PDB-9ftf: Crystal structure of the Connecting Domain of the Nipah virus Lar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ftf

タイトル

Crystal structure of the Connecting Domain of the Nipah virus Large protein

要素

RNA-directed RNA polymerase L

キーワード

VIRAL PROTEIN / Nipah virus L / Connecting Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

negative stranded viral RNA transcription / NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Henipavirus nipahense (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Balikci, E. / Gunl, F. / Carrique, L. / Keown, J.R. / Fodor, E. / Grimes, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: Structure of the Nipah virus polymerase complex.
著者: Esra Balıkçı / Franziska Günl / Loïc Carrique / Jeremy R Keown / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /

要旨: Nipah virus is a highly virulent zoonotic paramyxovirus causing severe respiratory and neurological disease. Despite its lethality, there is no approved treatment for Nipah virus infection. The viral ...

履歴

登録	2024年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ftf.cif.gz	152.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ftf.ent.gz	97.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ftf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/9ftf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/9ftf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	50781C 50805C 50807C 50808C 9fuxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (10) #103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (2) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (2)

登録構造単位

A: RNA-directed RNA polymerase L

ヘテロ分子

30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.760, 50.540, 61.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.710, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase 分子量: 30817.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Henipavirus nipahense (ウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q997F0, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, GDP polyribonucleotidyltransferase, NNS virus cap methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.47 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 35% tert-Butanol 0.1M tri-Sodium Citrate pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→60.8 Å / Num. obs: 19413 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 29.13 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.85→10 Å / Num. unique obs: 19413 / CC_1/2: 0.998 / % possible all: 91.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
DIALS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→60.8 Å / SU ML: 0.2289 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.078
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	1002	5.16 %
R_work	0.1933	18411	-
obs	0.1946	19413	91.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→60.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2133	0	3	209	2345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	2198
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5524	2987
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0378	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	372
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.4475	284

