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- PDB-9fun: Succinyl-CoA:(R)-benzylsuccinate CoA-transferase (BbsEF) + CoA + ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fun
タイトルSuccinyl-CoA:(R)-benzylsuccinate CoA-transferase (BbsEF) + CoA + benzylsuccinate (weakly occupied)
要素(Subunit of Benzylsuccinate CoA- ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / CoA transferase / toluene degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


CoA-transferase activity
類似検索 - 分子機能
: / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III
類似検索 - ドメイン・相同性
L-BENZYLSUCCINIC ACID / COENZYME A / TRIETHYLENE GLYCOL / Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase / Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aromatoleum aromaticum EbN1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ermler, U. / Heider, J. / Demmer, U.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the succinyl-CoA:(R)-benzylsuccinate CoA-transferase
著者: Schuehle, K. / Demmer, U. / Heider, J. / Ermler, U.
履歴
登録2024年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase
B: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase
C: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase
D: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,82819
ポリマ-180,4794
非ポリマー2,34915
12,611700
1
A: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase
B: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7307
ポリマ-90,2402
非ポリマー4915
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13800 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area29870 Å2
2
C: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase
D: Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,09812
ポリマ-90,2402
非ポリマー1,85910
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15650 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area28050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)92.300, 101.290, 192.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Subunit of Benzylsuccinate CoA- ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase


分子量: 45443.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aromatoleum aromaticum EbN1 (バクテリア)
遺伝子: bbsE, c2A312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5P687
#2: タンパク質 Subunit of Benzylsuccinate CoA-transferase


分子量: 44795.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aromatoleum aromaticum EbN1 (バクテリア)
遺伝子: bbsF, c2A311 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5P688

-
非ポリマー , 6種, 715分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C21H36N7O16P3S
#6: 化合物 ChemComp-BZS / L-BENZYLSUCCINIC ACID / (R)-2-ベンジルこはく酸


分子量: 208.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C11H12O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 10000, Tris/HCl, NaCl, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.976 Å / Num. obs: 119874 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 17.47
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2-2.11.085156340.7411.191
2.1-2.30.63246040.8920.6891
2.3-2.50.337173550.9620.3691
2.5-30.149259150.9920.1631
3-3.80.05182200.9980.0551
3.8-4.70.03184160.9990.0341
4.7-60.02949790.9990.0321
6-80.02526990.9990.0281
8-120.02214090.9990.0251
12-500.0216380.9990.0231

