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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fun | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Succinyl-CoA:(R)-benzylsuccinate CoA-transferase (BbsEF) + CoA + benzylsuccinate (weakly occupied) | ||||||
要素 | (Subunit of Benzylsuccinate CoA- ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / CoA transferase / toluene degradation | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
| 生物種 | Aromatoleum aromaticum EbN1 (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Ermler, U. / Heider, J. / Demmer, U. | ||||||
| 資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: Structure of the succinyl-CoA:(R)-benzylsuccinate CoA-transferase 著者: Schuehle, K. / Demmer, U. / Heider, J. / Ermler, U. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 9fun.cif.gz | 922.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb9fun.ent.gz | 778.5 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 9fun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/9fun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/9fun | HTTPS FTP |
|---|
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 9fn0C ![]() 9folC C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
-Subunit of Benzylsuccinate CoA- ... , 2種, 4分子 ACBD
| #1: タンパク質 | 分子量: 45443.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aromatoleum aromaticum EbN1 (バクテリア)遺伝子: bbsE, c2A312 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 44795.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aromatoleum aromaticum EbN1 (バクテリア)遺伝子: bbsF, c2A311 / 発現宿主: ![]() |
|---|
-非ポリマー , 6種, 715分子 










| #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-COA / | #6: 化合物 | ChemComp-BZS / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
|---|
-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
|---|
-
試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 10000, Tris/HCl, NaCl, glycerol |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 | 解像度: 2→48.976 Å / Num. obs: 119874 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 17.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.976 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→48.976 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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Aromatoleum aromaticum EbN1 (バクテリア)
X線回折
引用

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