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万見
- PDB-9fxf: VHH variant adression natural cytotoxicity triggering receptor 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fxf
タイトルVHH variant adression natural cytotoxicity triggering receptor 3
要素VHH
キーワードIMMUNE SYSTEM / Natural killer cells / NKp30 / VHHs / humanization / molecular dynamics / Hallmark / framework residues / antigen recognition.
機能・相同性12-HYDROXYDODECANOIC ACID / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.067 Å
データ登録者Musil, D. / Freire, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: On the humanization of VHHs: Prospective case studies, experimental and computational characterization of structural determinants for functionality.
著者: Fernandez-Quintero, M.L. / Guarnera, E. / Musil, D. / Pekar, L. / Sellmann, C. / Freire, F. / Sousa, R.L. / Santos, S.P. / Freitas, M.C. / Bandeiras, T.M. / Silva, M.M.S. / Loeffler, J.R. / ...著者: Fernandez-Quintero, M.L. / Guarnera, E. / Musil, D. / Pekar, L. / Sellmann, C. / Freire, F. / Sousa, R.L. / Santos, S.P. / Freitas, M.C. / Bandeiras, T.M. / Silva, M.M.S. / Loeffler, J.R. / Ward, A.B. / Harwardt, J. / Zielonka, S. / Evers, A.
履歴
登録2024年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5243
ポリマ－14,2121
非ポリマー3112
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area6510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.022, 34.951, 46.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.93, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 VHH


分子量: 14212.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-12H / 12-HYDROXYDODECANOIC ACID / 12-ヒドロキシドデカン酸


分子量: 216.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.5 M Ammonium phosphate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.067→24.522 Å / Num. obs: 37662 / % possible obs: 75.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.067→1.17 Å / Num. unique obs: 1883 / CC1/2: 0.828 / Rpim(I) all: 0.305

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (23-JAN-2024)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.067→24.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.044 / SU Rfree Blow DPI: 0.044 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.043
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2058 1942 5.16 %RANDOM
Rwork0.1927 ---
obs0.1934 37662 63.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1743 Å20 Å2-0.339 Å2
2---0.0133 Å20 Å2
3---0.1876 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.067→24.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数915 0 19 104 1038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0161003HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.31368HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d334SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes175HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1003HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion6.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.73
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion122SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1049SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.07→1.13 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3429 -4.51 %
Rwork0.253 720 -
all0.2567 754 -
obs--7.91 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.657 Å / Origin y: 5.1258 Å / Origin z: 13.539 Å
111213212223313233
T-0.013 Å2-0.0051 Å2-0.0033 Å2--0.0039 Å20.0004 Å2---0.0089 Å2
L0.234 °2-0.2223 °20.1098 °2-1.1171 °2-0.0765 °2--0.2401 °2
S0.0037 Å °-0.0193 Å °-0.0019 Å °-0.029 Å °-0.0246 Å °0.0253 Å °-0.0093 Å °-0.0179 Å °0.0209 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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