
46	23	23	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
47	24	24	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
48	24	24	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
49	25	25	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
50	25	25	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
51	26	26	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
52	26	26	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
53	27	27	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
54	27	27	LEU	LEU	9 - 333	21 - 345
55	28	28	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344
56	28	28	GLU	GLU	9 - 332	21 - 344

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56

#1: タンパク質	Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase / 2'-hydroxybenzalpyruvate aldolase 分子量: 38456.770 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: nahE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C3KFM9, trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
#2: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.8 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.8 M Potassium phosphate monobasic, 0.1 M HEPES sodium pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97925 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.303→117.1 Å / Num. obs: 165206 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 2.4 % / CC_1/2: 0.967 / R_merge(I) obs: 0.197 / R_rim(I) all: 0.251 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 2.303→2.343 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 1.201 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 8709 / CC_1/2: 0.371 / R_rim(I) all: 1.55 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.303→104.466 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.209 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	8091	5.009 %
R_work	0.1996	153447	-
all	0.201	-	-
obs	-	161538	89.342 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.181 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.255 Å²	0 Å²	-0.519 Å²
2-	-	1.461 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.253 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.303→104.466 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20258	0	131	1736	22125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	20894
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	19555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.641	1.816	28429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.823	1.756	45003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.318	5	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.463	5	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.523	10	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.285	10	900
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	3120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.055	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	25026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	4814
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	4436
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	18453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	10728
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	10513
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.152	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.5	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.817	2.228	10432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.817	2.228	10430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.864	3.999	13016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.865	3.999	13016
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.423	2.664	10462
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.423	2.664	10463
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.612	4.671	15409
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.612	4.671	15410
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.995	22.059	24280
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.995	21.895	24214
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.047	0.05	10955
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.043	0.05	11033
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.046	0.05	11003
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.031	0.05	11059
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.044	0.05	11027
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.039	0.05	11063
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.044	0.05	11041
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.053	0.05	10977
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.042	0.05	11046
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.046	0.05	10990
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.035	0.05	11011
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.049	0.05	10985
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.04	0.05	11025
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.041	0.05	11029
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.044	0.05	11068
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.05	0.05	10958
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.037	0.05	11077
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.045	0.05	10954
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.046	0.05	11026
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.034	0.05	11043
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.038	0.05	11029
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.035	0.05	11031
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.042	0.05	11005
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.037	0.05	11104
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.038	0.05	11005
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.045	0.05	10989
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.038	0.05	11094
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.036	0.05	10980

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04684	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04684	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04282	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04282	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04625	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04625	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03141	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03141	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0441	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0441	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03899	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03899	0.0501
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04447	0.0501
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04447	0.0501
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05309	0.0501
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05309	0.0501
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04237	0.0501
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04237	0.0501
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04592	0.0501
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04592	0.0501
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03518	0.0501
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03518	0.0501
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04908	0.0501
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04908	0.0501
13	25	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03978	0.0501
13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03978	0.0501
14	27	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04095	0.0501
14	28	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04095	0.0501
15	29	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04361	0.0501
15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04361	0.0501
16	31	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04956	0.0501
16	32	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04956	0.0501
17	33	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03688	0.0501
17	34	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03688	0.0501
18	35	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04486	0.0501
18	36	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04486	0.0501
19	37	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04558	0.0501
19	38	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04558	0.0501
20	39	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03445	0.0501
20	40	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03445	0.0501
21	41	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.038	0.0501
21	42	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.038	0.0501
22	43	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03463	0.0501
22	44	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03463	0.0501
23	45	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04241	0.0501
23	46	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04241	0.0501
24	47	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03689	0.0501
24	48	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03689	0.0501
25	49	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0378	0.0501
25	50	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0378	0.0501
26	51	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04546	0.0501
26	52	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04546	0.0501
27	53	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03845	0.0501
27	54	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03845	0.0501
28	55	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0364	0.0501
28	56	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0364	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.303-2.363	0.345	561	0.337	10758	0.337	13357	0.926	0.926	84.7421	0.326
2.363-2.428	0.349	555	0.324	10870	0.325	12940	0.923	0.932	88.2921	0.31
2.428-2.498	0.335	580	0.316	11040	0.317	12713	0.927	0.936	91.4025	0.3
2.498-2.575	0.325	536	0.295	11050	0.297	12318	0.93	0.947	94.0575	0.279
2.575-2.659	0.295	470	0.289	9807	0.29	11806	0.943	0.948	87.049	0.269
2.659-2.753	0.276	425	0.257	8690	0.258	11492	0.954	0.96	79.316	0.233
2.753-2.857	0.277	535	0.236	10099	0.238	11160	0.955	0.967	95.2867	0.216
2.857-2.973	0.247	549	0.212	9614	0.214	10688	0.963	0.974	95.088	0.196
2.973-3.105	0.216	545	0.191	9190	0.193	10278	0.973	0.979	94.7169	0.176
3.105-3.257	0.198	456	0.172	8804	0.173	9789	0.978	0.984	94.596	0.161
3.257-3.433	0.199	458	0.168	7727	0.17	9401	0.979	0.985	87.0652	0.16
3.433-3.641	0.185	382	0.163	7298	0.164	8832	0.981	0.986	86.9565	0.157
3.641-3.892	0.21	335	0.166	6094	0.169	8237	0.962	0.983	78.0503	0.165
3.892-4.203	0.164	322	0.136	6657	0.138	7743	0.986	0.99	90.133	0.144
4.203-4.603	0.155	324	0.127	6288	0.128	7120	0.988	0.991	92.8652	0.139
4.603-5.145	0.171	294	0.133	5645	0.135	6501	0.986	0.992	91.3552	0.149
5.145-5.939	0.189	263	0.16	4874	0.162	5677	0.989	0.991	90.4879	0.171
5.939-7.268	0.173	221	0.14	4149	0.142	4844	0.987	0.991	90.2147	0.158
7.268-10.253	0.14	189	0.123	3112	0.124	3745	0.991	0.993	88.1442	0.151
10.253-104.466	0.234	91	0.228	1681	0.228	2104	0.977	0.976	84.2205	0.404

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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