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- PDB-9fww: Human NKp30 in complex with a VHH variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fww
タイトルHuman NKp30 in complex with a VHH variant
要素
  • Natural cytotoxicity triggering receptor 3
  • VHH
キーワードIMMUNE SYSTEM / Natural killer cells / NKp30 / VHHs / humanization / molecular dynamics / Hallmark / framework residues / antigen recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


cell recognition / immune receptor activity / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / NK T cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / immune response / inflammatory response / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Natural cytotoxicity triggering receptor 3 / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Natural cytotoxicity triggering receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.844 Å
データ登録者Musil, D. / Freire, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: On the humanization of VHHs: Prospective case studies, experimental and computational characterization of structural determinants for functionality.
著者: Fernandez-Quintero, M.L. / Guarnera, E. / Musil, D. / Pekar, L. / Sellmann, C. / Freire, F. / Sousa, R.L. / Santos, S.P. / Freitas, M.C. / Bandeiras, T.M. / Silva, M.M.S. / Loeffler, J.R. / ...著者: Fernandez-Quintero, M.L. / Guarnera, E. / Musil, D. / Pekar, L. / Sellmann, C. / Freire, F. / Sousa, R.L. / Santos, S.P. / Freitas, M.C. / Bandeiras, T.M. / Silva, M.M.S. / Loeffler, J.R. / Ward, A.B. / Harwardt, J. / Zielonka, S. / Evers, A.
履歴
登録2024年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Natural cytotoxicity triggering receptor 3
B: VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3844
ポリマ－26,7962
非ポリマー5892
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area11550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.457, 156.457, 89.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-312-

HOH

21A-325-

HOH

31B-201-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Natural cytotoxicity triggering receptor 3 / Activating natural killer receptor p30 / Natural killer cell p30-related protein / NK-p30 / NKp30


分子量: 12325.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCR3, 1C7, LY117 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14931
#2: 抗体 VHH


分子量: 14469.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (v/v) PEG 4000, 20% (v/v) Isopropanol, 0.1 M Sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.844→77.594 Å / Num. obs: 29007 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.983 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.844→2.046 Å / Num. unique obs: 1450 / CC1/2: 0.785 / Rpim(I) all: 0.462

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (23-JAN-2024)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.844→77.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.147 / SU Rfree Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.122
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1521 5.24 %RANDOM
Rwork0.1991 ---
obs0.1996 29007 60.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5144 Å20 Å20 Å2
2--2.5144 Å20 Å2
3----5.0288 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.844→77.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1802 0 38 208 2048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081962HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.982677HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d702SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes353HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1962HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion254SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1704SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.844→1.97 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2966 -4.65 %
Rwork0.2629 554 -
obs--6.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5049-1.2731.16952.04860.0123.50290.02990.07370.0722-0.07040.0381-0.08550.30350.405-0.0679-0.00620.17480.00850.02440.0235-0.1361-45.4911-23.075-8.1894
20.5596-0.5139-0.65821.25210.52643.13970.0614-0.0585-0.01570.0496-0.02520.0644-0.04790.173-0.03620.00280.01960.01420.00690.0427-0.0787-58.7162-9.48029.171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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