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.95	0.3441	88	0.324	1670	X-RAY DIFFRACTION	58.48
1.95-2.07	0.354	134	0.2803	2352	X-RAY DIFFRACTION	82.7
2.07-2.23	0.2592	138	0.2239	2830	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.23-2.45	0.2433	157	0.2129	2850	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.45-2.81	0.2112	164	0.1988	2885	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.81-3.54	0.2046	168	0.1794	2860	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.54-60.8	0.1902	153	0.1684	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.757068670701	-0.0910831817665	-1.01194335291	0.672988297327	5.99402847642E-5	1.02824325121	-0.0652763059215	-0.280553234504	-0.164246548452	-0.0175038070215	0.383092876754	0.423494505726	-0.0416281583581	-0.193602542008	0.000414952841963	0.177611240276	0.00444278908668	-0.0291089610043	0.22414930204	0.013493021304	0.236353905517	-6.42246370439	9.02453360799	-23.1965580529
2	0.00678711008052	-0.105950710408	0.465120756663	0.367932853339	-0.348040658496	0.71439257129	0.0425431454529	0.0604653894159	-0.217995709723	-0.299627334501	0.0247814552004	0.0398731906026	0.150381915038	0.0128661552752	-5.46678605154E-5	0.378385610382	0.00619079329365	0.0336479780096	0.469691767025	-0.0135028568344	0.44364203027	3.75218328489	4.15961150143	-28.3958098911
3	0.327677118503	-0.170962932878	-0.563780835277	0.0266377268169	0.155910439346	0.65115698061	0.0538936898937	0.0800946228161	-0.028625413983	0.160266831276	-0.130763399328	-0.243560279269	0.0729588089792	0.281801291661	-1.64581132552E-5	0.203980647783	0.0038744446708	0.00712889778987	0.252476095831	-0.0276233334198	0.23864133472	-2.56480896347	10.9977134327	-13.3835472768
4	0.792287887418	0.0781578811414	0.266287863299	0.449642268273	-0.4313694087	0.467562706526	-0.0282855583191	-0.385579837398	-0.251420026258	0.320498885558	0.0354534110302	-0.303868127946	0.271399616053	0.414045311999	0.000371960573538	0.300333781798	0.034872567908	-0.0260875079218	0.279489132316	0.0232062475308	0.322586724029	2.01092803988	4.25539830574	0.279496722845
5	0.488647772205	-0.209109907658	-0.0806847164237	0.294129379047	0.14066711502	0.195247997094	0.0261887093509	-0.196078793386	-0.578574482829	0.0308512365769	0.0857940689617	0.129730836187	0.186702258577	0.521638472255	0.00493802547692	0.312786929692	0.0311860205943	0.00458921434377	0.492704068034	-0.11641013717	0.460166766981	11.6271293337	3.43461341197	-17.7174784123
6	0.497626108709	0.0378840550059	-0.384003004554	0.324651964518	0.180271998215	0.203768952131	-0.172284847623	0.387133508966	-0.124027140226	0.182150433442	-0.110873453886	-0.164424395972	-0.185080300734	0.275572578174	-0.000377841787908	0.239240544533	-0.0024120233393	0.0163462449153	0.395077002935	-0.0419253743005	0.333537903854	14.3240500975	18.0043648317	-19.2696965424
7	0.803533224222	-0.332843948777	-0.377785105981	0.210464095183	-0.632032268851	0.805022770983	0.0381714085924	-0.0397161943769	-0.0784130879402	0.0165774095173	-0.0236952961167	-0.0382963743118	-0.0873716637335	0.125907504054	9.63062520822E-5	0.190911544181	-0.0117704006733	0.000494045814387	0.16491773848	-0.0232995674322	0.216264072358	-2.01541240036	10.772199255	-10.8970257324
8	0.372248380714	-0.328454194798	-0.116078934144	0.559166543749	-0.0965589619926	0.150381886937	-0.00555701809323	0.0137830899297	-0.164785904608	-0.135205634342	0.0662246186538	0.135904926378	0.154556085987	-0.128899086098	-2.85425359461E-5	0.257253517003	-0.0225319608148	0.000630429387375	0.181941464511	0.0300158857208	0.242746617173	-12.8206590024	1.62555473788	-6.87692316932
9	1.19553788852	0.127113353148	-1.04861143644	0.427874765805	0.371473997459	1.82835098806	0.0247456194863	0.0438568963047	-0.643371278659	0.101356633558	0.241191565886	0.0627673964843	1.12093701531	0.605675898347	0.0655387939103	0.503469310768	0.0441650773356	-0.123598793029	0.217776174093	-0.0113363457143	0.35978973047	-9.12403285165	-1.71283156698	7.15732252186
10	0.189869111591	0.309656439275	0.612869263884	-0.318882351492	0.129029473527	1.20568842628	0.0401127738838	-0.0488345782265	0.0890050926455	0.0164764135695	-0.146151978889	0.143270356093	0.0979128520243	-0.489047281296	-0.000636825392618	0.266324037733	-0.0015789706862	0.0251353063404	0.269987578086	0.0082192496494	0.253359939956	-15.9630241308	6.78406375114	-0.425045824662
11	0.037376568753	-0.0833636208221	-0.0892303428398	0.120049152234	0.193468059923	0.347421376714	0.113861700585	0.431282865025	0.0187573050367	-0.783310189274	0.101058751259	0.128375236303	0.0431429396177	-0.242436194037	0.000714306931638	0.305376038828	-0.000636481421468	-0.0124254747412	0.310220253161	0.00609478880316	0.263523075617	-7.14786164055	12.2318187757	-32.6928833371

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1481 through 1512 )	1481 - 1512	1 - 32
2	2	chain 'A' and (resid 1513 through 1538 )	1513 - 1538	33 - 58
3	3	chain 'A' and (resid 1539 through 1553 )	1539 - 1553	59 - 73
4	4	chain 'A' and (resid 1554 through 1578 )	1554 - 1578	74 - 98
5	5	chain 'A' and (resid 1579 through 1594 )	1579 - 1594	99 - 114
6	6	chain 'A' and (resid 1595 through 1619 )	1595 - 1619	115 - 136
7	7	chain 'A' and (resid 1620 through 1653 )	1620 - 1653	137 - 170
8	8	chain 'A' and (resid 1654 through 1676 )	1654 - 1676	171 - 193
9	9	chain 'A' and (resid 1677 through 1689 )	1677 - 1689	194 - 206
10	10	chain 'A' and (resid 1690 through 1727 )	1690 - 1727	207 - 244
11	11	chain 'A' and (resid 1728 through 1743 )	1728 - 1743	245 - 260

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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