PDB-9fu5: 25-hydroxy steroid kinase + AMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fu5

タイトル

25-hydroxy steroid kinase + AMP

要素

Aminoglycoside phosphotransferase-like protein

キーワード

TRANSFERASE / anaerobic cholesterol degradation / kinase / ATP / substrate induced dimerisation

機能・相同性

Acyl-CoA dehydrogenase family member 10/11, N-terminal / : / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / transferase activity / Protein kinase-like domain superfamily / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Aminoglycoside phosphotransferase-like protein

機能・相同性情報

生物種

Sterolibacterium denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Ermler, U. / Boll, M. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Jacoby, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of 25-hydroxy steroid kinase
著者: Jacoby, C. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Boll, M.

履歴

登録	2024年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fu5.cif.gz	231 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fu5.ent.gz	187.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fu5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/9fu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/9fu5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (2)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminoglycoside phosphotransferase-like protein

ヘテロ分子

43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.050, 68.050, 185.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-577- HOH

#1: タンパク質	Aminoglycoside phosphotransferase-like protein 分子量: 43209.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sterolibacterium denitrificans (バクテリア) 遺伝子: SDENCHOL_21286 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A7Z7HU23
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID 分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: TMPE 1014, MES, Arg, Glu

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 70696 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 14.54

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.5-1.6	2.025	12239	0.534	2.147	1
1.6-1.7	0.916	9543	0.831	0.972	1
1.7-1.9	0.329	13633	0.973	0.35	1
1.9-2.2	0.123	12328	0.995	0.13	1
2.2-2.55	0.073	8023	0.997	0.078	1
2.55-3	0.056	5631	0.998	0.06	1
3-3.9	0.047	4950	0.999	0.05	1
3.9-4.7	0.04	1802	0.998	0.043	1
4.7-5.9	0.037	1223	0.999	0.04	1
5.9-8	0.035	779	0.999	0.038	1
8-12	0.035	375	0.999	0.038	1
12-50	0.036	170	0.996	0.04	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→45.76 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	3509	4.96 %
R_work	0.2234	-	-
obs	0.2244	70687	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2967	0	36	128	3131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.947
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.566	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	425
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	551

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.4687	145	0.5234	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.54	0.4537	142	0.4637	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.57	0.4528	140	0.4289	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.59	0.4594	124	0.4043	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.62	0.4132	126	0.3669	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.64	0.3304	144	0.3271	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.67	0.3215	149	0.2987	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.71	0.2943	132	0.2924	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.74	0.3132	138	0.2734	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.78	0.2842	149	0.2706	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.82	0.3007	144	0.2811	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.87	0.3356	144	0.2768	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.92	0.2844	156	0.2822	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.97	0.2618	129	0.2567	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.04	0.2966	109	0.2494	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.11	0.2336	140	0.2378	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.19	0.2206	150	0.2288	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.29	0.2233	154	0.2228	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.41	0.2687	161	0.2187	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.56	0.2535	138	0.2243	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.76	0.224	141	0.2222	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.04	0.2562	143	0.2232	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.48	0.2615	142	0.2147	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-4.38	0.1618	135	0.1839	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-45.76	0.2469	134	0.1954	2969	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3817	0.832	0.1802	2.6631	0.2646	3.4018	0.0475	0.0081	-0.0475	0.1441	-0.1478	0.1462	-0.1527	-0.1585	0.0934	0.257	0.0027	-0.0079	0.2661	0.0084	0.1811	-25.2096	-9.6952	-10.939
2	1.3453	-0.0644	-0.2071	2.017	-1.5168	1.676	0.0199	0.0051	-0.1506	-0.0069	-0.129	-0.3537	0.135	0.046	0.1008	0.2816	-0.0203	-0.041	0.2315	0.0192	0.2243	-10.0848	-3.4538	-22.7025
3	3.0852	-0.9597	0.5516	3.5897	-0.6779	2.4884	0.0529	0.0044	-0.5292	-0.0458	-0.4694	-1.5894	0.3283	0.49	0.1463	0.2288	0.0588	0.0346	0.3382	0.2654	0.8618	5.9802	-7.6288	-26.0254

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 77 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 193 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 194 through 379 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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