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- PDB-9fwy: Structure of the Nothoceros aenigmaticus LFY DNA-binding domain b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fwy
タイトルStructure of the Nothoceros aenigmaticus LFY DNA-binding domain bound to DNA
要素
  • (DNA (29-MER)) x 2
  • Floricaula/leafy-like transcription factor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcription factor / DNA binding domain / gene regulation / hornwort
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Floricaula/leafy protein / Floricaula/Leafy protein, SAM domain / Floricaula/leafy, DNA-binding C-terminal domain / Floricaula/leafy, C-terminal domain superfamily / Floricaula / Leafy protein SAM domain / DNA Binding Domain (C-terminal) Leafy/Floricaula
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Floricaula/leafy-like transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Nothoceros aenigmaticus (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Verhage, L. / Zubieta, C. / Nanao, M.H. / Parcy, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Nothoceros aenigmaticus LFY DNA-binding domain bound to DNA
著者: Verhage, L. / Zubieta, C. / Nanao, M.H. / Dumas, R.
履歴
登録2024年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Floricaula/leafy-like transcription factor
B: Floricaula/leafy-like transcription factor
F: DNA (29-MER)
G: DNA (29-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0064
ポリマ－57,0064
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.220, 90.900, 152.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Floricaula/leafy-like transcription factor


分子量: 19584.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nothoceros aenigmaticus (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8EDT4
#2: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8980.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Nothoceros aenigmaticus (植物)
#3: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8855.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Nothoceros aenigmaticus (植物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM sodium acetate, pH 4.6, 8% PEG3350 / PH範囲: 4.4-5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→78 Å / Num. obs: 24681 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.65 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rrim(I) all: 0.181 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.35-2.412.09815980.2042.6171
2.41-2.472.38217310.1852.9451
2.47-2.541.76217920.3062.1691
2.54-2.621.58416820.4081.9521
2.62-2.711.13216640.611.3961
2.71-2.81.13215590.4651.4011
2.8-2.910.75315300.7260.9331
2.91-3.030.60414720.8290.741
3.03-3.160.39714360.9120.4881
3.16-3.320.24413680.9660.31
3.32-3.50.16512620.9830.2051
3.5-3.710.12812210.9860.1581
3.71-3.970.09811500.990.121
3.97-4.280.07410690.9940.091
4.28-4.690.0659510.9950.081
4.69-5.250.0599050.9960.0721
5.25-6.060.0627970.9950.0761
6.06-7.420.0526540.9970.0631
7.42-10.490.0415430.9970.051
10.49-780.0282970.9990.0351

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv5.8精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→78 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 613 4.8 %random
Rwork0.257 ---
obs0.259 12200 95 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2614 1183 0 16 3813

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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