PDB-9fsw: ClpP from Staphylococcus epidermidis with glycerol in some of the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fsw

タイトル

ClpP from Staphylococcus epidermidis with glycerol in some of the catalytic sites.

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / serine protease / peptidase / bacterial ClpP

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Alves Franca, B. / Rohde, H. / Betzel, C.

資金援助

ドイツ, 3件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)	3907159	ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research	05K19GU4	ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research	05K20GUB	ドイツ

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Molecular insights into the dynamic modulation of bacterial ClpP function and oligomerization by peptidomimetic boronate compounds.
著者: Alves Franca, B. / Falke, S. / Rohde, H. / Betzel, C.

履歴

登録	2024年6月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fsw.cif.gz	487.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fsw.ent.gz	399.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fsw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fsw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/9fsw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cj4C 8qyfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

312 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration, native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.606, 123.989, 126.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.184, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp 分子量: 22106.025 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 遺伝子: clpP, E1M97_03460, E1M98_06460, E1N00_07180, E1N03_05195, E1N04_00635, E1N05_04945, E1N06_06240, E1N09_07235, E1N11_03825, E1N12_01760, E1N13_04220, FHG76_01330, FHQ17_10195, H3963_07430, I3V53_07130 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N1MQL5, endopeptidase Clp
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M sodium acetate (NaOAc), 30 - 40% v/v MPD, and 0.01 - 0.04 M calcium chloride (CaCl2).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.83 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.83 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.994→88.603 Å / Num. obs: 148087 / % possible obs: 75.4 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 44.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 943499
反射シェル	解像度: 1.994→2.157 Å / % possible obs: 17.8 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.303 / Num. measured all: 51337 / Num. unique obs: 7294 / R_pim(I) all: 0.529 / R_rim(I) all: 1.408 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.39→63.33 Å / SU ML: 0.3088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.008
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2329	5721	4.99 %
R_work	0.1992	109001	-
obs	0.2009	114722	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→63.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19327	0	172	562	20061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0042	19725
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7324	26634
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0463	3091
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	3458
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0398	7386

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.494976405386
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.588553467681
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.579962128765
ens_1	d_5	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.547199951819
ens_1	d_6	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.542492814256
ens_1	d_7	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.648621335429
ens_1	d_8	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.527614089078
ens_1	d_9	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.572830023469
ens_1	d_10	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.534759834499
ens_1	d_11	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.571829751967
ens_1	d_12	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.540975688279
ens_1	d_13	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.590122241119
ens_1	d_14	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.546608349197

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.39-2.41	0.3315	213	0.2694	3532	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.41-2.44	0.333	192	0.2654	3641	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.44-2.47	0.341	176	0.2564	3649	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.47-2.5	0.2697	184	0.2306	3595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.54	0.29	176	0.2308	3654	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.54-2.57	0.3062	191	0.2265	3624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.61	0.2913	165	0.2205	3663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.65	0.2639	184	0.222	3644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.69	0.2819	185	0.2175	3651	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.69-2.73	0.2987	180	0.2194	3614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.78	0.2678	173	0.2096	3608	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.78-2.83	0.2744	200	0.2193	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.88	0.2691	182	0.2195	3651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.94	0.2806	213	0.2255	3623	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.94-3.01	0.2874	183	0.2325	3619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.08	0.2488	204	0.2328	3578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.15	0.3252	215	0.2306	3617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.24	0.2485	182	0.2115	3668	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.24-3.33	0.2274	211	0.2115	3588	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.33-3.44	0.2494	235	0.2054	3604	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.44-3.57	0.2526	165	0.1934	3628	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.57-3.71	0.2414	188	0.2037	3647	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.71-3.88	0.2372	171	0.2019	3676	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.88-4.08	0.2253	200	0.1811	3628	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.08-4.34	0.2124	192	0.174	3641	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.34-4.67	0.1781	228	0.1615	3603	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.67-5.14	0.2183	186	0.1872	3632	X-RAY DIFFRACTION	99.74
5.14-5.88	0.2412	177	0.2157	3699	X-RAY DIFFRACTION	99.79
5.88-7.41	0.1994	160	0.2064	3691	X-RAY DIFFRACTION	99.84
7.41-63.33	0.1568	210	0.1535	3706	X-RAY DIFFRACTION	99.37

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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