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- PDB-9fxl: TRPC4 in complex with E-AzPico -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fxl
タイトルTRPC4 in complex with E-AzPico
要素Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium channel activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / monoatomic cation transport / regulation of cytosolic calcium ion concentration / monoatomic cation channel activity / calcium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Short transient receptor potential channel 4b
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Vinayagam, D. / Raunser, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TRPC4 in complex with E-AzPico
著者: Vinayagam, D. / Raunser, S.
履歴
登録2024年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
B: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
C: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
D: Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)435,6408
ポリマ－433,1244
非ポリマー2,5164
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a / Transient receptor potential cation channel / subfamily C / member 4b


分子量: 108281.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: trpc4b, trpc4a / プラスミド: PEG BacMAM / 細胞株 (発現宿主): EMBRYONIC KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293S / Variant (発現宿主): GNTI- / 参照: UniProt: U3N7D8
#2: 化合物
ChemComp-A1IGW / (E)-7-(4-chlorobenzyl)-1-(3-hydroxypropyl)-3-methyl-8-(4-(phenyldiazenyl)-3-(trifluoromethoxy)phenoxy)-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione / 7-[(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-1-(3-oxidanylpropyl)-8-[4-[(~{E})-phenyldiazenyl]-3-(trifluoromethyloxy)phenoxy]purine-2,6-dione


分子量: 628.986 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H24ClF3N6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TRPC4 -tetramer / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.42 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293S GNTI- / プラスミド: PEG BACMAM
緩衝液pH: 8.5
試料濃度: 0.45 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was homogenous
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 96 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Vitrification done at liquid nitrogen temperature

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 55000 X / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 480 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 113 K / 最低温度: 93 K
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2598 / 詳細: Images were collected in movie mode
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO1.7粒子像選択
2EPU画像取得AFIS
4CTFFIND4CTF補正
7Coot9モデルフィッティング
9cryoSPARC4初期オイラー角割当SGD algorithm
10cryoSPARC4最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12cryoSPARC4３次元再構成Non uniform refinement
13PHENIX1.21.1_5286:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 241819
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139750 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 57.21 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: Phenix
原子モデル構築Accession code: 6G1K / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00221795
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48729541
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.0712856
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0373299
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043652

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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