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- PDB-9fu8: Structure of the ASH1 domain of Drosophila melanogaster Spd-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fu8
タイトルStructure of the ASH1 domain of Drosophila melanogaster Spd-2
要素BcDNA.LD24702
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Centrosome / pericentriolar material / Drosophila
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm aster formation / apyrase activity / ADP-ribose diphosphatase / astral microtubule organization / ADP-ribose diphosphatase activity / centrosome cycle / pericentriolar material / centriole / centrosome
類似検索 - 分子機能
ADP-ribose pyrophosphatase, mitochondrial / : / : / : / Cep192 domain 4 / Cep192 domain 5 / Cep192 domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sheppard, D. / Feng, Z. / Lea, S.M. / Johnson, S. / Raff, J.W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust215523 英国
Wellcome Trust209194 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: The conserved Spd-2/CEP192 domain adopts a unique protein fold to promote centrosome scaffold assembly.
著者: Hu, L. / Wainman, A. / Andreeva, A. / Apizi, M. / Alvarez-Rodrigo, I. / Wong, S.S. / Saurya, S. / Sheppard, D. / Cottee, M. / Johnson, S. / Lea, S.M. / Raff, J.W. / van Breugel, M. / Feng, Z.
履歴
登録2024年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BcDNA.LD24702


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9611
ポリマ－11,9611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 BcDNA.LD24702 / Spindle defective 2


分子量: 11960.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: spd-2, anon-73Ba, BcDNA.LD24702, BcDNA:LD24702, CEP192, Cep192, CG17286-PA, D-SPD2, D-Spd2, Dmel\CG17286, DSPD-2, DSpd-2, Dspd-2, DSpd2, Dspd2, dSpd2, SPD-2, Spd-2, SPD2, Spd2, spd2, CG17286, Dmel_CG17286
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VV79, ADP-ribose diphosphatase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D CBCANH
151isotropic13D HNCO
191isotropic13D HNHA
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic13D (H)CC(CO)NH
161isotropic13D CC(CO)NH
1101isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1121isotropic23D 1H-15N NOESY
1131isotropic23D 1H-13C-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 100 mM Na2HPO4, 137 mM NaCl, 27 mM KCl, 18 mM KH2PO4, 1 uM ZnCl2, 1 mM DTT, 0.5 mM [U-13C; U-15N] Spd-2, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMNa2HPO4natural abundance1
137 mMNaClnatural abundance1
27 mMKClnatural abundance1
18 mMKH2PO4natural abundance1
1 uMZnCl2natural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.5 mMSpd-2[U-13C; U-15N]1
試料状態イオン強度: 0.196 Not defined / Label: 13C_15N_sample / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 20 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II5001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYShin J, Lee W, Lee W.peak picking
NMRFAM-SPARKYShin J, Lee W, Lee W.chemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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