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- PDB-9fxn: Human mitochondrial nuclease EXOG (hEXOG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fxn
タイトルHuman mitochondrial nuclease EXOG (hEXOG)
要素Nuclease EXOG, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / DNA-repair enzyme / Mitochondrial
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex / mitochondrion ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex / mitochondrion / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EXOG, C-terminal / Endo/exonuclease (EXOG) C-terminal domain / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclease EXOG, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Karasinska, J.M. / Szymanski, M.R.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Human mitochondrial nuclease EXOG (hEXOG)
著者: Karasinska, J.M. / Szymanski, M.R.
履歴
登録2024年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease EXOG, mitochondrial
B: Nuclease EXOG, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7334
ポリマ－72,6842
非ポリマー492
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area28030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.550, 83.560, 74.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 60 through 62 or resid 64...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 60 through 62 or resid 64...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALALEULEUAA60 - 623 - 5
d_12GLNGLNARGARGAA64 - 1097 - 52
d_13HISHISCYSCYSAA111 - 11254 - 55
d_14PHEPHEPHEPHEAA114 - 25857 - 201
d_15PROPROALAALAAA260 - 319203 - 262
d_16SERSERILEILEAA321 - 337264 - 280
d_17PROPROGLUGLUAA339 - 348282 - 291
d_18LYSLYSLEULEUAA350 - 354293 - 297
d_19ALAALAGLUGLUAA356 - 358299 - 301
d_21ALAALALEULEUBB60 - 623 - 5
d_22GLNGLNARGARGBB64 - 1097 - 52
d_23HISHISCYSCYSBB111 - 11254 - 55
d_24PHEPHEPHEPHEBB114 - 25857 - 201
d_25PROPROALAALABB260 - 319203 - 262
d_26SERSERILEILEBB321 - 337264 - 280
d_27PROPROGLUGLUBB339 - 348282 - 291
d_28LYSLYSLEULEUBB350 - 354293 - 297
d_29ALAALAGLUGLUBB356 - 358299 - 301

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.995103399004, -0.098654216937, -0.00604737714947), (-0.0988361278685, 0.992709094548, 0.0689932853959), (-0.0008031922502, 0.0692531521471, -0.997598795007) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.995103399004, -0.098654216937, -0.00604737714947), (-0.0988361278685, 0.992709094548, 0.0689932853959), (-0.0008031922502, 0.0692531521471, -0.997598795007)
ベクター: -28.0603618594, 0.615656780684, -64.6588512709)

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要素

#1: タンパク質 Nuclease EXOG, mitochondrial / Endonuclease G-like 1 / Endo G-like 1


分子量: 36342.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOG, ENDOGL1, ENDOGL2, ENGL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y2C4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16.5 % PEG 8000, 0.1 M Tris-HCL, 0.3 M magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03326 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03326 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→40.55 Å / Num. obs: 97632 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.64 % / Biso Wilson estimate: 34.17 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 1.01
反射 シェル解像度: 1.62→1.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 97632 / CC1/2: 0.99 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→40.55 Å / SU ML: 0.2302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.5008
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 2100 2.15 %
Rwork0.1571 95468 -
obs0.1587 97568 93.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→40.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4835 0 2 252 5089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00534949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84196693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0148873
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3364655
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.774025205039 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.660.4175890.39194074X-RAY DIFFRACTION59.78
1.66-1.70.41030.34144674X-RAY DIFFRACTION68.91
1.7-1.740.35231220.29135541X-RAY DIFFRACTION80.95
1.74-1.80.29861430.25816506X-RAY DIFFRACTION95.75
1.8-1.850.29231500.22966798X-RAY DIFFRACTION99.76
1.85-1.920.28021500.19046804X-RAY DIFFRACTION99.64
1.92-20.2281490.15446797X-RAY DIFFRACTION99.68
2-2.090.21431490.14946780X-RAY DIFFRACTION99.54
2.09-2.20.2481480.15196719X-RAY DIFFRACTION97.99
2.2-2.340.20641470.15346678X-RAY DIFFRACTION98.12
2.34-2.520.21971490.15936791X-RAY DIFFRACTION99.71
2.52-2.770.2651510.17026844X-RAY DIFFRACTION99.56
2.77-3.170.24391470.16756704X-RAY DIFFRACTION97.87
3.17-3.990.19821510.14586870X-RAY DIFFRACTION99.66
3.99-40.550.21671520.13586888X-RAY DIFFRACTION98.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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