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.976 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 5890 4.91 %
Rwork0.1784 --
obs0.1799 119874 98.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12604 0 153 700 13457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8841903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471867
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082359
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.44191710.37193434X-RAY DIFFRACTION89
2.02-2.050.39441780.34343640X-RAY DIFFRACTION95
2.05-2.070.33781790.32113775X-RAY DIFFRACTION98
2.07-2.10.32871970.30863676X-RAY DIFFRACTION97
2.1-2.130.30891950.28413797X-RAY DIFFRACTION99
2.13-2.150.33171890.27663768X-RAY DIFFRACTION98
2.15-2.190.28452200.25823772X-RAY DIFFRACTION99
2.19-2.220.30072240.24693739X-RAY DIFFRACTION99
2.22-2.250.26311910.24073778X-RAY DIFFRACTION98
2.25-2.290.25651870.21163840X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.330.24981870.20713728X-RAY DIFFRACTION98
2.33-2.370.25652060.20693776X-RAY DIFFRACTION98
2.37-2.420.21421860.18583810X-RAY DIFFRACTION99
2.42-2.470.27191850.18493810X-RAY DIFFRACTION99
2.47-2.520.21062090.17613779X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.580.23551850.18183831X-RAY DIFFRACTION99
2.58-2.640.19761970.17723808X-RAY DIFFRACTION99
2.64-2.710.22281940.17733821X-RAY DIFFRACTION99
2.71-2.790.22461920.17973829X-RAY DIFFRACTION99
2.79-2.880.21651820.19053808X-RAY DIFFRACTION98
2.88-2.990.22111880.18553806X-RAY DIFFRACTION98
2.99-3.110.23111770.17963860X-RAY DIFFRACTION99
3.11-3.250.20542080.17723825X-RAY DIFFRACTION99
3.25-3.420.20222120.16933838X-RAY DIFFRACTION99
3.42-3.630.19372080.16233840X-RAY DIFFRACTION99
3.63-3.910.18132040.14653807X-RAY DIFFRACTION98
3.91-4.310.14432030.1363867X-RAY DIFFRACTION99
4.31-4.930.1592010.1263937X-RAY DIFFRACTION99
4.93-6.210.182050.1523943X-RAY DIFFRACTION99
6.21-48.9760.17432300.16674042X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2027-0.84481.35483.1346-0.18151.83080.13950.4112-0.3731-0.4347-0.0447-0.03250.36780.1449-0.09020.52040.03010.04610.3237-0.09420.2365-14.5997-24.32558.4388
21.13130.35620.09521.37870.22130.88340.04480.1775-0.5912-0.2864-0.0787-0.14380.48940.10040.01510.59580.05970.02360.3056-0.11560.5259-11.3155-37.681917.3812
32.6895-0.5195-0.64341.86050.17851.68120.12610.11-0.4849-0.1177-0.1356-0.24980.33550.23180.0090.43690.0394-0.00490.2309-0.05550.3829-10.8466-32.467325.3492
41.2134-0.12250.031.14960.0341.09310.03970.1326-0.094-0.137-0.0607-0.12750.19690.10450.00030.28640.00290.02930.2279-0.02160.2242-13.449-14.309627.9259
50.58280.1085-0.48622.4258-1.78121.56330.01880.19410.06830.0738-0.004-0.11910.07520.16230.01390.1695-0.03240.03380.2292-0.0340.2065-20.53995.91630.2026
61.8765-0.00720.53883.15440.27021.56410.0236-0.03420.21410.0379-0.0255-0.25360.01710.1617-0.03220.1744-0.03130.04680.2507-0.03050.2182-13.092617.191323.9184
71.4258-0.02560.16273.29320.6151.8120.05970.01460.2414-0.0806-0.05340.1197-0.1314-0.04730.01470.1725-0.00980.02910.24490.00110.2516-18.770616.890821.6969
81.3282-0.29250.13282.79030.16551.4094-0.06260.2462-0.0682-0.63540.0821-0.00490.24590.2422-0.09980.51650.04070.08470.4068-0.03680.2106-8.8094-8.65212.476
91.20420.18240.10214.73620.67741.16310.01580.6677-0.7795-0.66580.09560.05020.4464-0.0403-0.06510.8070.0564-0.01050.52-0.25150.5642-12.3924-35.44631.2083
103.84830.124-1.63441.82740.58154.42650.25670.02110.7128-0.0892-0.03-0.2145-0.58960.4689-0.19770.2956-0.02550.05040.38020.02030.43887.6566-2.600430.0114
110.7549-0.0524-0.320.9093-0.26321.09280.02280.0876-0.0353-0.1592-0.0047-0.12950.06860.1563-0.02460.25170.01110.0250.1914-0.03880.189-14.7065-10.953926.7176
121.72110.8297-0.46862.5709-0.66752.1091-0.0651-0.28880.41840.22930.0791-0.0789-0.2735-0.07980.03710.28240.0546-0.05260.3167-0.12990.336-9.11227.9122-15.7651
130.93170.06260.40391.02920.41071.1907-0.0371-0.11960.19460.02020.0189-0.0705-0.0745-0.04260.00480.16020.01530.00550.2007-0.02330.2297-10.710816.3715-32.2158
141.28340.14070.77942.05951.02272.43390.1372-0.0729-0.26630.136-0.02010.05810.6317-0.1357-0.09360.4057-0.0110.00310.27210.03720.228-15.8619-9.7726-21.4649
151.71450.07730.20235.8214-0.06172.3649-0.182-0.49870.8070.82070.1086-0.2451-0.64160.03490.0450.46360.0377-0.10580.39-0.20860.5027-6.711835.1629-6.3296
163.81150.73792.21322.5021.89723.37870.06220.0021-0.1582-0.04760.0013-0.14120.19770.083-0.0750.16380.01990.03270.190.01030.19292.47790.8115-38.0188
173.102-0.2021-0.29683.41461.21191.5816-0.0188-0.2604-0.09870.34360.0383-0.27960.33450.0685-0.0530.31710.0294-0.03120.233-0.01440.291213.6632-5.8778-25.1852
184.21111.5512-0.98961.8077-0.28540.3808-0.0358-0.4619-0.24650.35310.0361-0.33740.10.12210.02170.33610.0865-0.03260.3286-0.01960.23631.7054-3.1334-18.5034
191.54020.06790.31981.8456-0.04751.1594-0.0139-0.10120.02930.14970.0520.08830.1826-0.08860.020.2252-0.0260.00850.2724-0.00710.1715-18.75051.5753-24.5891
202.59360.0397-0.64991.34320.04340.9025-0.0516-0.27360.07510.2140.0584-0.1795-0.0166-0.0101-0.04160.23020.028-0.03650.2915-0.04370.2027-1.73349.0969-17.3151
211.9331-0.81780.63951.4773-0.31851.0224-0.1006-0.33060.02610.24960.03220.0875-0.0131-0.233-0.05720.1498-0.00140.02210.2808-0.01420.2054-30.308714.2361-28.74
223.5295-0.53530.6392.12740.18771.8461-0.121-0.53050.26850.4470.21120.0375-0.2387-0.42440.00620.27230.08820.00840.3886-0.07320.3244-39.444927.0402-26.6463
232.2689-1.15140.52691.40520.56132.1233-0.0253-0.09020.0414-0.00880.06880.22390.0244-0.3235-0.01980.13210.0107-0.00770.2288-0.02450.2511-35.429420.8148-37.66
242.1148-1.1017-0.20021.16030.16050.77180.07370.10830.1349-0.0746-0.0658-0.0615-0.0886-0.00830.01620.1727-0.01690.00830.190.00560.1809-15.927816.8825-43.155
252.2371-1.4620.20071.0401-0.42151.0980.11030.09670.1401-0.1549-0.0725-0.267-0.0490.1004-0.02180.1931-0.01160.04230.21350.01980.22991.58999.4042-43.0961
263.0114-1.16370.23483.8705-0.69791.61990.14510.30670.171-0.3545-0.1605-0.49420.18590.2767-0.0360.33540.06860.05190.3613-0.02380.369921.2852-7.9881-40.8101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 78 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 79 through 107 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 108 through 141 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 142 through 220 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 221 through 239 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 240 through 266 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 267 through 332 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 333 through 367 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 368 through 409 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 4 through 124 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 125 through 409 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 2 through 110 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 111 through 232 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 233 through 367 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 368 through 409 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 4 through 79 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 80 through 124 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 125 through 148 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 149 through 180 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 181 through 228 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 229 through 263 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 264 through 294 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 295 through 320 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 321 through 349 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 350 through 383 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 384 through 409 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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