PDB-9ftb: Aeromonas caviae CMP-Pse5A7Ac Synthetase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ftb

タイトル

Aeromonas caviae CMP-Pse5A7Ac Synthetase

要素

NeuA

キーワード

TRANSFERASE / Carbohydrate synthesis / Pseudaminic Acid Synthesis / CMP-Transferase

機能・相同性

Pseudaminic acid cytidylyltransferase / N-acylneuraminate cytidylyltransferase activity / Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / : / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / NeuA

機能・相同性情報

生物種

Aeromonas caviae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Keenan, T. / Fascione, M.A. / Cowan, A.R. / Hemsworth, G.R.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural dissection of the CMP-pseudaminic acid synthetase, PseF.
著者: Keenan, T. / Cowan, A.R. / Flack, E.K.P. / Hatton, N.E. / Walklett, A.J. / Thomas, G.H. / Hemsworth, G.R. / Fascione, M.A.

履歴

登録	2024年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ftb.cif.gz	252.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ftb.ent.gz	158.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ftb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/9ftb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/9ftb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ftcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NeuA

28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NeuA

登録者が定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.527, 109.527, 87.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-368- HOH

#1: タンパク質	NeuA 分子量: 28011.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeromonas caviae (バクテリア) / 遺伝子: neuA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R9S4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1% w/v Tryptone, 0.05 M HEPES sodium pH 6.5, 14% w/v PEG3350, 0.001 M sodium azide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→64.223 Å / Num. obs: 24845 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.218 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 14.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.11-64.14	31.9	0.122	291	0.997	0.027	0.125
1.9-1.94	41.8	4.346	1570	0.917	0.943	4.447

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→64.223 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 8.202 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2406	1187	4.786 %
R_work	0.1916	23616	-
all	0.194	-	-
obs	-	24803	99.984 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.633 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.476 Å²	0.238 Å²	0 Å²
2-	-	0.476 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.544 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→64.223 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1827	0	0	133	1960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.012	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.174	1.65	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.717	1.576	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.106	5	243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.83	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.513	10	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.79	10	89
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	455
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	946
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.08	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.008	2.095	948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.008	2.095	948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.124	3.746	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.123	3.747	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.037	2.403	964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.035	2.404	965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.824	4.225	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.822	4.226	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.733	21.18	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.71	20.756	2126

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.367	92	0.334	1696	0.336	1788	0.886	0.908	100	0.307
1.949-2.003	0.283	84	0.254	1656	0.255	1740	0.941	0.952	100	0.232
2.003-2.061	0.297	82	0.229	1635	0.232	1717	0.927	0.963	100	0.203
2.061-2.124	0.303	78	0.226	1582	0.229	1660	0.942	0.964	100	0.197
2.124-2.194	0.269	83	0.218	1529	0.22	1612	0.947	0.967	100	0.19
2.194-2.271	0.308	69	0.263	1477	0.265	1546	0.939	0.949	100	0.225
2.271-2.356	0.273	78	0.203	1431	0.206	1509	0.954	0.972	100	0.178
2.356-2.452	0.252	74	0.187	1383	0.19	1457	0.965	0.979	100	0.16
2.452-2.561	0.26	66	0.165	1332	0.17	1398	0.962	0.983	100	0.144
2.561-2.686	0.224	38	0.178	1295	0.18	1333	0.961	0.979	100	0.155
2.686-2.831	0.275	73	0.186	1208	0.192	1281	0.952	0.977	100	0.166
2.831-3.002	0.254	56	0.185	1157	0.188	1213	0.954	0.979	100	0.171
3.002-3.209	0.221	68	0.184	1085	0.186	1153	0.97	0.979	100	0.173
3.209-3.466	0.229	52	0.2	1011	0.202	1063	0.973	0.978	100	0.195
3.466-3.795	0.214	42	0.183	964	0.185	1008	0.971	0.982	99.8016	0.18
3.795-4.241	0.208	39	0.156	860	0.158	899	0.978	0.986	100	0.162
4.241-4.894	0.198	41	0.138	772	0.14	813	0.981	0.99	100	0.151
4.894-5.985	0.178	30	0.176	671	0.176	701	0.982	0.985	100	0.19
5.985-8.428	0.264	26	0.2	538	0.203	564	0.963	0.978	100	0.216
8.428-64.223	0.19	16	0.213	335	0.212	352	0.98	0.967	99.7159	0.245

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4136	1.2535	0.4768	1.58	-1.3772	5.4838	-0.0669	0.1943	-0.2014	-0.1174	-0.0842	-0.1414	-0.1462	0.5411	0.1511	0.1041	-0.0557	0.0005	0.1565	-0.0024	0.0179	-6.873	-31.773	9.508
2	0.2409	0.429	0.7297	0.9716	1.7489	9.3481	-0.023	-0.0713	0.0899	-0.1675	-0.1766	0.1744	-0.1592	-0.6573	0.1996	0.1044	0.0148	-0.0189	0.1249	-0.0127	0.0388	-24.685	-39.43	-6.015
3	18.5748	3.2852	-7.364	0.5921	-1.1066	7.1584	-0.5837	1.1287	0.2347	-0.1064	0.2623	0.0668	-0.3298	0.7476	0.3214	0.4072	-0.0802	-0.0302	0.5366	0.0962	0.0976	-10.834	-26.398	-8.644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	13 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	142 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	221 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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