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- PDB-9ftw: Crystal structure of calcium-activated EndoU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ftw
タイトルCrystal structure of calcium-activated EndoU
要素Uridylate-specific endoribonuclease
キーワードRNA BINDING PROTEIN / calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


post-transcriptional gene silencing / scavenger receptor activity / polysaccharide binding / negative regulation of lipid catabolic process / RNA endonuclease activity / serine-type peptidase activity / female pregnancy / growth factor activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / manganese ion binding ...post-transcriptional gene silencing / scavenger receptor activity / polysaccharide binding / negative regulation of lipid catabolic process / RNA endonuclease activity / serine-type peptidase activity / female pregnancy / growth factor activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / manganese ion binding / lyase activity / immune response / proteolysis / RNA binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic uridylate-specific endoribonuclease (EndoU) domain profile. / EndoU ribonuclease, C-terminal / Poly(U)-specific endoribonuclease / Endoribonuclease XendoU / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. ...Eukaryotic uridylate-specific endoribonuclease (EndoU) domain profile. / EndoU ribonuclease, C-terminal / Poly(U)-specific endoribonuclease / Endoribonuclease XendoU / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Uridylate-specific endoribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Fribourg, S. / Campagne, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM) フランス
引用
ジャーナル: Res Sq / 年: 2024
タイトル: Molecular Basis for the Calcium-Dependent Activation of the Ribonuclease EndoU.
著者: Malard, F. / Dias, K. / Baudy, M. / Thore, S. / Vialet, B. / Barthelemy, P. / Fribourg, S. / Karginov, F.V. / Campagne, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridylate-specific endoribonuclease
B: Uridylate-specific endoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,37814
ポリマ－93,8562
非ポリマー52212
水7,512417
1
A: Uridylate-specific endoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2508
ポリマ－46,9281
非ポリマー3227
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uridylate-specific endoribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1296
ポリマ－46,9281
非ポリマー2005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.723, 49.742, 60.946
Angle α, β, γ (deg.)88.62, 87.49, 70.35
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Uridylate-specific endoribonuclease / Placental protein 11 / PP11 / Protein endoU


分子量: 46928.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENDOU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P21128, 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; -
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Na Acetate 0.1 M HEPES pH 7.5 22 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47 Å / Num. obs: 59530 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 1.92 % / Biso Wilson estimate: 22.39 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.81
反射 シェル解像度: 1.65→1.67 Å / Num. unique obs: 8577 / CC1/2: 0.88 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (23-JAN-2024)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→23.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.105
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2159 2835 4.77 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.1895 59460 93.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6174 Å2-0.6386 Å2-2.9145 Å2
2---1.3215 Å2-2.8303 Å2
3---2.9389 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→23.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4508 0 18 417 4943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018927HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9615992HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2615SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1450HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4657HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.29
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion568SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8164SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.67 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 -5.04 %
Rwork0.2394 1130 -
all0.2404 1190 -
obs--67.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2762-0.1104-0.30290.8899-0.1440.7890.20370.20350.1673-0.0802-0.1487-0.0859-0.0269-0.0525-0.055-0.00650.04440.0268-0.00450.0344-0.047-18.7415-4.2152-9.4314
21.1668-0.35530.02190.8175-0.07330.63-0.1254-0.1442-0.09190.09390.14370.112-0.00650.0266-0.0183-0.02750.01050.009-0.02460.0083-0.0586-3.4815-26.995-40.3822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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