PDB-9fuj: CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED F295L MUTANT OF THREE-DOMAIN HEME-CU...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fuj

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED F295L MUTANT OF THREE-DOMAIN HEME-CU NITRITE REDUCTASE FROM RALSTONIA PICKETTII

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HAEM AND CU CONTAINING NITRITE REDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / REDOX REACTIONS / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia pickettii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.331 Å

データ登録者

Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF REDUCED F295L MUTANT OF THREE-DOMAIN HEME-CU NITRITE REDUCTASE FROM RALSTONIA PICKETTII
著者: Petchyam, N. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fuj.cif.gz	498.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fuj.ent.gz	335.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fuj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9fuj_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9fuj_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9fuj_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	9fuj_validation.cif.gz	46.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/9fuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/9fuj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ziy
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (5)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
152 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.961, 127.961, 86.602
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1071- HOH
2	1	A-1136- HOH
3	1	A-1216- HOH
4	1	A-1263- HOH
5	1	A-1273- HOH
6	1	A-1285- HOH

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 49914.500 Da / 分子数: 1 / 変異: F295L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア) 遺伝子: nirK, D7S62_04310 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6NAW4, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 100 mM bis-tris propane pH 7.7, 200 mM sodium citrate, and 22% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.80001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.80001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.33→37.74 Å / Num. obs: 116526 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 1.33→1.35 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 1.072 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4314 / CC_1/2: 0.363 / R_pim(I) all: 0.754 / R_rim(I) all: 1.319 / Χ²: 0.92 / % possible all: 71.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
Coot		モデル構築
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.331→37.735 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.98 / WR_factor R_free: 0.132 / WR_factor R_work: 0.104 / SU B: 1.845 / SU ML: 0.031 / Average fsc free: 0.9792 / Average fsc work: 0.9849 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.039
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1405	5922	5.085 %	RANDOM
R_work	0.1118	110529	-	-
all	0.113	-	-	-
obs	-	116451	96.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.182 Å²	0.091 Å²	-0 Å²
2-	-	0.182 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.331→37.735 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3425	0	45	691	4161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.859	1.85	5575
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.657	1.759	8887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.126	5	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.977	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.947	10	671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.577	10	178
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4889
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	915
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.026	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.636	1.485	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.415	1.484	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.243	2.68	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.31	2.683	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.913	1.682	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.914	1.683	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.399	3.008	3010
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.399	3.007	3010
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.033	22.078	4794
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.792	17.577	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.007	3	7857

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.331-1.366	0.312	337	0.305	6197	0.306	8962	0.94	0.939	72.9078	0.308
1.366-1.403	0.307	390	0.278	6701	0.28	8728	0.943	0.953	81.2443	0.279
1.403-1.444	0.267	374	0.25	7501	0.25	8545	0.956	0.963	92.1592	0.247
1.444-1.488	0.244	395	0.21	7835	0.212	8248	0.968	0.976	99.7818	0.202
1.488-1.537	0.203	449	0.162	7498	0.164	7948	0.975	0.985	99.9874	0.151
1.537-1.59	0.168	354	0.132	7415	0.133	7771	0.984	0.99	99.9743	0.12
1.59-1.65	0.158	365	0.115	7059	0.117	7425	0.985	0.992	99.9865	0.104
1.65-1.718	0.144	368	0.102	6803	0.104	7172	0.988	0.994	99.9861	0.091
1.718-1.794	0.145	325	0.093	6550	0.095	6877	0.987	0.995	99.9709	0.083
1.794-1.881	0.126	336	0.081	6297	0.083	6633	0.991	0.996	100	0.074
1.881-1.983	0.117	317	0.082	5913	0.084	6230	0.992	0.997	100	0.077
1.983-2.103	0.125	320	0.087	5591	0.089	5911	0.991	0.997	100	0.083
2.103-2.247	0.099	284	0.08	5306	0.081	5590	0.994	0.997	100	0.077
2.247-2.427	0.113	241	0.076	4914	0.078	5155	0.992	0.997	100	0.073
2.427-2.657	0.098	285	0.075	4494	0.076	4779	0.994	0.997	100	0.073
2.657-2.969	0.115	225	0.083	4092	0.085	4317	0.991	0.996	100	0.082
2.969-3.425	0.113	176	0.092	3631	0.093	3807	0.992	0.995	100	0.093
3.425-4.186	0.117	186	0.094	3042	0.095	3228	0.992	0.995	100	0.099
4.186-5.883	0.14	114	0.131	2363	0.132	2477	0.993	0.994	100	0.137
5.883-37.735	0.219	81	0.202	1327	0.203	1408	0.98	0.983	100	0.225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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