PDB-9ftc: Aeromonas caviae CMP-Pse5Ac7Ac synthetase in the presence of CMP-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ftc

タイトル

Aeromonas caviae CMP-Pse5Ac7Ac synthetase in the presence of CMP-Pse5Ac7Ac.

要素

NeuA

キーワード

TRANSFERASE / Carbohydrate synthesis / Pseudaminic acid synthesis / CMP-Transferase

機能・相同性

Pseudaminic acid cytidylyltransferase / N-acylneuraminate cytidylyltransferase activity / Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / : / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / : / NeuA

機能・相同性情報

生物種

Aeromonas caviae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Cowan, A.R. / Hemsworth, G.R. / Keenan, T. / Fascione, M.A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural dissection of the CMP-pseudaminic acid synthetase, PseF.
著者: Keenan, T. / Cowan, A.R. / Flack, E.K.P. / Hatton, N.E. / Walklett, A.J. / Thomas, G.H. / Hemsworth, G.R. / Fascione, M.A.

履歴

登録	2024年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ftc.cif.gz	203.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ftc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ftc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/9ftc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/9ftc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ftbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NeuA

B: NeuA

ヘテロ分子

57.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.574, 79.007, 74.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.460, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NeuA 分子量: 28011.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeromonas caviae (バクテリア) / 遺伝子: neuA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R9S4
#2: 化合物	ChemComp-A1IF6 / (2~{R},4~{S},5~{S},6~{S})-5-acetamido-6-[(1~{S},2~{S})-1-acetamido-2-oxidanyl-propyl]-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid 分子量: 639.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₄N₅O₁₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium Nitrate; 0.1 M Bis-Tris Propane pH 6.5; 24% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→54 Å / Num. obs: 78069 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 15

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.22-54	3.3	0.031	500	0.986	0.031	0.044
1.5-1.53	3.5	0.106	3867	0.975	0.1	0.146

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→42.571 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 1.037 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1854	4148	5.315 %
R_work	0.1668	73894	-
all	0.168	-	-
obs	-	78042	99.65 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.153 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.012 Å²	-0 Å²	-0.16 Å²
2-	-	0.814 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.809 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.571 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3596	0	86	416	4098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3800
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.729	1.666	5193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.57	1.585	8046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.295	5	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.154	5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	3.949	12.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.307	10	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.795	10	173
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	904
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.261	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.378	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.756	1.493	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.75	1.493	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.6	2.671	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.6	2.672	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.681	1.739	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.68	1.739	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.089	3.057	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.088	3.056	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.11	19.081	4326
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.927	17.307	4245

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.181	287	0.181	5384	0.181	5756	0.979	0.981	98.5233	0.176
1.539-1.581	0.215	320	0.169	5288	0.172	5669	0.974	0.983	98.924	0.165
1.581-1.627	0.21	274	0.171	5108	0.173	5415	0.975	0.982	99.3906	0.168
1.627-1.677	0.194	246	0.167	5052	0.168	5327	0.976	0.983	99.4556	0.165
1.677-1.732	0.181	271	0.162	4848	0.163	5137	0.982	0.984	99.6496	0.161
1.732-1.792	0.201	266	0.168	4724	0.17	5005	0.974	0.983	99.7003	0.168
1.792-1.86	0.198	285	0.166	4530	0.168	4823	0.973	0.983	99.8341	0.17
1.86-1.936	0.198	224	0.168	4405	0.17	4635	0.976	0.983	99.8706	0.174
1.936-2.022	0.196	198	0.171	4216	0.172	4418	0.978	0.983	99.9095	0.179
2.022-2.12	0.2	219	0.178	4036	0.179	4255	0.975	0.982	100	0.188
2.12-2.234	0.207	229	0.167	3810	0.169	4039	0.976	0.983	100	0.18
2.234-2.37	0.165	227	0.161	3585	0.162	3814	0.982	0.984	99.9476	0.177
2.37-2.533	0.19	194	0.16	3394	0.161	3591	0.977	0.984	99.9165	0.178
2.533-2.735	0.186	182	0.16	3177	0.161	3360	0.979	0.984	99.9702	0.183
2.735-2.995	0.218	167	0.168	2926	0.17	3093	0.975	0.982	100	0.194
2.995-3.346	0.2	162	0.181	2646	0.182	2808	0.975	0.98	100	0.211
3.346-3.86	0.174	111	0.159	2366	0.159	2478	0.984	0.986	99.9596	0.192
3.86-4.717	0.137	146	0.137	1964	0.137	2111	0.99	0.99	99.9526	0.175
4.717-6.631	0.159	105	0.181	1521	0.18	1627	0.987	0.986	99.9385	0.23
6.631-42.571	0.181	35	0.203	913	0.202	953	0.982	0.976	99.4753	0.248

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