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- PDB-9ftk: Crystal structure of trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ftk
タイトルCrystal structure of trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase from Pseudomonas fluorescens N3 bound to substrate intermediate
要素Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
キーワードLYASE / hydratase / aldolase
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
(4R)-4-hydroxy-4-(2-hydroxyphenyl)butanoic acid / SALICYLALDEHYDE / PHOSPHATE ION / Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Milani, M. / Ferrara, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Structural snapshots of the aldol condensation reaction of the enzyme trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase from Pseudomonas fluorescens N3.
著者: Ferrara, S. / Braggiotti, B. / Mastrangelo, E. / Di Gennaro, P. / Bertoni, G. / Milani, M.
履歴
登録2024年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
B: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
C: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
D: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
G: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
H: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
J: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
K: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,35053
ポリマ－307,1028
非ポリマー5,24845
水71,0693945
1
A: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
B: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
C: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
D: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,23427
ポリマ－153,5514
非ポリマー2,68323
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17180 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area40150 Å2
2
G: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
H: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
J: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
K: Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,11526
ポリマ－153,5514
非ポリマー2,56422
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16680 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area40110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)144.511, 199.715, 144.511
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.581, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDGHJK

#1: タンパク質
Trans-O-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase / 2'-hydroxybenzalpyruvate aldolase


分子量: 38387.730 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: nahE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C3KFM9, trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase

-
非ポリマー , 5種, 3990分子

#2: 化合物
ChemComp-KRN / (4R)-4-hydroxy-4-(2-hydroxyphenyl)butanoic acid


分子量: 196.200 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O4
#3: 化合物...
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-NK / SALICYLALDEHYDE / サリチルアルデヒド


分子量: 122.121 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3945 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4 M Ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0718 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→46.7 Å / Num. obs: 366454 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.76→1.85 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 53349 / CC1/2: 0.819 / Rrim(I) all: 0.61 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→46.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 18623 5.084 %
Rwork0.1773 347687 -
all0.179 --
obs-366310 90.464 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 15.659 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.002 Å20 Å20.136 Å2
2--0.335 Å20 Å2
3----0.344 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20262 0 334 3945 24541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01221375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01620008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.82329106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0681.76546104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45252686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.2115186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.84103432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.210917
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.23197
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.9530.216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0225546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.024974
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.24913
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2060.219413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.210725
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.210355
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2630.23221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2480.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3410.255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3180.273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2830.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3471.48310522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3461.48310522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0382.65613162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0392.65713163
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5881.82110853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5881.82110853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0173.19615904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0173.19615905
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.31618.58127216
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.318.17626968
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.8030.41613180.38724759X-RAY DIFFRACTION86.9755
1.803-1.8520.35514500.3425709X-RAY DIFFRACTION93.4777
1.852-1.9050.29213640.28325012X-RAY DIFFRACTION93.2377
1.905-1.9640.27813020.25324259X-RAY DIFFRACTION93.132
1.964-2.0280.24913140.22123482X-RAY DIFFRACTION92.8689
2.028-2.0990.2412560.222610X-RAY DIFFRACTION92.6259
2.099-2.1780.22912120.1921789X-RAY DIFFRACTION92.3624
2.178-2.2670.20310350.16821056X-RAY DIFFRACTION92.0382
2.267-2.3680.19610810.15319934X-RAY DIFFRACTION91.5686
2.368-2.4830.1859800.1419056X-RAY DIFFRACTION91.276
2.483-2.6170.1849740.13717994X-RAY DIFFRACTION90.6346
2.617-2.7750.1738630.1317002X-RAY DIFFRACTION90.118
2.775-2.9660.1848610.13315755X-RAY DIFFRACTION89.4873
2.966-3.2030.188020.13814601X-RAY DIFFRACTION88.7474
3.203-3.5070.1856900.14813272X-RAY DIFFRACTION87.5965
3.507-3.9180.1916110.14911939X-RAY DIFFRACTION86.6653
3.918-4.5190.1725650.13610272X-RAY DIFFRACTION85.0027
4.519-5.5210.1844360.1528691X-RAY DIFFRACTION84.5171
5.521-7.7550.1993100.1776766X-RAY DIFFRACTION84.218
7.755-46.70.2251990.1733729X-RAY DIFFRACTION81.6123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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