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- PDB-9fvq: Ferric-mycobactin receptor (FemA) in complex with pyochelin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fvq
タイトルFerric-mycobactin receptor (FemA) in complex with pyochelin
要素Ferric-mycobactin receptor, FemA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Pyochelin / TonB dependent transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore-iron import into cell / siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / sigma factor activity / cell outer membrane / regulation of iron ion transport / signaling receptor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like ...Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PYOCHELIN FE(III) / : / : / pentane-2,4-dione / Ferric-mycobactin receptor, FemA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.031 Å
データ登録者Moynie, L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Structure of the Outer Membrane Transporter FemA and Its Role in the Uptake of Ferric Dihydro-Aeruginoic Acid and Ferric Aeruginoic Acid in Pseudomonas aeruginosa .
著者: Will, V. / Moynie, L. / Si Ahmed Charrier, E. / Le Bas, A. / Kuhn, L. / Volck, F. / Chicher, J. / Aksoy, H. / Madec, M. / Antheaume, C. / Mislin, G.L.A. / Schalk, I.J.
履歴
登録2024年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric-mycobactin receptor, FemA
B: Ferric-mycobactin receptor, FemA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,74458
ポリマ－145,8122
非ポリマー6,93256
水13,331740
1
A: Ferric-mycobactin receptor, FemA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,39130
ポリマ－72,9061
非ポリマー3,48529
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferric-mycobactin receptor, FemA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,35228
ポリマ－72,9061
非ポリマー3,44627
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.836, 84.662, 86.965
Angle α, β, γ (deg.)89.959, 118.666, 113.585
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ferric-mycobactin receptor, FemA


分子量: 72905.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: femA, PA1910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I2J4

-
非ポリマー , 8種, 796分子

#2: 化合物 ChemComp-188 / PYOCHELIN FE(III)


分子量: 378.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14FeN2O3S2
#3: 化合物 ChemComp-A1IG8 / Pyochelin Fe(III) isomer / (2R,4R)-2-[(4S)-2-(2-hydroxyphenyl)-4,5-dihydro-1,3-thiazol-4-yl]-3-methyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / iron


分子量: 378.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14FeN2O3S2
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-P2D / pentane-2,4-dione / アセチルアセトン


分子量: 100.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O2
#7: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 4000, Magnesium acetate MES pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→66.72 Å / Num. obs: 116549 / % possible obs: 96.64 % / 冗長度: 3.36 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å / Num. unique obs: 4548 / CC1/2: 0.721 / % possible all: 74.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.031→66.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 3.885 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2232 2007 1.723 %
Rwork0.1821 114469 -
all0.183 --
obs-116476 96.58 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.121 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.987 Å2-0.028 Å20.439 Å2
2--0.16 Å2-0.441 Å2
3----0.663 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.031→66.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10284 0 333 740 11357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01210962
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01610207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2731.82714711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7521.74923405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.85851362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.085.545110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.394101649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.6510517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21892
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2180.29651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.24966
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0970.26398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0480.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1970.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1380.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.62.075412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5992.075412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5623.7036780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5623.7036781
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7172.4965550
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3452.4845522
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3744.3477929
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3744.3487930
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.46222.54611685
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.38822.30311486
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.031-2.0830.2681200.2256857X-RAY DIFFRACTION78.2789
2.083-2.140.2631440.2238227X-RAY DIFFRACTION96.1631
2.14-2.2020.251480.2128072X-RAY DIFFRACTION97.2436
2.202-2.270.2411560.1957826X-RAY DIFFRACTION97.2466
2.27-2.3440.2191510.1787634X-RAY DIFFRACTION97.4099
2.344-2.4270.2421190.1677403X-RAY DIFFRACTION97.6249
2.427-2.5180.2021190.1677072X-RAY DIFFRACTION97.8634
2.518-2.6210.2091090.1646902X-RAY DIFFRACTION97.7824
2.621-2.7370.1911020.1596612X-RAY DIFFRACTION98.1579
2.737-2.870.2261100.1696335X-RAY DIFFRACTION98.1273
2.87-3.0250.2371010.1746037X-RAY DIFFRACTION98.3811
3.025-3.2090.2161030.1665703X-RAY DIFFRACTION98.6241
3.209-3.4290.2081030.1695350X-RAY DIFFRACTION98.7147
3.429-3.7030.225980.185017X-RAY DIFFRACTION98.917
3.703-4.0560.205830.1854609X-RAY DIFFRACTION99.1128
4.056-4.5320.219780.1684171X-RAY DIFFRACTION99.1136
4.532-5.2290.206630.1663710X-RAY DIFFRACTION99.3679
5.229-6.3950.255540.2093135X-RAY DIFFRACTION99.5318
6.395-9.0030.242340.1972427X-RAY DIFFRACTION99.7164
9.003-66.720.149120.2891370X-RAY DIFFRACTION99.7834

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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