PDB-9fwc: Coxsackievirus B3 3C protease in C121 spacegroup

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fwc

タイトル

Coxsackievirus B3 3C protease in C121 spacegroup

要素

Genome polyprotein

キーワード

HYDROLASE / Coxsackievirus B clade 3C protease

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / MacLean, E.M. / Bowesman-Jones, H. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coxsackievirus B3 3C protease in C121 spacegroup
著者: Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / MacLean, E.M. / Bowesman-Jones, H. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Godoy, A.S. / Marples, P.G. / Fearon, D. / von Delft, F. / Koekemoer, L.

履歴

登録	2024年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fwc.cif.gz	189.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fwc.ent.gz	124.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fwc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fwc_validation.pdf.gz	426.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fwc_full_validation.pdf.gz	427.5 KB	表示
XML形式データ	9fwc_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	9fwc_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/9fwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/9fwc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (22) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Genome polyprotein

20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.503, 64.871, 39.43
Angle α, β, γ (deg.)	90, 115.874, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- HOH

#1: タンパク質	Genome polyprotein 分子量: 20286.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E3SVR4, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: ShotGun1 Eco 0.2 Magnesium chloride hexahydrate 0.1 M Tris, pH 8.5 30% w/v PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9212 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9212 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→47.78 Å / Num. obs: 26456 / % possible obs: 66.32 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 29.2
反射シェル	解像度: 1.34→1.36 Å / Num. unique obs: 100 / CC_1/2: 0.648

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.34→47.778 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.211 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2029	1314	4.967 %
R_work	0.1545	25142	-
all	0.157	-	-
obs	-	26456	66.317 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.327 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.466 Å²	0 Å²	0.191 Å²
2-	-	-0.112 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.947 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→47.778 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1393	0	0	121	1514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.199	1.837	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.894	1.748	3305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.225	5	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.9	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.667	10	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.662	10	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	342
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	665
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.034	2.122	750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.026	2.122	750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.472	3.831	948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.474	3.834	949
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.585	2.565	732
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.578	2.57	733
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	15.891	4.531	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	15.884	4.535	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.73	20.665	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	19.592	20.589	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.99	3	2919

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.34-1.375	0.399	4	0.311	202	0.313	2954	0.613	0.933	6.9736	0.315
1.375-1.413	0.33	18	0.294	392	0.296	2844	0.927	0.946	14.4163	0.296
1.413-1.454	0.275	30	0.258	592	0.259	2796	0.946	0.962	22.2461	0.252
1.454-1.499	0.236	37	0.204	743	0.205	2684	0.971	0.98	29.0611	0.188
1.499-1.548	0.205	51	0.182	970	0.183	2644	0.967	0.985	38.6157	0.161
1.548-1.602	0.204	63	0.156	1230	0.158	2532	0.979	0.989	51.0664	0.127
1.602-1.662	0.227	90	0.133	1602	0.138	2432	0.973	0.991	69.5724	0.105
1.662-1.73	0.211	79	0.124	2062	0.128	2357	0.977	0.992	90.8358	0.097
1.73-1.807	0.183	95	0.126	2094	0.128	2276	0.981	0.992	96.1775	0.101
1.807-1.895	0.198	124	0.123	1990	0.127	2168	0.979	0.992	97.5092	0.101
1.895-1.997	0.2	97	0.124	1900	0.128	2048	0.976	0.992	97.5098	0.105
1.997-2.118	0.186	107	0.137	1821	0.14	1969	0.978	0.99	97.9177	0.121
2.118-2.264	0.231	108	0.138	1654	0.144	1796	0.967	0.989	98.1069	0.127
2.264-2.445	0.209	92	0.153	1612	0.156	1731	0.971	0.986	98.4402	0.141
2.445-2.678	0.239	69	0.165	1487	0.168	1577	0.97	0.983	98.6684	0.155
2.678-2.993	0.242	72	0.175	1351	0.178	1441	0.96	0.98	98.7509	0.172
2.993-3.453	0.206	64	0.163	1173	0.165	1249	0.971	0.984	99.0392	0.167
3.453-4.224	0.176	60	0.155	1007	0.157	1074	0.98	0.983	99.3482	0.171
4.224-5.95	0.162	38	0.147	796	0.148	838	0.988	0.989	99.5227	0.171
5.95-47.778	0.19	16	0.219	464	0.219	483	0.974	0.965	99.3789	0.251

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関連情報:EMDBヘッダ

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