PDB-9fwa: Retroaldolase 36 (RAD36)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fwa

タイトル

Retroaldolase 36 (RAD36)

要素

Retroaldolase 36 (RAD36)

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Retroaldolase / de novo enzyme / RFdiffusion

機能・相同性

3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECAN-1-OL

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Bijelic, A. / Braun, M. / Stoll, D. / Tripp, A. / Chakatok, M. / Oberdorfer, G.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: De novo enzyme design by artificial motif library scaffolding
著者: Braun, M. / Tripp, A. / Stoll, D. / Kaltenbrunner, S. / Chakatok, M. / Totaro, M.G. / Hoch Cohen, S.Y. / Elaily, W. / Bijelic, A. / Hall, M. / OBerdorfer, G.

履歴

登録	2024年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fwa.cif.gz	58.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fwa.ent.gz	39.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fwa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fwa_validation.pdf.gz	602.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fwa_full_validation.pdf.gz	603.1 KB	表示
XML形式データ	9fwa_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	9fwa_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/9fwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/9fwa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9fw5C 9fw7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Retroaldolase 36 (RAD36)

ヘテロ分子

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.600, 55.932, 73.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Retroaldolase 36 (RAD36) 分子量: 22917.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-AE4 / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECAN-1-OL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘプタデカン-1-オ-ル分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride hexahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→44.473 Å / Num. obs: 22076 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.73→1.792 Å / Num. unique obs: 2028 / CC_1/2: 0.796

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21_5207: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→44.47 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	1020	4.95 %
R_work	0.1885	-	-
obs	0.1907	20607	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→44.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1532	0	20	180	1732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1589
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.754	2143
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.649	600
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	248
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	273

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.82	0.3343	126	0.269	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.94	0.2674	127	0.2132	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.08	0.2581	140	0.2023	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.29	0.2222	153	0.1733	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.63	0.2156	152	0.1817	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-3.31	0.2526	158	0.194	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-44.47	0.2062	164	0.1766	2947	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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