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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fvt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of marine sulfatase (OpSulf1) from Ochrovirga pacifica | ||||||
要素 | Sulfatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Sulfatase / CAZyme / marine / polysaccharides / mannan | ||||||
生物種 | Ochrovirga pacifica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å | ||||||
データ登録者 | Solanki, V.A. / Krull, J. / Hehemann, J.H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of marine sulfatase (OpSulf1) from Ochrovirga pacifica 著者: Solanki, V.A. / Krull, J. / Hehemann, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9fvt.cif.gz | 797.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9fvt.ent.gz | 671.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9fvt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9fvt_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9fvt_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9fvt_validation.xml.gz | 84.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9fvt_validation.cif.gz | 124.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/9fvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/9fvt | HTTPS FTP |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59559.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ochrovirga pacifica (バクテリア) 株: S58 / 遺伝子: Sulfatase / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350 200 mM Potassium chloride 20 % v/v Glycerol PH範囲: 7-8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03319 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月3日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03319 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→49.33 Å / Num. obs: 360000 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 16.8 / Num. measured all: 4949008 |
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.51 Å / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 1.786 / Num. measured all: 233469 / Num. unique obs: 17629 / CC1/2: 0.605 / Rpim(I) all: 0.508 / Rrim(I) all: 1.858 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→49.33 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.49→49.33 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.49→1.51 Å /
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